Põhierinevus DNA ja RNA sondide vahel seisneb selles, et DNA sondid on DNA fragmendid, mis täiendavad sihtmärk-nukleotiidjärjestusi, samas kui RNA sondid on üheahelalise RNA lõigud, mis on sihtjärjestuste komplementaarsed nukleiinhappejärjestused.
Sond on kunstlikult sünteesitud lühike DNA või RNA järjestus, mida saab märgistada radioaktiivselt või mitteradioaktiivsete molekulidega. Selle pikkus võib olla 100 kuni 1000 alust. Sondid on kasulikud sihtmärk-nukleotiidjärjestuste tuvastamiseks, mis on sondi järjestusega komplementaarsed. Pärast lisamist hübridiseeritakse sondid komplementaarsete järjestustega või sihtjärjestustega ja tehakse sihtjärjestuste tuvastamiseks nähtavaks, kuna see kannab radioaktiivsust. Sondid on olulised molekulaarsed vahendid paljudes mikroobsetes ja molekulaarsetes valdkondades, nagu geneetiliste haiguste tuvastamine, viroloogia, kohtuekspertiisi patoloogia, isaduse testimine, DNA sõrmejälgede võtmine, RFLP, molekulaarne tsütogeneetika, in situ hübridisatsioon jne.
Mis on DNA-sondid?
DNA sondid on üheahelalised DNA lõigud. Neid saab kasutada komplementaarsete nukleiinhappejärjestuste (sihtjärjestuste) olemasolu tuvastamiseks hübridisatsiooni teel. Kui DNA sond hübridiseerub oma komplementaarse järjestusega, moodustab see kaheahelalise hübriidi. Nende tuvastamiseks märgistatakse DNA sondid üldiselt radioisotoopide, biotiini, epitoopide või fluorofooridega. Biotiiniga märgistatud DNA-sonde saab tuvastada streptavidiiniga märgistatud aluselise fosfataasiga mitmete ensümaatiliste ja keemiliste meetoditega.
Joonis 01: DNA sond
DNA-sondi nukleotiidjärjestus on teada. Need on lühikesed järjestused pikkusega 100 kuni 1000 aluspaari. Pikka DNA sonde saab genereerida rekombinantse DNA tehnoloogia abil. Neid saab genereerida ka PCR ja kloonimise teel. Kliinilise mikrobioloogia laborites on DNA-sondid kergesti kättesaadavad nakkushaiguste kiireks diagnoosimiseks.
Mis on RNA sondid?
RNA sondid on üheahelalised RNA lõigud. Need on proovi sihtjärjestustega komplementaarsed järjestused. Tavaliselt sünteesitakse neid bakteriofaagide SP6, T7 või T3 RNA polümeraasidega DNA in vitro transkriptsiooni teel. Pikki RNA sonde saab genereerida lineariseeritud plasmiidse DNA in vitro transkriptsiooniga. Üldiselt seostuvad RNA sondid tugev alt ja tihedam alt oma komplementaarsete järjestustega kui DNA sondid. Sarnaselt DNA-sondidele saab ka RNA-sonde märgistada nende transkribeerimise ajal.
Millised on DNA ja RNA sondide sarnasused?
- Nii DNA kui ka RNA sondid on üheahelalised nukleotiidjärjestused.
- Mõlemad on kunstlikult kujundatud ja sünteesitud.
- Lisaks saab neid märgistada radioisotoopide, epitoopide, biotiini või fluorofooridega.
- Neil on tugev afiinsus spetsiifilise DNA või RNA sihtjärjestuse suhtes.
- Neid kasutatakse erinevates blot- ja in situ hübridiseerimismeetodites sihtnukleiinhappejärjestuste tuvastamiseks.
- Mõlemat tüüpi sonde saab hübridiseerida nende komplementaarsete järjestustega.
- Neid kasutatakse ka mikroorganismide tuvastamisel ning nakkushaiguste, pärilike ja muude haiguste diagnoosimisel.
Mis vahe on DNA ja RNA sondidel?
DNA sond on lühike DNA osa, mis on sihtjärjestusega komplementaarne. Teisest küljest on RNA sond lühike üheahelaline RNA osa, mis on komplementaarne sihtjärjestusega. Seega on see peamine erinevus DNA ja RNA sondide vahel. Lisaks sisaldavad DNA sondid A, T, C ja G, samas kui RNA sondid sisaldavad A, U, C ja G.
Lisaks on DNA ja RNA sondide teine erinevus nende termodünaamiline stabiilsus. RNA sondid näitavad DNA-sondidega võrreldes suuremat termodünaamilist stabiilsust.
Allpool infograafikat on toodud olulised erinevused DNA ja RNA sondide vahel.
Kokkuvõte – DNA vs RNA sondid
Sond on väike DNA või RNA fragment, mida kasutatakse spetsiifilise järjestuse olemasolu tuvastamiseks DNA või RNA proovis molekulaarse hübridisatsiooni abil. DNA sondid on lühikesed üheahelalised DNA fragmendid, samas kui RNA sondid on lühikesed üheahelalised RNA järjestused. Need on tuntud järjestused. Termodünaamiline stabiilsus on RNA sondides suurem kui DNA sondides. RNA sondid seonduvad tihed alt oma komplementaarsete järjestustega kui DNA sondid. Seega võtab see kokku erinevuse DNA ja RNA sondide vahel.
