Põhierinevus CDS-i ja cDNA vahel on see, et CDS ehk kodeeriv järjestus on transkripti osa, mis transleeritakse tegelikult valguks, samas kui cDNA järjestus on DNA järjestus, mis on tuletatud mRNA-st pöördtranskriptsiooni teel.
A geen on nukleotiidjärjestus, mis kodeerib valku. See koosneb erinevatest piirkondadest nagu promootorpiirkond, transkriptsiooni initsiatsioonikoht, eksonid, alguskoodon, intronid ja stoppkoodon. Seetõttu on geenil nii kodeerivad kui ka mittekodeerivad järjestused. Kodeerivad järjestused ehk CDS viitavad eksonitele ja kahele koodonile, milleks on alguskoodon ja stoppkoodon. See on järjestus, mis tõlgitakse tegelikult valguks. Seevastu cDNA on DNA järjestus, mis on tuletatud mRNA-st pöördtranskriptsiooni teel.
Mis on CDS?
CDS ehk kodeeriv järjestus on osa geenist, mis tõlgitakse tegelikult valguks. See koosneb eksonitest ja kahest koodonist nagu AUG koodon ja stoppkoodon. Erinev alt cDNA-st ei sisalda CDS kahte transleerimata piirkonda: 5' UTR ja 3 UTR. Lisaks ei sisaldu CDS-is intronid.
Joonis 01: kodeerimisjada
Kui võrrelda kogu genoomi ja üksikisikuga, on kodeerivad järjestused väike osa. Kodeeriv järjestus koosneb valgu aminohappejärjestuse moodustamiseks vajalikust nukleotiidjärjestusest.
Mis on cDNA?
cDNA ehk komplementaarne DNA on mRNA järjestusest genereeritud DNA järjestus. Seda sünteesitakse protsessiga, mida nimetatakse pöördtranskriptsiooniks. Ensüüm pöördtranskriptaas katalüüsib cDNA sünteesi ja mRNA järjestus toimib cDNA sünteesi matriitsina. Põhimõtteliselt saab eukarüootsete rakkude mRNA-d ekstraheerida ja puhastada, et saada cDNA. Pärast mRNA-st cDNA konstrueerimist saab need seejärel kloonida bakterirakku, et luua cDNA raamatukogusid. cDNA raamatukogud on olulised kodeerivate piirkondade, geenifunktsioonide ja geenide ekspressiooni jne analüüsimiseks.
Joonis 02: cDNA
Erinev alt kodeerivast järjestusest sisaldab cDNA kahte UTR-i, milleks on 3’ UTR ja 5’ UTR. Sarnaselt kodeerivale järjestusele ei sisalda cDNA introneid.
Millised on CDS-i ja cDNA sarnasused?
- CDS ja cDNA on nukleiinhapped.
- Need on valmistatud desoksüribonukleotiididest.
- Nii CDS kui ka CDNA ei sisalda introneid, mis on mittekodeerivad piirkonnad.
- Mõlemad sisaldavad geneetilist koodi või teavet valgu tootmiseks.
Mis vahe on CDS-il ja cDNA-l?
CDS ehk kodeeriv järjestus on geeni osa, mis on tegelikult tõlgitud valguks. Teisest küljest on cDNA järjestus DNA järjestus, mis on tuletatud mRNA-st pöördtranskriptsiooni teel. Niisiis, see on peamine erinevus CDS-i ja cDNA vahel. Lisaks koosneb CDS eksonitest ja kahest koodonist, mis on alguskoodon ja stoppkoodon. Seevastu cDNA koosneb täielikust mRNA järjestusest ja kahest UTR-ist.
Lisaks tehakse cDNA süntees kunstlikult mRNA-st pöördtranskriptsiooni teel, samas kui CDS-d leitakse genoomses DNA-s.
Allpool infograafikat on näha rohkem võrdlusi, et teha kindlaks erinevused CDS-i ja cDNA vahel.
Kokkuvõte – CDS vs cDNA
Kodeeriv järjestus ja cDNA on kahte tüüpi nukleotiidjärjestused. Kodeeriv järjestus asub geenis, samas kui cDNA sünteesitakse kunstlikult. Kodeerival järjestusel on eksonid ja kaks koodonit, samas kui cDNA-l on mRNA järjestus ja kaks UTR-i. Nii CDS-il kui ka cDNA-l on ainult nukleotiidjärjestused, mis tegelikult valguvad. Need ei sisalda introneid. Erinev alt CDS-st nõuab cDNA sünteesiprotsess pöördtranskriptaasi ensüümi. Samuti võib cDNA muundada cDNA raamatukogudeks. Seega võtab see kokku erinevuse CDS-i ja cDNA vahel.
