Põhiline erinevus DNA ja valgu mikrokiibi vahel on see, et DNA mikrokiip on mikroskoopiliste DNA täppide kogum, mis on kinnitatud tahkele pinnale nagu klaasplaat, samas kui valgu mikrokiip on puhastatud valkude paigutus tahkel pinnal nagu klaas slaid.
Microarray on kiibi (LOC) seadme labor. See on miniatuurne, multipleksne, paralleeltöötlus- ja tuvastamisseade. See on ka kahemõõtmeline massiiv kindlal pinnal, nagu näiteks klaasklaasil või räni õhukese kilega element. Mikrokiip analüüsib suurel hulgal bioloogilist materjali, kasutades suure läbilaskevõimega sõelumist. Esimene mikrokiip oli Tse Wen Changi poolt 1983. aastal kasutusele võetud antikehakiip. Esimese geenikiibi tutvustasid 1995. aastal Ron Davis ja Pat Brown Stanfordi ülikoolis. Seetõttu on DNA ja valgu mikrokiip kahte tüüpi mikrokiibi seadmed.
Mis on DNA mikrokiip?
DNA mikrokiip on mikroskoopiliste DNA täppide kogum, mis on kinnitatud tahkele pinnale nagu klaasklaas. Teadlased kasutavad DNA mikrokiibi, et mõõta üheaegselt suure hulga geenide ekspressiooni. Seda kasutatakse ka mitme genoomi piirkonna genotüpiseerimiseks. DNA mikrokiip valmistatakse robotmasinate abil. Need masinad korraldavad sadu või tuhandeid geenijärjestusi (sonde) ühele mikroskoopilisele slaidile.
Joonis 01: DNA mikrokiip
DNA mikrokiibis sisaldab iga DNA täpp pikomooli (10−12 mooli) kindlast DNA järjestusest. Neid DNA järjestusi tuntakse ka sondidena või reporteritena. Need sondid on geeni või muu DNA elemendi DNA lühike segment. Nad võivad väga rangetes tingimustes proovis hübridiseeruda cDNA või CRNA-ga. Fluorestseeruv alt märgistatud proovijärjestused, mis seostuvad sondidega, genereerivad signaale, mis sõltuvad hübridisatsioonitingimustest, näiteks temperatuurist. Seetõttu saab seda meetodit kasutada proovis nukleiinhappejärjestuste suhtelise arvukuse määramiseks. Lisaks kasutatakse DNA mikrokiibi tehnikat laialdaselt geeniekspressiooni uuringutes, võrdlevates genoomilistes uuringutes, toidu või rakukultuuride saastumise kontrollimisel patogeenidega, geenimutatsioonide hindamisel, ravimikandidaatide tuvastamisel, geneetilise sideme analüüsis jne.
Mis on Protein Microarray?
Valgu mikrokiip on puhastatud valkude paigutus kindlale pinnale nagu slaidil. See on meetod, mida kasutatakse valkude koostoime ja aktiivsuse tuvastamiseks. Seda kasutatakse ka valkude funktsioonide laiaulatuslikuks määramiseks. Valgu mikrokiibi peamine eelis on see, et paralleelselt saab jälgida suurt hulka valke. Valgu mikrokiip on kiip, mis koosneb tugipinnast, nagu klaasklaas, nitrotselluloosmembraan, helmes või mikrotiiterplaat. Püüdmisvalgud (antikehad, antigeenid) on seotud selle tahke pinnaga. Tavaliselt fluorestsentsvärviga märgistatud sondi molekulid lisatakse massiivi hiljem. Sondi ja immobiliseeritud valkude vaheline hübridisatsioon kiirgab fluorestsentssignaali, mida saab tuvastada laserskanneriga.
Joonis 02: Valgumikrokiip
Esimene valgu massiiv on antikehade mikrokiip (antikehamaatriks), mis võeti kasutusele 1983. aastal. Valgu mikrokiibid on kiired, automatiseeritud, väga tundlikud ja ökonoomsed. Samuti tarbivad nad vaid väikese koguse proove ja reaktiive. Lisaks kasutatakse valgu mikrokiipe laialdaselt haiguste diagnoosimisel, valgu funktsionaalsel analüüsil, antikehade iseloomustamisel ja ravi väljatöötamisel.
Millised on DNA ja valgu mikrokiibi sarnasused?
- DNA ja valgu mikrokiip on kahte tüüpi mikrokiibi seadmeid.
- Mõlemad seadmed põhinevad hübridisatsioonipõhimõttel.
- Mõlemad seadmed kasutavad sonde.
- Nad kasutavad hübridisatsiooni tuvastamiseks ka fluorestsentssignaale.
- Need mõlemad on meditsiinis haiguste diagnoosimisel tohutult abiks.
Mis vahe on DNA ja valgu mikrokiibi vahel?
DNA mikrokiip on mikroskoopiliste DNA täppide kogum, mis on kinnitatud tahkele pinnale nagu klaasklaas. Seevastu valgu mikrokiip on puhastatud valkude paigutus tahkel pinnal nagu klaasklaas. Niisiis, see on peamine erinevus DNA ja valgu mikrokiibi vahel. Lisaks on DNA mikrokiibis proov ja sond DNA järjestused. Teisest küljest on valgu mikrokiibis proov ja sond valgud.
Järgmine infograafik esitab tabelina erinevusi DNA ja valgu mikrokiibi vahel.
Kokkuvõte – DNA vs valgu mikrokiip
Mikrokiip on suure läbilaskevõimega ja multipleksne labor kiibil. See on valmistatud hübridisatsiooni põhimõttel. DNA ja valgu mikrokiip on kahte tüüpi mikrokiibi seadmeid. DNA mikrokiip on mikroskoopiliste DNA täppide kogum, mis on kinnitatud tahkele pinnale nagu klaasklaas. Teisest küljest on valgu mikrokiip puhastatud valkude paigutus tahkel pinnal, näiteks slaidil. Seega on see kokkuvõte erinevusest DNA ja valgu mikrokiibi vahel.
