Ksüleentsüanooli ja bromofenoolsinise peamine erinevus seisneb selles, et 1% agaroosigeelis migreerub ksüleentsüanool aeglasem alt, bromofenoolsinine aga kiiremini.
Ksüleentsüanool ja bromofenoolsinine on olulised värvimarkeritena, mida saab kasutada agaroosgeelelektroforeesi ja polüakrüülamiidgeelelektroforeesi protsessi jälgimisel.
Mis on ksüleentsüanool?
Ksüleentsüanool on elektroforeetiline värvimarker või jälitusvärv. See on kasulik agaroosgeelelektroforeesi ja polüakrüülamiidgeelelektroforeesi protsessi jälgimisel. Kui see aine segatakse prooviga, muutub selle aine kontsentratsioon tavaliselt umbes 0-ks.005% kuni 0,03%. Mõned sünonüümid, mida saame ksüleentsüanooli jaoks kasutada, on Acid Blue 147, ksüleentsüanool, ksüleentsüanool FF, ksüleentsüanool FF jne.
Selle ühendi keemiline valem on C25H27N2NaO 6S2 Ksüleentsüanooli molaarmass on 538,61 g/mol. See aine võib migreeruda kiirusega umbes 4–5 kiloaluspaari DNA fragmente 1% agaroosigeelides. See sõltub aga kasutatavast puhvrist. Tavaliselt võib ksüleentsüanool 6% polüakrüülamiidgeelil migreeruda kiirusega umbes 140 aluspaari DNA fragmente. Teisest küljest võib see migreeruda 20% denatureerivas polüakrüülamiidgeelelektroforeesis kiirusega 25 alust oligonukleotiid.
Ksüleentsüanooli vesiniksideme doonorite arv on 2 m ja vesiniksideme aktseptorite arv on 8. Selle ühendi pööratavate sidemete arvuks võib anda 7. Ksüleentsüanooli keerukust võib kirjeldada kui 1120 kraadi. Sellel on määratletud sidemete stereotsentrite arv 1.
Mis on bromofenoolsinine?
Bromofenoolsinine on kasulik pH-indikaator, mis on kasulik elektroforeetilise värvimarkerina ja värvainena. Selle keemiline nimetus on 3', 3", 5', 5"-tetrabromofenoolsulfoonftaleiin, BPB. Selle ühendi keemiline valem on C19H10Br4O5 S. Selle ühendi molaarmass on 669,96 g/mol. See on lõhnatu ja selle tihedus on 2,2 g/ml. Selle sulamistemperatuur on 273 kraadi Celsiuse järgi ja selle keemistemperatuur on 279 kraadi Celsiuse järgi. Seda saab valmistada, lisades aeglaselt üleliigse broomi kuumale fenoolsulfoonftaleiini lahusele jää-äädikhappes.
Bromofenoolsinine on kasulik happe-aluse indikaatorina pH vahemikus 3,0–4,6. See on võimeline muutuma kollasest pH väärtusel 3,0 kuni pH 4,6. Pealegi on see pöörduv reaktsioon. Struktuurilt sarnaneb bromofenoolsinine fenoolftaleiiniga.
Lisaks saame seda kasutada värvimarkerina agaroosgeelelektroforeesi ja polüakrüülamiidgeelelektroforeesi protsessi jälgimiseks. See aine võib mõõduka pH juures kanda negatiivset laengut, kus see võib migreeruda samas suunas nagu DNA või valk geelis. Migratsioonikiirus võib varieeruda sõltuv alt geeli tihedusest ja puhvri koostisest. Kuid tüüpilises 1% agaroosigeelis 1-kordses TAE puhvris või TBE puhvris migreerub see aine sama kiirusega kui umbes 300 aluspaarist koosnev DNA fragment.
Mis vahe on ksüleentsüanoolil ja bromofenoolsinisel?
Ksüleentsüanool ja bromofenoolsinine on olulised värvimarkerid. Peamine erinevus ksüleentsüanooli ja bromofenoolsinise vahel on see, et 1% agaroosigeelis migreerub ksüleentsüanool aeglasem alt, samas kui bromofenoolsinine migreerub kiiremini.
Allpool on kõrvuti võrdlemiseks kokkuvõte ksüleentsüanooli ja bromofenoolsinise erinevusest tabeli kujul.
Kokkuvõte – ksüleentsüanool vs bromofenoolsinine
Ksüleentsüanool ja bromofenoolsinine on olulised värvimarkeritena, mida kasutatakse agaroosgeelelektroforeesi ja polüakrüülamiidgeelelektroforeesi protsessi jälgimisel. Peamine erinevus ksüleentsüanooli ja bromofenoolsinise vahel on see, et 1% agaroosigeelis migreerub ksüleentsüanool aeglasem alt, samas kui bromofenoolsinine kiiremini.
