Põhierinevus ITS1 ja ITS2 vahel on see, et ITS1 on speisser-DNA, mis asub eukarüootides 18S ja 5,8S rRNA geenide vahel, samas kui ITS2 on speisser-DNA, mis asub eukarüootides 5,8S ja 28S rRNA geenide vahel.
Sisemine transkribeeritud speisser (ITS) on speisser-DNA, mis tavaliselt paikneb väikese subühiku ribosomaalse RNA ja suure subühiku ribosomaalse RNA geenide vahel kromosoomis või vastavas transkribeeritud piirkonnas polütsistroonilise rRNA prekursori transkriptsioonimolekulis. Bakterites ja arheas on 16S ja 23S rRNA geenide vahel ainult üks ITS. Kuid eukarüootides on kaks ITS-i vahedetaili DNA-d: ITS1 (vahemikus 18S kuni 5.8S rRNA geenid) ja ITS2 (5,8S ja 28S rRNA vahel). Seetõttu on ITS1 ja ITS2 kaks speisser-DNA-d, mida leidub eukarüootides rRNA geenide vahel.
Mis on ITS1?
ITS1 on speiser-DNA, mis asub eukarüootides 18S ja 5,8S rRNA geenide vahel. ITS viitab mittefunktsionaalsele speisser-DNA tükile, mis asub rRNA geenide vahel. ITS1 pikkuse varieeruvus on suurem kui ITS2. ITS1 pikkuse varieeruvus on ligikaudu (200-300 bp). ITS-markerid, nagu ITS1, on tõestanud oma tõhusust erinevate taksonite fülogeneetiliste suhete selgitamisel. Lisaks on ITS1 speisser-DNA vähem konserveerunud kui ITS2 speisser-DNA. ITS1 struktuure säilitatakse ainult palju väiksemates taksonoomilistes üksustes. Iga eukarüootne ribosoomiklaster sisaldab ka piirkondi, mida nimetatakse välisteks transkribeeritud speisseriteks (5' ja 3' ETS).
Joonis 01: ITS1 piirkond
ITS1 speisser-DNA on väga lähedal 5' välisele transkribeeritud speisserile (5' ETS). Veelgi enam, kui keegi soovib võimendada ITS1 piirkonda fülogeneetiliste seoste uuringute jaoks, peab ta kasutama selleks konkreetset praimeripaari (pöörd- ja päripraimerid). ITS1 piirkonna võimendamiseks kasutatakse laborite PCR-i protokollides tavaliselt kahte praimerite komplekti. Need on ITS1 edasi- ja ITS2 tagurpidi või ITS1 edasi- ja ITS4 tagurpidi.
Mis on ITS2?
ITS2 on speiser-DNA, mis asub eukarüootides 5,8S ja 28S rRNA geenide vahel. ITS2 piirkonna pikkuse variatsioon on lühem kui ITS1 piirkonnas. ITS2 pikkuse varieeruvus on ligikaudu (180-240 bp). Siiski on ITS2 piirkond paljudes taksonoomilistes üksustes konserveeritum kui ITS1 piirkond. See tuvastab, et kõigil ITS2 jadadel on sekundaarstruktuuri ühine tuum. Lisaks on 40% ITS2 piirkonnast säilinud kõigi katteseemnetaimede hulgas, samas kui 50% ITS2 piirkonnast on võimalik joondada perekonna ja kõrgema taseme vahel.
Joonis 02: ITS2 piirkond
Sõltumata kaitse ulatusest on ITS2 piirkonna, näiteks ITS1 piirkonna, kasutamine fülogeneetilistes seoste uuringutes, eriti seente DNA vöötkoodides, samuti väga populaarne. ITS2 piirkonna amplifitseerimiseks kasutatakse laborite PCR-protokollides üldiselt spetsiifilist praimerite komplekti. See on ITS1 edasi- ja ITS4 tagurpidi. Kuid kui PCR-protokoll kasutab seda praimerite komplekti, võimendab see ka ITS1 piirkonda koos ITS2 piirkonnaga. Lisaks on ITS2 speisser-DNA väga lähedal 3' välisele transkribeeritud speisserile (3' ETS).
Sarnasused ITS1 ja ITS2 vahel
- ITS1 ja ITS2 on kaks speisser-DNA-d, mis asuvad rRNA geenide vahel.
- Neid leidub ainult eukarüootides.
- Mõlemat saab võimendada, kasutades konkreetseid praimeripaare.
- Need mõlemad lõigatakse välja rRNA küpsemisel kui mittefunktsionaalsed kõrvalsaadused.
- Mõlemad on fülogeneetiliste suhete uuringute jaoks väga olulised, eriti seente DNA vöötkoodi puhul.
Erinevus ITS1 ja ITS2 vahel
ITS1 on speisser-DNA, mis asub eukarüootides 18S ja 5,8S rRNA geenide vahel, samas kui ITS2 on speisser-DNA, mis asub eukarüootides 5,8S ja 28S rRNA geenide vahel. Niisiis, see on peamine erinevus ITS1 ja ITS2 vahel. Lisaks on ITS1 pikkuse varieeruvus suurem kui ITS2. Teisest küljest on ITS2 pikkuse erinevus võrreldes ITS1-ga lühem. See on veel üks erinevus ITS1 ja ITS2 vahel.
Allpool olev infograafik loetleb kõrvuti võrdlemiseks tabelina erinevused ITS1 ja ITS2 vahel.
Kokkuvõte – ITS1 vs ITS2
Sisemine transkribeeritud piirkond (ITS) on mittefunktsionaalne speisser-DNA tükk, mis asub rRNA geenide vahel. Bakterites ja arheas on ainult üks ITS-piirkond. Kuid eukarüootides on kaks ITS piirkonda: ITS1 ja ITS2. ITS1 on speisser-DNA, mis asub eukarüootides 18S ja 5,8S rRNA geenide vahel, samas kui ITS2 on speisser-DNA, mis paikneb eukarüootides 5,8S ja 28S rRNA geenide vahel. Seega on see kokkuvõte erinevusest ITS1 ja ITS2 vahel.
