Peamine erinevus praimeri ja promootori vahel on see, et praimer on kaubanduslikult sünteesitud lühike DNA järjestus, mida kasutatakse PCR-is sihtmärk-DNA järjestuse amplifitseerimiseks, samas kui promootor on spetsiifiline DNA järjestus, mis tagab RNA-le turvalise esialgse sidumiskoha. polümeraas ja transkriptsioonifaktorid transkriptsiooni algatamiseks.
Praimer ja promootor on kahte tüüpi DNA järjestused. Praimer on väike DNA fragment, mis on vajalik polümeraasi ahelreaktsiooni (PCR) jaoks. Sellel on lühikesed nukleotiidjärjestused, mis on komplementaarsed DNA ahela külgneva otsaga. Praimereid on kahte tüüpi ja need toimivad uute DNA ahelate sünteesi lähtepunktina. Seevastu promootor on spetsiifiline DNA järjestus, mis asub geeni transkriptsiooni initsiatsioonikohast ülesvoolu. See interakteerub otseselt transkriptsioonimehhanismi komponentidega, nagu RNA polümeraas ja transkriptsioonifaktorid, et kontrollida DNA transkriptsiooni. Seetõttu seonduvad RNA polümeraas ja teised transkriptsioonifaktorid promootorjärjestusega ja käivitavad transkriptsiooni.
Mis on praimer?
Praimerid on lühikesed DNA järjestused, mis on loodud sihtmärk-DNA järjestuste amplifitseerimiseks. Struktuuriliselt on neil lühikesed nukleotiidjärjestused, mis on komplementaarsed DNA kaksikahelate külgnevate otstega. Tavaliselt on need umbes 20 nukleotiidi pikad. PCR-i käigus katalüüsib Taq polümeraas nukleotiidide lisamist olemasolevasse nukleotiidjärjestusse. Seega on praimerid uute ahelate sünteesi lähtepunktid. Taq polümeraas töötab ainult 5' kuni 3' suunas. Seega toimub DNA süntees ka samas 5' kuni 3' suunas. Kuna DNA on kaheahelaline, on PCR-is vaja kahte tüüpi praimereid. Neid tuntakse päri- ja pöördpraimeritena, mis põhinevad praimeri pikenemise suunal DNA sünteesi ajal.
Joonis 01: Krundid
Edasi praimer anniilib antisenss-DNA ahelaga ja käivitab geeni + ahela sünteesi 5’ kuni 3’ suunas. Sellel on lühike nukleotiidjärjestus, mis on komplementaarne antisenss-ahela 3'-külgneva otsaga. Pöördpraimer anniilib senssahelaga ja käivitab kodeeriva ahela komplementaarse ahela sünteesi, mis on geeni ahel 5’ kuni 3’ suunas. Seega on pöördpraimer loodud täiendav alt kodeeriva ahela 3' otsa. Nii pöörd- kui ka päripraimerid on olulised miljonite kuni miljardite koopiate tootmiseks konkreetsetest DNA piirkondadest, mis on suunatud või huvitatud.
Mis on edendaja?
Promootor on DNA järjestus, mis asub geeni transkriptsiooni initsiatsioonikoha ülesvoolu või 5'-otsas. See annab RNA polümeraasi ja teatud regulatoorsete elementide sidumissaidi, et algatada geeni transkriptsioon. See on regulatiivne järjestus, mis on vajalik geeni sisse- või väljalülitamiseks. Promootoris on spetsiifiline nukleotiidjärjestus. Sellel võib olla 100–1000 aluspaari. Promootor näitab transkriptsiooni suunda. Veelgi enam, see näitab meeleahelat, mis tuleks transkribeerida.
Joonis 02: Geeni promootor
Promootorielemente on kolme tüüpi: tuumpromootor, proksimaalne promootor ja distaalne promootor. Tuumpromootor on promootori minimaalne osa, mis on vajalik transkriptsiooni algatamiseks. See asub stardikoodonile kõige lähemal. TATA kast on konserveerunud piirkond, mida leidub paljudes eukarüootsetes tuumapromootorites. Seda leitakse 25 kuni 35 aluspaari transkriptsiooni alguskohast ülesvoolu. Proksimaalne promootor leitakse rohkem ülesvoolu tuumpromootorist. Üldjuhul asub see stardikoodonist 250 aluspaari ülesvoolu ja sisaldab esmaseid reguleerivaid elemente. Distaalne promootor asub proksimaalsest promootorist ülesvoolu ja see sisaldab täiendavaid reguleerivaid elemente. Bakterite promootorites on kaks lühikese järjestuse elementi. TATAAT on konsensusjärjestus, mis asub -10 bakteriaalse promootori juures, samas kui TTGACA on konsensusjärjestus -35 juures. Neid nimetatakse -10 elemendiks ja -35 elemendiks.
Millised on aabitsa ja promootori sarnasused?
- Praimer ja promootor on kahte tüüpi DNA järjestused.
- Need koosnevad nukleotiidjärjestustest.
- Nii praimer kui ka promootor on geeniekspressiooni jaoks olulised.
Mis vahe on praimeri ja promootori vahel?
Praimer on lühike nukleotiidjärjestus, mis on loodud sihtmärk-DNA amplifitseerimiseks. Seevastu promootor on spetsiifiline regulatiivne DNA järjestus, mis on leitud geeni transkriptsiooni initsiatsioonikohast ülesvoolu. Niisiis, see on peamine erinevus praimeri ja promootori vahel. Praimerid on umbes 20 aluspaari pikad, samas kui promootoril võib olla 100–1000 aluspaari. Funktsionaalselt toimivad praimerid uue ahela sünteesi lähtejärjestustena, samas kui promootorid kontrollivad geeni transkriptsiooni, pakkudes sidumissaite RNA polümeraasile ja teistele transkriptsioonifaktoritele.
Lisaks on promootor defineeritud kui transkriptsiooni suund ja see näitab geeni sensoorset ahelat. Struktuuriliselt on praimer lühike üheahelaline DNA järjestus, promootor aga pikk kaheahelaline DNA järjestus.
Allpool toodud teabegraafika sisaldab rohkem võrdlusi, mis on seotud praimeri ja promootori erinevustega.
Kokkuvõte – Primer vs Promoter
Praimerid on lühikesed nukleotiidjärjestused, mis on komplementaarsed sihtmärk-DNA kaksikahela külgnevate otstega. PCR-is kasutatakse kahte tüüpi praimereid. Need toimivad uute ahelate sünteesi algusjärjestustena. Praimerid on kaubanduslikult loodud ja need on temperatuuristabiilsed järjestused. Teisest küljest on promootor geeni regulatiivne järjestus, mis asub transkriptsiooni initsiatsioonikohast ülesvoolu. Promootorid kontrollivad geenide transkriptsiooni. Need pakuvad RNA polümeraasi ja transkriptsioonifaktorite sidumissaite transkriptsiooni algatamiseks. Seega on see praimeri ja promootori erinevuse kokkuvõte.
