Peamine erinevus – virnastatav geel vs eraldusgeel
SDS-PAGE tehnika selgitamisel kasutatakse termineid virnastatav geel ja eraldav geel. SDS-PAGE ehk naatriumdodetsüülsulfaat-polüakrüülamiidi geelelektroforees on laboritehnika, mida kasutatakse valgumolekulide eraldamiseks nende molekulmassi alusel. Selle tehnika teooria seisneb selles, et erineva molekulmassiga valgud näitavad erinevat migratsioonikiirust; madala molekulmassiga molekulid migreeruvad kiiremini, samas kui suure molekulmassiga molekulid migreeruvad aeglaselt. Rändekeskkonnaks on geel. On kahte tüüpi geele, mida nimetatakse virnastamisgeeliks ja eraldavaks geeliks. Peamine erinevus virnastusgeeli ja eraldusgeeli vahel on see, et virnastatava geeli pH on 6,8, samas kui eraldusgeeli pH on 8,8.
Mis on Stacking Gel?
Stacking geel on madala kontsentratsiooniga polüakrüülamiidgeel, mis kantakse SDS-PAGE tehnikas rohkem kontsentreeritud lahustuva geeli (eraldusgeeli) peale. Virnastamisgeeli kasutatakse elektroforeesi eraldusvõime parandamiseks. Eraldusvõime suureneb virnastusgeeli ja lahustuva geeli kontsentratsioonide erinevuse tõttu, mis mõjutavad proovis olevaid valke. Kuna polüakrüülamiidi kontsentratsioon virnastamisgeelis on madal, on pooride suurus suurem. See aitab ka eraldatust suurendada.
Virnastamisgeel on lahtine polüakrüülamiidgeel, mille suurte pooridega on umbes 7% polüakrüülamiidi. Need poorid ei toimi suurte valgu molekulide jaoks märkimisväärse barjäärina. Seega mõjutab see geel veidi nende valkude liikuvust. See muudab eraldamise vastav alt valgu liikuvusele ja suurusele, kontsentreerides need kahe geeli vahele.
Joonis 01: SDS-PAGE akrüülamiidgeel
Virnastamisgeeli pH on 6,8. Selle pH on happeline kui geeli lahustamisel 2 pH-ühiku võrra. See pH tähendab madalamat ioontugevust, seega ka suuremat elektritakistust. See provotseerib valkude liikuvust kui teised geelis olevad laetud osakesed.
Mis on eraldav geel?
SDS-PAGE tehnika eraldusgeel või lahustav geel on kõrge kontsentratsiooniga polüakrüülamiidgeel, mis asetatakse madala kontsentratsiooniga virnastusgeeli peale. Eraldusgeel sisaldab suures koguses polüakrüülamiidi (10%). Selle geeli pH väärtus hoitakse tasemel 8,8, mis on kõrgem pH tase kui virnastaval geelil.
Joonis 02: Geelelektroforeesiaparaat
Kui valgumolekulid jõuavad eraldusgeelini, aeglustub nende molekulide migratsioon, kuna eraldusgeel on väikese poori suurusega kõrge kontsentratsiooniga geel, mis võib toimida märkimisväärse barjäärina valgumolekulide liikumisel.. See aeglustumine võimaldab teistel aeglaselt migreeruvatel valkudel järele jõuda, mille tulemuseks on kitsas kontsentreeritud riba kahe geeli vahel.
Milline on seos geeli virnastamise ja eraldava geeli vahel?
Samas aparaadis kasutatakse nii virnastamisgeeli kui ka eraldusgeeli tüüpi
Mis vahe on virnastamisgeelil ja eraldaval geelil?
Stacking Gel vs Separating Gel |
|
| Stacking geel on madala kontsentratsiooniga polüakrüülamiidgeel, mis kantakse SDS-PAGE tehnikas rohkem kontsentreeritud lahustuva geeli (eraldusgeeli) peale. | SDS-PAGE tehnika eraldusgeel või lahustav geel on väga kontsentreeritud polüakrüülamiidgeel, mis asetatakse madala kontsentratsiooniga virnastusgeeli peale. |
| Paigutus | |
| Virnastamisgeel asetatakse eralduvale (eralduvale) geelile. | Eraldusgeel asetatakse geelelektroforeesiks kasutatava anuma põhjale. |
| Keskendumine | |
| Virnastamisgeeli kontsentratsioon on kõrge. | Eraldusgeeli kontsentratsioon on madal. |
| Polüakrüülamiidi sisu | |
| Stacking geel sisaldab umbes 7% polüakrüülamiidi. | Eraldusgeel sisaldab umbes 10% polüakrüülamiidi. |
| pH | |
| Virnastusgeeli pH on 6,8. | Eraldusgeeli pH on 8,8. |
| Poori suurus | |
| Virnastamisgeelis on suured poorid. | Eraldusgeelis on väikesed poorid. |
| Resolutsioon | |
| Geel virnastamine annab parema eraldusvõime. | Eraldusgeel annab halva eraldusvõime. |
Kokkuvõte – virnastamisgeel vs eraldusgeel
Virnastamisgeel ja eraldusgeel on kahte tüüpi polüakrüülamiidgeele, mida kasutatakse valgu molekulide paremaks eraldamiseks antud proovis. Virnastusgeeli ja eraldusgeeli erinevus seisneb selles, et virnastusgeeli pH on 6,8, samas kui eraldusgeeli pH on 8,8.
