Põhiline erinevus CDS-i ja ORF-i vahel on see, et CDS on geeni tegelik nukleotiidjärjestus, mis muundub valguks, samas kui ORF on DNA järjestuse lõik, mis algab translatsiooni initsiatsioonikohaga (alguskoodon) ja lõpeb tõlke lõppsait (stoppkoodon).
Geenil on kodeeriv järjestus (CDS). See koosneb geeni kogueksonitest ning stardikoodonist ja stoppkoodonist. See on geeni tegelik osa, mis transleerib ja toodab valku. Avatud lugemisraam ehk ORF on nukleotiidjärjestus, mis asub stardikoodoni ja stoppkoodoni vahel. ORF-is ei ole stoppkoodonit, mis katkestaks geneetilise koodi, mis muundub valguks. Prokarüootides on geeni CDS ja ORF samad.
Mis on CDS?
CDS ehk kodeeriv järjestus on geeni osa, mis tegelikult muundub valguks. See koosneb eksonitest ja kahest koodonist, mida tuntakse AUG-koodoni ja stoppkoodoni nime all. CDS ei sisalda kahte tõlkimata piirkonda: 5' UTR ja 3 UTR. Lisaks ei sisaldu CDS-is intronid.
Joonis 01: kodeerimisjada
Indiviidi kogu genoomiga võrreldes moodustavad kodeerivad järjestused väikese osa. Kodeeriv järjestus koosneb valgu aminohappejärjestuse moodustamiseks vajalikust nukleotiidjärjestusest. Seetõttu on CDS kontsentreeritud eksonid, mida saab jagada nukleotiidi kolmikuteks või koodoniteks. Koodonid tekitavad aminohappeid.
Mis on ORF?
Avatud lugemisraam ehk ORF on nukleotiidjärjestuse pidev venitus, mis algab alguskoodoniga ja lõpeb stoppkoodoniga. Lihtsam alt öeldes viitab ORF nukleotiidjärjestuse piirkonnale, mis asub algus- ja stoppkoodonite vahel. Vahepeal puudub ORF-i katkestav stoppkoodon. Nukleotiidjärjestus algus- ja lõppkoodoni vahel kodeerib aminohappeid. Üldiselt on alguskoodon ATG, samas kui stoppkoodonid on TAG, TAA ja TGA. ORF annab transkribeerimisel ja translatsioonil funktsionaalse valgu. Seega sisaldab ORF stardikoodonit, mitut koodonit keskmises piirkonnas ja stoppkoodonit. Huvitaval kombel on ORF-i pikkus, mille saab jagada kolmega.
Joonis 02: Ava lugemisraam
Prokarüootides, kuna introneid puuduvad, on ORF geeni kodeeriv järjestus, mis transkribeerub otse mRNA-ks. Seetõttu on CDS ja PRF prokarüootides samad. Prokarüootides geene otsides on lihtne tuvastada ORF-i ja leida prokarüootides geen. Kuna eukarüootides on introneid, on ORF koodonjärjestus, mis moodustub pärast töötlemist või RNA splaissimist. ORF on tõendusmaterjal, mis aitab geeni ennustada seni, kuni ORF on tõenäoliselt geeni osa.
Millised on CDS-i ja ORF-i sarnasused?
- Prokarüootides on CDS ja ORF samad.
- Mõlemal on alguskoodon ja stoppkoodon.
- Neil on hulk nukleotiide, mida saab jagada kolmega.
- Kui nad on tõlkinud, toodavad nad aminohappejärjestusi.
Mis vahe on CDS-i ja ORF-i vahel?
CDS on geeni tegelik osa, mis muundub valguks, samas kui ORF on DNA lõik stardikoodoni ja stoppkoodoni vahel. Niisiis, see on peamine erinevus CDS-i ja ORF-i vahel. Lisaks ei sisalda CDS introneid, kuid ORF võib sisaldada introneid. CDS transkribeerub täielikult täielikuks mRNA järjestuseks, samas kui ORF võib olla mRNA järjestuse osa. Seega on see veel üks erinevus CDS-i ja ORF-i vahel.
All infograafika tabelites on kõrvuti CDS-i ja ORF-i erinevused.
Kokkuvõte – CDS vs ORF
CDS ja ORF on geeni kaks olulist osa. CDS viitab tegelikule DNA piirkonnale, mis muundub valguks. ORF on DNA järjestus, mis algab alguskoodoniga "ATG" ja lõpeb mis tahes kolmest terminatsioonikoodonist (TAA, TAG või TGA). ORF võib olla osa geeni täielikust mRNA-st. Kuid geeni kodeeriv järjestus transkribeerub täielikuks mRNA järjestuseks. Kõik CDS-id on ORF-id. Kuid mitte kõik ORF-id pole CDS-id. Seega võtab see CDS-i ja ORF-i erinevuse kokku.
