Põhiline erinevus sünteesi ja kollineaarsuse vahel seisneb selles, et sünteensus on liikide samas kromosoomis olevate geneetiliste lookuste füüsiline kaaslokaliseerimine, samas kui kollineaarsus on geneetiliste lookuste füüsiline kaaslokaliseerimine erinevates liikides samas kromosoomis, säilitades sama järjekord.
Sünteenia ja kollineaarsus on kaks terminit, mida genoomikas kasutatakse vaheldumisi. Mõlemad terminid kirjeldavad geenide lokaliseerimise mustreid erinevate liikide kromosoomides. Need seotud geenide paigutused taksonite vahel on väärtuslik teave geenide jagatud esivanemate järeldamisel. Sünteenia viitab geneetiliste lookuste füüsilisele kaaslokaliseerumisele liikides samas kromosoomis. Kollineaarsus viitab geneetiliste lookuste füüsilisele lokaliseerimisele samas kromosoomis erinevates liikides, säilitades sama järjestuse. Seetõttu on see sünteesi vorm.
Mis on Synteny?
Erinevates liikides on geenide komplekt, mis asub samas kromosoomis. Ja seda geenide füüsilist kaaslokaliseerumist erinevates liikides samas kromosoomis nimetatakse sünteeniks. Samuti leidub neid geene ühes kromosoomis üksteisele väga lähedal. Geenide järjekord ei pruugi olla sama. Kuid geenide lokaliseerimine üksteise lähedal samas kromosoomis toimub sünteesis. Seetõttu kirjeldab sünteetika peamiselt geenide jaotusmustrit kromosoomis. Need geenide kaaslokaliseerumise mustrid näitavad seoseid erinevate liikide ja nende evolutsiooni vahel. Sünteesi võib aga häirida kromosomaalsete ümberkorralduste, nagu translokatsioonid, inversioon ja kromosoomide liitmine jne, dubleerimise, kadumise ja ebavõrdse homoloogse rekombinatsiooni tõttu.
Joonis 01: Sünteen
Arvatakse, et kõik seotud geenid on sünteetilised. Kuid mitte kõik sünteetilised geenid pole tingimata seotud. Neil on ühised kromosoomijärjestused. Inimestel on koos teiste imetajatega palju sünteetilisi geene. Lisaks on paljudel teraviljadel sünteetilised geenid.
Mis on kollineaarsus?
Kollineaarsus on spetsiifilisem sünteesivorm, mille puhul geenide kogum paikneb erinevate liikide samas kromosoomis samas järjekorras nagu esivanemate liikide puhul. Seetõttu on kollineaarsusest kõrvalekaldumine usaldusväärsem fülogeneetiline iseloom, kuna kollineaarsus selgitab geenide ühist päritolu.
Joonis 02: Kollineaarsus
Mitmepoolne kollineaarsusanalüüs annab palju usaldusväärsemat teavet seotud liikide ja nende fülogeneesi kohta.
Millised on sünteesi ja kollineaarsuse sarnasused?
- Nii sünteesi kui ka kollineaarsuse korral paikneb kahe erineva liigi lookuste kogum samas kromosoomis.
- Need terminid kirjeldavad geneetiliste lookuste füüsilist kaaslokaliseerumist samas kromosoomis.
- Kollineaarsus on sünteesi spetsiifilisem vorm.
- Mõnikord kasutatakse genoomikas mõlemat terminit vaheldumisi.
- Kui kahel piirkonnal on kollineaarsus, on need ilmselgelt sünteensed.
- Need on kasulikud fülogeneesi järeldamisel.
Mis vahe on sünteetikal ja kollineaarsusel?
Sünteenia ja kollineaarsus on kaks terminit, mida genoomikas kasutatakse vaheldumisi. Sünteenia viitab geenide komplekti füüsilisele kooslokaliseerimisele erinevates liikides samas kromosoomis. Kollineaarsus on sünteesi vorm, kus geenide komplekt paikneb erinevate liikide vahel samas järjekorras. Seetõttu on see peamine erinevus sünteesi ja kollineaarsuse vahel.
Kokkuvõte – sünteetika vs kollineaarsus
Sünteenia ja kollineaarsus tähistavad geenide kogumit, mis paiknevad erinevates liikides samas kromosoomis. Tegelikult paiknevad need geenid erinevates liikides samas kromosoomis. Sünteenia kirjeldab erinevates liikides samas kromosoomis olevate komplektsete geenide füüsilist kaaslokaliseerumist, samas kui kollineaarsus on sünteesi spetsiifilisem vorm, mille puhul geenide komplekt paikneb samas järjekorras. Seega võtab see sünteesi ja kollineaarsuse erinevuse kokku.
