Põhiline erinevus LINE-de ja SINE-de vahel on see, et LINE-d (pika vahele jääva tuumaelemendid) on pikemate mitte-LTR-retrotransposoonide tüüp, samas kui SINE-d (lühikesed tuumaelemendid) on palju lühemate mitte-LTR-retrotransposoonide tüüp.
Mitte-LTR-i retrotransposoonid ei sisalda pikki terminali kordusi (LTR). Kuid need sisaldavad pöördtranskriptaasi, RNA-d siduva valgu, nukleaasi ja ribonukleaasi H domeeni geene. Mitte-LTR-i retrotransposoonidel on lühikesed kordused. Nendel kordustel on aluste ümberpööratud järjekord üksteise kõrval. Peale selle on mitte-LTR retrotransposoonidel ka LRT transposoonides leitud otsesed kordused. Mitte-LTR-i retrotransposoonid jagunevad kahte kategooriasse: LINE-d ja SINE-d.
Mis on LINEd?
LINE-d (pika vahega tuumaelemendid) on pikemad mitte-LTR retrotransposoonid. Need on eukarüootide genoomis lai alt levinud. Tavaliselt moodustavad nad 21,1% inimese genoomist. Iga LINE on umbes 7000 aluspaari pikk. LINE-d võivad transkribeerida mRNA-ks ja transleerida valguks, mis võib toimida pöördtranskriptaasi ensüümina. See pöördtranskriptaas toodab LINEs RNA DNA koopiaid. Need DNA koopiad saab integreerida genoomi uues kohas.
Joonis 01: LINED ja SINE'id
Inimese genoomis on ainult üks rikkalik LINE LINE-1. LINE-1 element on umbes 6000 aluspaari pikk. Inimese genoomis on umbes 100 000 kärbitud LINE-1 elementi. LINE-des võib esineda juhuslik mutatsioon. Juhuslike mutatsioonide tõttu võivad LINE-d degenereeruda. Neid enam ei transkribeerita ega tõlgita. Lisaks on LINE-d rühmitatud viide põhirühma, nagu L1, RTE, R2, I ja jockey. Need viis rühma jagunevad veel 28 klassiks.
LINE-sid levitatakse tavaliselt mehhanismi kaudu, mida nimetatakse siht-primed pöördtranskriptsioonimehhanismiks (TPRT). LINE-de sisestamine põhjustab inimese haigusi, nagu hemofiilia A, vähk, mendeli häired jne. LINE-de hüpometüleerimine põhjustab ka teatud tüüpi vähki.
Mis on SINE-id?
SINE-d (lühikesed tuumaelemendid) on palju lühemate mitte-LTR retrotransposoonide tüüp. Nende pikkus on umbes 100–700 aluspaari. SINE-d on ka DNA elemendid, mis amplifitseerivad end RNA vaheühendite kaudu eukarüootsetes genoomides. SINE-d moodustavad umbes 13% imetajate genoomist. SINE-de sisemised piirkonnad pärinevad tRNA-st. See on endiselt väga konserveeritud. Neid esineb sageli paljudes selgroogsete ja selgrootute liikides. SINE-de koopiate arvu variatsiooni ja mutatsioone saab lisada liikide fülogeneesipõhise klassifikatsiooni koostamiseks.
SINE-id saab rühmitada kolme põhitüüpi: CORE-SINE-id, V-SINE-id ja AmnSINE-id. Alu-element on primaatide kõige levinum SINE. Lisaks on SINE-de sisestamisega seotud üle 50 inimese haiguse. Kui need sisestatakse eksonitesse või nende lähedusse, võivad need põhjustada ebaõiget splaissimist või muuta lugemisraami. See põhjustab selliste haiguste fenotüüpe nagu rinnavähk, käärsoolevähk, leukeemia, hemofiilia, tsüstiline fibroos, käärsoolevähk, Denti tõbi, neurofibromatoos jne.
Millised on joonte ja SINEde sarnasused?
- LINEs ja SINE on kahte tüüpi mitte-LTR retrotransposoonid.
- Mõlemal pole pikki terminalipiirkondi (LTR).
- Mõlemat leidub valdav alt ainult eukarüootides.
- Nad on mõlemad mitteautonoomsed.
Mis vahe on joontel ja siinustel?
LINE-d on pikemad mitte-LTR-retrotransposoonid, samas kui SINE-d on palju lühemad mitte-LTR-retrotransposoonid. Niisiis, see on peamine erinevus LINE-de ja SINE-de vahel. Lisaks kodeerib LINES pöördtranskriptaasi ensüümi, samas kui SINE ei kodeeri pöördtranskriptaasi ensüümi. Seega on see veel üks erinevus LINE-de ja SINE-de vahel.
Rohkem erinevusi LINE-de ja SINE-de vahel on toodud allpool tabelina kõrvuti võrdlemiseks.
Kokkuvõte – LINEs vs SINEs
Retrotransposoonid esinevad peamiselt kõigis eukarüootides, kuid puuduvad prokarüootides. Ligikaudu 37% inimese genoomist sisaldab retrotransposoone. Retrotransposoone on peamiselt kahte tüüpi: LTR ja mitte-LTR retrotransposoonid. Mitte-LTR retrotransposoonid ei sisalda pikki terminaalseid kordusi (LTR), mis esinevad LTR retrotransposoonides. Mitte-LTR-i retrotransposoonid jagunevad veel kahte kategooriasse: LINE-id ja SINE-id. LINE-d on pikemad mitte-LTR-retrotransposoonid, samas kui SINE-d on palju lühemad mitte-LTR-retrotransposoonid. Seega on see LINE-de ja SINE-i erinevuste kokkuvõte.
