Põhiline erinevus kandidaatgeeni ja GWAS-i vahel seisneb selles, et kandidaatgeenide lähenemisviis uurib geneetilist variatsiooni väikeses arvus eelnev alt määratletud huvipakkuvates geenides, samal ajal kui GWAS uurib kogu genoomi konkreetse haigusseisundi taga oleva ühise geneetilise variatsiooni tuvastamiseks.
Kandidaadigeenide lähenemisviis ja genoomi hõlmavad assotsiatsiooniuuringud (GWAS) on kaks meetodit, mis on olulised haigustele geneetilise vastuvõtlikkuse tuvastamiseks. Kandidaatgeenide lähenemisviis põhineb eelnev alt kindlaksmääratud väikesel arvul geenidel, samas kui GWAS põhineb kogu genoomi testimisel. Seega nõuab kandidaatgeenide lähenemisviis erinev alt GWAS-ist eelnevaid teadmisi haiguse jaoks oluliste geenide kohta.
Mis on kandidaatgeen?
Kandidaadigeenide lähenemisviis on üks meetoditest, mis uurib seost eelnev alt määratletud huvipakkuvate geenide geneetilise variatsiooni ja fenotüüpide või haigusseisundite vahel. Selle lähenemisviisi puhul on vaja eelteadmisi geeni bioloogilisest funktsionaalsest mõjust kõnealusele tunnusele või haigusele. Nende teadmiste põhjal valitakse välja väike hulk geene ja analüüsitakse neid geneetilise variatsiooni suhtes.
Joonis 01: kandidaatgeenide lähenemisviis
Geenide valik põhineb selles lähenemisviisis kõnealuse haiguse bioloogilisel, füsioloogilisel ja funktsionaalsel tähtsusel. See lähenemisviis on sageli kavandatud juhtumikontrolli uuringuna.
Mis on GWAS?
GWAS tähistab Genome-Wide Association Study. See viitab ka kogu genoomi assotsiatsiooniuuringutele. Need uuringud keskenduvad peamiselt vaatlusuuringutele. Nad analüüsivad erinevate indiviidide geneetilisi variante, mis on tavaliselt seotud konkreetse tunnusega. GWAS-analüüsi jaoks on oluline kogu genoom.
GWAS on oluline vahend erinevate haigusseisunditega seotud üksikute nukleotiidide polümorfismide analüüsimisel. See on erinevate üksikute nukleotiidide polümorfismide võrdlev uuring laias populatsioonis. GWAS-i uuringuvalim on väga kõrge; seega võtab see ka läbilõikelise kohortuuringu vormingu.
Joonis 02: GWAS
Esimene GWAS-uuring viidi läbi seoses müokardiinfarktiga ja analüüsiti müokardiinfarktiga seotud geene. Praegu mängib GWAS olulist rolli tundmatu etioloogiaga keeruliste haiguste geneetilise tausta määramisel.
Millised sarnasused on kandidaatgeeni ja GWASi vahel?
- Nii kandidaatgeenide lähenemisviis kui ka GWAS on meetodid, mis analüüsivad genotüübi ja haiguse fenotüübi vahelist geneetilist seost.
- Mõlemad lähenemisviisid aitavad mõista haigustele vastuvõtlikkuse geneetilist alust.
Mis vahe on kandidaatgeenil ja GWAS-il?
Kandidaadigeenide lähenemisviis põhineb kandidaatgeenidel või eelnev alt määratletud geenidel, samas kui GWAS põhineb kogu genoomil. Niisiis, see on peamine erinevus kandidaatgeeni ja GWAS-i vahel. Samuti on kandidaatgeenide puhul geenide valimine vajalik, samas kui seda pole GWAS-is vaja.
Lisaks eeldab kandidaatgeenide lähenemisviis eelteadmisi haigusega seotud geenide kohta, samas kui see pole GWAS-i jaoks vajalik.
Allpool infograafikat on toodud üksikasjalikum võrdlus seoses erinevusega kandidaatgeeni ja GWAS-i vahel.
Kokkuvõte – kandidaatgeen vs GWAS
Kandidaadigeen ja GWAS on kaks geeniassotsiatsiooni uuringut. Kandidaatgeenide lähenemisviis keskendub haigusega seotud geneetilisele variatsioonile väikese arvu eelnev alt määratletud geenide piires. Seevastu GWAS uurib haigusega seotud geneetilist variatsiooni kogu genoomis. Niisiis, see on peamine erinevus kandidaatgeeni ja GWAS-i vahel. Mõlemad meetodid on olulised haigustele vastuvõtlikkuse geneetilise aluse mõistmisel.
