Põhierinevus ORF-i ja eksoni vahel on see, et ORF ehk avatud lugemisraam on DNA järjestuse lõik, mis algab translatsiooni initsiatsioonikohaga (alguskoodon) ja lõpeb translatsiooni lõpp-kohaga (stoppkoodon), samas kui ekson on nukleotiidjärjestus geenis, mis kodeerib aminohappeid.
Avatud lugemisraam on lugemisraami osa. Lugemisraame loevad ribosoomid, et toota valke. ORF on pidev koodonite osa, mis annab täielikult funktsionaalse valgu. See algab alguskoodoniga ja lõpeb stoppkoodoniga. ORF-i sees ei ole kodeerivat järjestust katkestavat stoppkoodonit. Tõlge algab alguskoodonist ja lõpeb stoppkoodonist. Ekson on geeni nukleotiidjärjestus. See kodeerib valgu aminohappeid. Seetõttu on eksonid geeni kodeerivad piirkonnad.
Mis on ORF?
Avatud lugemisraam ehk ORF on nukleotiidjärjestuse pidev venitus, mis algab alguskoodoniga ja lõpeb stoppkoodoniga. Lihtsam alt öeldes viitab ORF nukleotiidjärjestuse piirkonnale, mis asub algus- ja lõppkoodoni vahel. Vahepeal puudub ORF-i katkestav stoppkoodon. Nukleotiidjärjestus algus- ja lõppkoodoni vahel kodeerib aminohappeid. Üldiselt on alguskoodon ATG, samas kui stoppkoodonid on TAG, TAA ja TGA. ORF annab transkribeerimisel ja translatsioonil funktsionaalse valgu. Seetõttu sisaldab ORF stardikoodonit, mitut koodonit keskmises piirkonnas ja stoppkoodonit. Huvitaval kombel on ORF-i pikkus, mille saab jagada kolmega.
Joonis 01: ORF
Prokarüootides, kuna introneid puuduvad, on ORF geeni kodeeriv piirkond, mis transkribeerub otse mRNA-ks. Kuna eukarüootides on introneid, on ORF koodonjärjestus, mis saadakse pärast töötlemist või RNA splaissimist. ORF on tõendusmaterjal, mis aitab geeni ennustada, kuna pikad ORF-id on tõenäoliselt geeni osa.
Mis on ekson?
Eksonid on geenide kodeerivad nukleotiidjärjestused, mis muunduvad valkudeks. Need asuvad introni mõlemal küljel. Pärast mittekodeerivate järjestuste eemaldamist pre-mRNA-st koosneb küps mRNA molekul ainult eksonijärjestustest. Seejärel muundub lõpliku RNA molekuli (küpse mRNA) nukleotiidjärjestus konkreetse valgu aminohappejärjestuseks.
Joonis 02: Eksonid
Peaaegu kõigil geenidel on esialgne nukleotiidjärjestus, mis eristab seda geenina peamisest DNA või RNA ahelast, mida tuntakse kui avatud lugemisraami (ORF). Mõnes geenis tähistavad kaks ORF-i kogu geeni ja eksoneid. Kuigi tundub, et eksonid ekspresseeritakse alati geenides, on juhtumeid, kus intronijärjestused sekkuvad eksonisse, põhjustades mutatsioone, ja seda protsessi nimetatakse eksoniseerimiseks.
Millised on ORF-i ja Exoni sarnasused?
- Nii ORF kui ka ekson on nukleotiidjärjestused.
- Pikk ORF ja eksonid on geeni osad.
- Mõlemal on kodeerimisjärjestused.
Mis vahe on ORF-il ja Exonil?
ORF ja ekson on nukleotiidjärjestused. ORF viitab mis tahes DNA järjestuse lõigule, mis asub start- ja stoppkoodoni vahel. Seevastu ekson on aminohappeid kodeeriva geeni kodeeriv nukleotiidjärjestus. Seega on see peamine erinevus ORF-i ja eksoni vahel. Eksonid on geeni osad, samas kui pikk ORF on tõenäoliselt geeni osa. Lisaks on eksoni mõlemal küljel intronid, samas kui ORF ei sisalda introneid.
Allpool infograafikat on tabeli kujul kokkuvõte ORF-i ja eksoni erinevustest.
Kokkuvõte – ORF vs Exon
Avatud lugemisraam (ORF) on lugemisraami osa. See on DNA järjestuse pidev venitus, mis algab alguskoodoniga ja lõpeb stoppkoodoniga. Ekson on geeni nukleotiidjärjestus. See kodeerib mRNA järjestuse osa. Seetõttu on eksonid geenijärjestuse osad, mida ekspresseeritakse valgus. Seega võtab see kokku erinevuse ORF-i ja eksoni vahel.
