Peamine erinevus – geelelektroforees vs SDS Lehekülg
Geelelektroforees on tehnika, mis eraldab makromolekulid elektriväljas. See on molekulaarbioloogias levinud meetod DNA, RNA ja valkude eraldamiseks segudest vastav alt nende molekulaarsuurusele. SDS Page on teatud tüüpi geelelektroforees, mida kasutatakse valkude eraldamiseks valgusegust nende suuruse alusel. Geelelektroforees on termin, mida kasutatakse DNA, RNA ja valkude eraldamiseks kasutatava tavatehnika viitamiseks, samas kui SDS Page on geelelektroforeesi ühte tüüpi. See on peamine erinevus geelelektroforeesi ja SDS-lehe vahel.
Mis on geelelektroforees?
Geelelektroforees on levinud tehnika, mida laborites kasutatakse laetud molekulide, nagu DNA, RNA, valkude jne eraldamiseks nende segudest. Geelelektroforeesis kasutatakse geeli. See toimib molekulaarsõelana. Geelelektroforeesis kasutatakse kahte tüüpi geele, nimelt agaroosi ja polüakrüülamiid. Geeli ja geelipreparaadi valik on olulised tegurid, mida geelelektroforeesi puhul arvesse võtta, kuna geeli pooride suurust tuleb hoolik alt reguleerida, et molekulid geelelektroforeesi abil hästi eraldada. Geelelektroforeesil on geeli kahe otsaga ühendatud elektriväli. Geeli üks ots näitab positiivset laengut, samas kui teine ots on negatiivselt laetud.
DNA ja RNA on negatiivselt laetud molekulid. Kui need on geeli negatiivsest otsast geeli laaditud ja elektriväljale kantud, liiguvad nad läbi geelipooride geeli positiivselt laetud otsa suunas. Migratsiooni kiirus sõltub laengust ja molekuli suurusest. Väiksemad molekulid migreeruvad kergesti läbi geelipooride kui suuremad molekulid. Seega läbivad väiksemad molekulid läbi geeli pika vahemaa ja suuremad molekulid lühikese vahemaa. Molekulide liikumise jälgimiseks geelil kasutatakse spetsiaalseid värvaineid. Elektrivälja rakendatakse teatud aja jooksul ja see peatatakse, et vältida molekulide kadu ja hoida molekule oma liikuvates kohtades. Geelis võib täheldada erinevaid ribasid. Need ribad esindavad erineva suurusega molekule. Seega on geelelektroforees kasulik molekulide eristamiseks nende suuruse järgi.
Geelelektroforees on molekulaarbioloogia preparatiivse tehnikana kaasatud erinevatesse tehnikatesse, nagu PCR, RFLP, kloonimine, DNA sekveneerimine, Southern blotting, genoomi kaardistamine jne.
Joonis 01: Agaroosgeeli elektroforees
Mis on SDS-leht?
Naatriumdodetsüülsulfaatpolüakrüülamiidi geelelektroforees (SDS Page) on teatud tüüpi geelelektroforees, mida kasutatakse valkude eraldamiseks. Kui valkude eraldamiseks kasutatakse geelelektroforeesi, on vaja eritöötlust, kuna valgud ei ole negatiivselt laetud nagu DNA ja RNA ega migreeru positiivse või negatiivse otsa poole. Seega valgud denatureeritakse ja kaetakse negatiivse laenguga enne geelelektroforeesi. Seda tehakse detergendiga, mida nimetatakse naatriumdodetsüülsulfaadiks (SDS). Geelelektroforees, mis kasutab SDS-i ja polüakrüülamiidgeeli tugikeskkonnana, on tuntud kui SDS Page. Seda tehnikat kasutatakse tavaliselt biokeemias, geneetikas, kohtuekspertiisis ja molekulaarbioloogias.
SDS-lehe ajal segatakse valgud SDS-iga. SDS voldib valgud lineaarseks ja katab need negatiivse laenguga, mis on võrdeline nende molekulmassiga. Negatiivse laengu tõttu migreeruvad valgumolekulid geeli positiivse laengu otsa suunas ja eralduvad vastav alt oma molekulmassidele. SDS lehel kasutatakse polüakrüülamiidi geeli tahke kandjana. Valkude tegelik eraldumine sõltub peamiselt geeli omadustest. Seetõttu tuleb polüakrüülamiidgeeli valmistada hoolik alt ja kasutada õiges kontsentratsioonis polüakrüülamiidi. Polüakrüülamiidgeelid näitavad kõrget eraldusvõimet kui agaroosgeelid. Seetõttu peetakse SDS-lehte valkude eraldamise kõrge eraldusvõimega tehnikaks.
SDS Page on teatud tüüpi denatureeriv geelelektroforees. Sellel on valguanalüüsis suur piirang. Kuna SDS denatureerib valgud enne eraldamist, ei võimalda see tuvastada ensümaatilist aktiivsust, valkudega seonduvaid interaktsioone, valgu kofaktoreid jne.
Joonis 02: SDS-i leht
Mis vahe on geelelektroforeesil ja SDS-leheküljel?
Geelelektroforees vs SDS Lehekülg |
|
| Geelelektroforees on meetod, mida tehakse makromolekulide eraldamiseks elektrivälja abil. | SDS Page on kõrge eraldusvõimega geelelektroforeesi tehnika, mida kasutatakse valkude eraldamiseks nende massi järgi. |
| Gel Run | |
| Seda saab sooritada horisontaalselt või vertikaalselt. | SDS-leht töötab alati vertikaalselt. |
| Eraldamise alus | |
| Eraldamine toimub vastav alt laengule ja suurusele. | Valkude eraldumine toimub vastav alt massile ja laengule. |
| Resolutsioon | |
| Agaroosgeelelektroforeesil on madal eraldusvõime ja polüakrüülamiidgeelelektroforeesil on suurem eraldusvõime | SDS-lehel on parem eraldusvõime. |
| Denaturatsioon | |
| Geelelektroforees hõlmab nii denatureerivaid kui ka mittedenatureerivaid tehnikaid. | SDS leht denatureerib valgud enne eraldamist. |
Kokkuvõte – geelelektroforees vs SDS Lehekülg
Geelelektroforees on levinud meetod, mida kasutatakse DNA, RNA ja valkude eraldamiseks ja analüüsimiseks nende suuruse ja laengu alusel. Geelelektroforeesil on kaks peamist tüüpi, nimelt agaroosgeelelektroforees ja polüakrüülamiidgeelelektroforees. Agaroosigeele kasutatakse peamiselt nukleiinhapete eraldamiseks; kui on vaja suuremat eraldusvõimet, kasutatakse polüakrüülamiidgeele. SDS Page on teatud tüüpi geelelektroforees, mida tavaliselt kasutatakse komplekssete valkude segude eraldamiseks. Seda peetakse kõrge eraldusvõimega valkude eraldamise tehnikaks. See on erinevus geelelektroforeesi ja SDS-lehe vahel.
