Põhiline erinevus hierarhilise ja kogu genoomi püssipüssi järjestuse vahel seisneb selles, et hierarhilise püssipüssi järjestuse korral jagatakse genoom enne sekveneerimist suuremateks fragmentideks, samal ajal kui kogu genoomi püssidega järjestamisel jagatakse kogu genoom sekveneerimiseks väikesteks fragmentideks..
Sekveneerimine on oluline meetod molekulaarsetes protsessides, eriti liikide täpsel tuvastamisel. Tegelikult on see tehnika geenis või genoomis nukleotiidide täpse järjekorra tuvastamiseks. Järjestuse määramiseks on palju tehnikaid. Mõned neist hõlmavad Maxam Gilberti meetodit, Sangeri meetodit ja automatiseeritud Sangeri meetodit.
Mis on hierarhiline haavlijärjestus?
Hierarhiline haavlipüssi järjestamine on üks järjestusmeetoditest. Seda nimetatakse ka ül alt-alla järjestamiseks. Lisaks koosneb see meetod kahest etapist: esimene samm on genoomi võimendamine ja teine etapp on genoomi fragmenteerimine. Selle meetodi puhul lõigatakse genoom kõigepe alt suurteks fragmentideks. Sellele järgneb nende suurte fragmentide kloonimine erinevatesse peremeesorganismidesse, kasutades vektoreid või kunstlikke kromosoome. Seejärel paigutatakse need rekombinantsed vektorid raamatukogusse. Haavliga sekveneerimise ajal läbivad rekombinantse vektori kloonid individuaalselt järjestamise. Kloonides olevad fragmendid läbivad restriktsiooniga lõhustamise, et veelgi vähendada genoomi suurust, läbides seeläbi sekveneerimise.
Joonis 01: Haavlipüssi hierarhiline järjestus
Hierarhilise haavlipüssi järjestuse ajal tuleb suured killud enne haavlipüssi järjestamist järjestada. See toimub kloonimise käigus kaasatud molekulaarsete markerite abil.
Hierarhiline püssijärjestus loob madala eraldusvõimega geenikaardi. Kuid see loob järjestatud jadakaardi. Seega võtab see kauem aega kui otsene järjestamine. Kogu protsess viibib rekombinantse vektori raamatukogu loomise tõttu. Kas see on ka töömahukas tehnika. Kuid praegu on tehnika töö hõlbustamiseks automatiseeritud.
Mis on kogu genoomi haavli järjestamine?
Terve genoomi haavli järjestamine on üheastmeline sekveneerimisprotsess. Selles protsessis toimub kõigepe alt kogu genoomi lõikamine. Pärast seda sekveneeritakse kõik need väikesed fragmendid juhuslikult. Pärast sekveneerimise lõpetamist toimub järjestuste analüüs. Järjestuste analüüsi käigus eemaldatakse kattuvad järjestused ja analüüs ei ole järjestatud protsess. Seetõttu on järjestuste kokkupanek vähem tõhus protsess võrreldes hierarhilise haavlipüssi järjestamisega. Kuid kogu genoomi haavli järjestuse määramise protsess on kiirem ja kogu genoomi analüüs võib toimuda ühel korral.
Millised on hierarhilise ja kogu genoomi haavlijärjestuse sarnasused?
- Hierarhiline ja kogu genoomi haavliga järjestamine on kaks järjestusmeetodit.
- Mõlemad läbivad Sangeri sekveneerimise või automaatsed Sangeri sekveneerimismeetodid.
- Nad osalevad DNA ja RNA fragmentide sekveneerimises.
- Lisaks on mõlemad meetodid olulised molekulaardiagnostikas ja uurimistöös.
- Praegu on mõlemad tehnikad automatiseeritud või arvutipõhised.
- Mõlemad tehnikad tuginevad genoomi killustatusele.
Mis vahe on hierarhilisel ja kogu genoomi haavli järjestamisel?
Hierarhiline püssijärjestus genereerib suurema suurusega fragmente võrreldes kogu genoomi haavli järjestamisega, mis töötab väikeste jadade fragmentidega. Niisiis, see on peamine erinevus hierarhilise ja kogu genoomi haavlijärjestuse vahel. Pealegi koosneb hierarhiline püssi järjestus kahest peamisest etapist, samas kui kogu genoomi haavlite järjestus põhineb ühel olulisel etapil.
Lisaks on veel üks erinevus hierarhilise ja kogu genoomi haavlipüssi järjestuse vahel see, et eraldusvõime on terve genoomi haavliga järjestamisel kõrgem kui hierarhilise haavli järjestamise korral.
Allpool olev infograafik võtab kokku erinevuse hierarhilise ja kogu genoomi haavlijärjestuse vahel.
Kokkuvõte – hierarhiline vs kogu genoomi haavlijärjestus
Hierarhiline ja kogu genoomi hõlmav haavlijärjestus on kaks tehnikat suurte genoomide järjestamiseks. Hierarhiline püssijärjestus on kaheetapiline sekveneerimisprotsess, kus genoom jagatakse suuremateks fragmentideks. Seevastu kogu genoomi haavliga järjestamine on üheastmeline sekveneerimine, kus genoom jagatakse väikesteks fragmentideks ja sekveneeritakse otse. Seega on see peamine erinevus hierarhilise ja kogu genoomi haavlijärjestuse vahel. Lisaks võivad kahe tehnika tehnilised aspektid erineda.
