Põhierinevus taimede ja loomade DNA ekstraheerimise vahel on see, et taimede DNA ekstraheerimisel on vaja rakusein purustada, jahvatades kudet kuivas jääs või vedelas lämmastikus, et loomse DNA ekstraheerimisel eraldada raku sisu., pole seda sammu vaja läbi viia, kuna loomarakkudel ei ole rakuseina.
Genoomne DNA on taime- ja loomarakkude geneetiline materjal. Genoomne DNA on iga üksiku taime või looma jaoks ainulaadne. Kvaliteetse DNA DNA eraldamine on molekulaaruuringute eeltingimus. Organismide DNA-d eraldatakse identifitseerimiseks, haiguste diagnoosimiseks, spetsiifiliste geenide ja järjestuste tuvastamiseks, kohtuekspertiisi eesmärgil, isaduse testimiseks, genoomi järjestamiseks ja ravimite väljatöötamiseks jne. DNA ekstraheerimise meetod varieerub sõltuv alt rakutüübist – kas tegemist on looma- või taimerakuga.
Mis on taime DNA ekstraheerimine?
Taimerakkude DNA ekstraheeritakse erinevate molekulaarsete uuringute jaoks. On vaja eraldada terve, puhas genoomne DNA. Seega on erinevat tüüpi DNA ekstraheerimisprotokolle, mis erinevad loomarakkudest DNA ekstraheerimise protokollidest. Seda seetõttu, et taimerakkudel on rakusein, mis tuleks raku sisu väljavõtmiseks purustada.
Ekstraheerimine toimub tavaliselt taimekudede jahvatamisel kuivas jääs või vedelas lämmastikus uhmri ja nuia abil. Seejärel lõhustatakse rakumembraanid ja raku sisu viiakse ekstraheerimispuhvrisse. Tavaliselt tehakse seda pesuvahendiga; SDS (naatriumdodetsüülsulfaat) või CTAB (tsetüültrimetüülammooniumbromiid) puhver. Vabanenud DNA kaitstakse endogeensete nukleaaside eest, kasutades kelaativat ainet nagu EDTA. Lisaks eraldatakse valgud DNA-st kloroformi või fenooli abil.
Joonis 01: Taime DNA ekstraheerimine
Taimed sünteesivad polüsahhariide ja polüfenoole, sealhulgas flavonoide ja muid sekundaarseid metaboliite. Need ühendid häirivad puhta genoomse DNA ekstraheerimist. Seetõttu hõlmab enamik taime DNA ekstraheerimisprotokolle veel üht etappi, näiteks tseesiumkloriidi tiheduse gradiendi tehnikat nende ühendite kõrvaldamiseks.
Enamik DNA ekstraheerimisprotokolle soovitab kasutada DNA ekstraheerimiseks värskete lehtede proove. Mõned meetodid ei sisalda ohtlikke kemikaale, nagu vedel lämmastik ja fenool. CTAB (tsetüültrimetüülammooniumbromiid) protokoll on populaarne taime DNA ekstraheerimise protokoll, mis hõlbustab kvaliteetse taime genoomse DNA ekstraheerimist. See on lihtne, ohutu, usaldusväärne ja kulutõhus meetod taime DNA ekstraheerimiseks. Enamik teisi meetodeid on CTAB-meetodi muudetud versioonid.
Mis on loomade DNA ekstraheerimine?
Loomade DNA ekstraheerimine on genoomse DNA eraldamine loomarakkudest molekulaarseks analüüsiks. Erinev alt taimede DNA ekstraheerimisest ei ole loomarakkude jaoks rakuseina lagunemine vajalik, kuna neil puudub rakusein. Vererakud on kõige levinumad loomarakkude tüübid, mida kasutatakse erinevatel eesmärkidel.
Joonis 02: DNA ekstraheerimine
Fenool-kloroformi meetod on vererakkude jaoks üks parimaid valikuid. Selle meetodiga DNA eraldamisel on DNA saagis ja kvaliteet kõrge. See on vedelik-vedelik DNA ekstraheerimisprotokoll ja see meetod eraldab DNA molekulid nende lahustuvuse alusel segunematutes lahustes. Fenool, kloroform ja isoamüülalkohol on selle meetodi kolm peamist koostisosa.
Millised on sarnasused taimede ja loomade DNA ekstraheerimisel?
- Nii taimede kui ka loomade DNA ekstraheerimise ajal tuleb rakumembraane häirida.
- DNA peaks olema kaitstud endogeensete nukleaaside eest.
- Lisaks tuleks ära hoida DNA lõikamine.
- Kaubanduslikud komplektid on saadaval taimede ja loomade DNA eraldamiseks.
- Enamik taimede ja loomade DNA eraldamise meetodeid vajab pidevat muutmist ja standardimist.
Mis vahe on taimede ja loomade DNA ekstraheerimisel?
Põhierinevus taimede ja loomade DNA ekstraheerimise vahel seisneb selles, et taimede DNA ekstraheerimiseks on vaja rakuseina purustamiseks taimsete kudede jahvatamist kuivas jääs või vedelas lämmastikus. rakkudel ei ole rakuseina. CTAB-meetod on üks parimaid meetodeid taimede DNA ekstraheerimiseks, samas kui fenool-kloroformi meetod on üks parimaid meetodeid loomse DNA ekstraheerimiseks.
Allpool infograafikat on toodud erinevused taimede ja loomade DNA ekstraheerimise vahel.
Kokkuvõte – taim vs loom DNA ekstraheerimine
DNA eraldamiseks erinevatest rakutüüpidest on saadaval erinevad meetodid. Seetõttu erinevad taime-DNA ekstraheerimisprotokollid loomarakkude DNA ekstraheerimise protokollidest. Taime DNA ekstraheerimine nõuab rakuseina, rakumembraani ja tuumamembraani katkestamist, samas kui loomade DNA ekstraheerimine nõuab rakumembraani ja tuumamembraani lagunemist. Veelgi olulisem on see, et loomarakkude DNA ekstraheerimine ei nõua rakuseinte lõhkumist kuivas jääs või vedelas lämmastikus jahvatamise teel. Seega on see peamine erinevus taimede ja loomade DNA ekstraheerimise vahel.
