Põhierinevus pärmi ühe hübriidi ja pärmi kahe hübriidi vahel on see, et pärm üks hübriid on in vitro põhinev analüüs DNA-valgu interaktsioonide analüüsimiseks, samas kui pärmi kaks hübriid on in vitro analüüs valkude ja valgu interaktsioonide analüüsimiseks.
Rakumolekulide vaheliste interaktsioonide uurimine võib aidata määrata äratundmissaite, mis on seotud geeniekspressiooni ja valguteedega. DNA ja valgu interaktsioonid on lahutamatud rakuprotsessidest, nagu DNA modifikatsioonid ja transkriptsiooni reguleerimine jne. Teisest küljest mängivad valkude ja valkude vastastikmõjud olulist rolli rakuprotsessides, nagu replikatsioon, transkriptsioon, translatsioon ja signaaliülekanne. Seetõttu on kriitilise tähtsusega tuvastada need rakumolekulide interaktsioonid erinevate testide abil. Pärmi üks hübriid ja pärm kaks hübriid on kaks in vitro analüüsi DNA-valgu ja valgu-valgu interaktsioonide analüüsimiseks.
Mis on Yeast One Hybrid?
Yeast one hybrid (Y1H) on in vitro põhinev analüüs rakusisese DNA-valgu interaktsioonide analüüsimiseks. Selle meetodi kehtestasid esmakordselt 1993. aastal Wang ja Reed. Sellest ajast alates on see näidanud bioloogilistes uuringutes suuremat jõudu. Selles testis on kaks põhikomponenti: DNA sööt ja valgulised saagid.
Joonis 01: Yeast One Hybrid
Protseduuri käigus kloonitakse esm alt DNA järjestus (DNA sööt) kahest erinevast reporterist (HIS3, LacZ) ülesvoolu. Need reporterkonstruktsioonid on integreeritud pärmitüve genoomi. Transkriptsioonifaktoreid võetakse valgu saagiks. Hübriidvalkude valmistamiseks liidetakse transkriptsioonifaktorid pärmi Gal4 transkriptsioonifaktori transkriptsioonilise aktivatsiooni domeeniga (AD). Kogu see hübriidvalk integreeritakse enne pärmitüvesse viimist plasmiidi. Pärast rekombinantse plasmiidi sisestamist, kui transkriptsioonifaktor interakteerub DNA fragmendiga, aktiveerib AD fragment reportergeeni ekspressiooni (HIS3 või LacZ). Plasmiidide järjestamine võimaldab tuvastada transkriptsioonifaktorit, mis võib DNA fragmendiga seonduda. Hiljuti kasutati haiguste diagnoosimise uurimiseks pärmi ühe hübriidmeetodit. Seetõttu kasutatakse seda analüüsi tulevikus laialdasem alt teadusuuringutes ja meditsiinilises ravis.
Mis on Yeast Two Hybrid?
Yeast Two hybrid (Y2H) on in vitro põhinev analüüs rakusisese valgu ja valgu interaktsioonide analüüsimiseks. Selle meetodi leidsid algselt 1989. aastal Stanley Fields ja Ok-Kyu Song. See meetod tuvastab valgu-valgu interaktsioonid, kasutades pärmi Gal4 transkriptsioonifaktorit.
Joonis 02: Pärmi kahe hübriid
Selle meetodi puhul konstrueeritakse esm alt huvipakkuvate valkude abil kaks fusiooni (hübriidi): ühe valgu liitmine DNA sidumisdomeeniga (DBD) ja teise valgu liitmine Gal4 transkriptsioonifaktori aktivaatori domeeniga (AD).. DBD-ga liidetud valku nimetatakse söödaks, samas kui AD-ga liidetud valku nimetatakse saagiks. Pärmitüves viiakse sööda ja saagi koostoimel DBD ja AD vahetusse lähedusse, et genereerida funktsionaalne Gal4 transkriptsioonifaktor reportergeenist ülesvoolu. Funktsionaalne transkriptsioonifaktor aktiveerib reportergeeni ekspressiooni. Lisaks kasutatakse seda meetodit praegu integraalsete membraanivalkude interaktsioonide skriinimiseks imetajarakkudes.
Millised on Yeast One Hybridi ja Yeast Two Hybridi sarnasused?
- Yeast one hübriid ja pärmi kaks hübriid on kaks in vitro analüüsi DNA-valgu ja valgu-valgu interaktsioonide analüüsimiseks.
- Need testid kasutavad pärmitüvesid.
- Mõlemad testid kasutavad Gal4 transkriptsioonifaktori aktiveerimisdomeeni (AD).
- Nad kasutavad interaktsioonide tuvastamiseks reportergeeni (HIS3 või LacZ) ekspressiooni.
- Neil on sööt ja saak.
- Mõlemad testid on tänapäevastes bioloogilistes uuringutes väga kasulikud.
Mis vahe on Yeast One Hybridil ja Yeast Two Hybridil?
Yeast one hübriid on in vitro põhinev test DNA ja valgu interaktsioonide analüüsimiseks, samas kui pärmi kahe hübriid on in vitro analüüs valkude ja valgu interaktsioonide analüüsimiseks. Seega on see peamine erinevus pärmi ühe hübriidi ja pärmi kahe hübriidi vahel. Veelgi enam, pärmi ühes hübriidis on sööt DNA fragment ja saak valgu molekul. Teisest küljest on pärmi kahe hübriidi puhul nii sööt kui ka saakvalgu molekulid.
Allpool olev infograafik loetleb kõrvuti võrdlemiseks tabelina erinevused pärmi ühe hübriidi ja pärmi kahe hübriidi vahel.
Kokkuvõte – Yeast One Hybrid vs Yeast Two Hybrid
Yeast one hübriid ja pärmi kahe hübriid on kaks olulist in vitro testi. Pärmi üks hübriid on in vitro põhinev test DNA ja valgu interaktsioonide analüüsimiseks, samas kui pärmi kahe hübriid on in vitro analüüs valkude ja valkude interaktsioonide analüüsimiseks. Seega on see peamine erinevus pärmi ühe hübriidi ja pärmi kahe hübriidi vahel.
