Põhiline erinevus linkeri ja adapteri vahel on see, et linkeril ei ole ühtekuuluvaid otsi, samas kui adapteril on üks sidus ots.
DNA ligeerimine on kahe DNA molekuli ühendamise protsess, moodustades fosfodiestersidemeid. Ensüüm nimega DNA ligaas katalüüsib seda reaktsiooni. See on üks kriitilisi etappe tänapäevastes molekulaarbioloogilistes valdkondades, nagu rekombinantne DNA tehnoloogia ja DNA kloonimine. Ligeerimise efektiivsus sõltub ligeeritavate DNA molekulide otstest. DNA-otsi on kahte tüüpi: kleepuvad ja tömbid otsad. Kleepuvate otste puhul on ligeerimise efektiivsus kõrgem kui tömpide otste puhul. Kui siht-DNA molekulidel on tömbid otsad, on kasulikud molekulid, mida nimetatakse adapteriteks või linkeriteks. Adapterid ja linkerid on keemiliselt sünteesitud oligonukleotiidmolekulid, mis aitavad kaasa DNA ligeerimisele. Neil on ka sisemised piirangusaidid. Adapteril on üks kleepuv ots ja üks tömp ots, samas kui linkeril on kaks tömpi otsa.
Mis on linker?
Linker on keemiliselt sünteesitud oligonukleotiidjärjestus, mis on kaheahelaline. Linkeril on kaks tömbi otsa. Linkerit kasutatakse tömpide otstega DNA molekulide ligeerimiseks vektoritega. See sisaldab ühte või mitut sisepiirangusaiti. Need restriktsioonisaidid töötavad restriktsiooniensüümide äratundmissaitidena.
Joonis 01: Linker
Pärast ligeerimist piiratakse DNA uuesti restriktsiooniensüümidega, et tekitada sidusad otsad. EcoRI-linkerid ja sal-I linkerid on tavaliselt kasutatavad linkerid.
Mis on adapter?
Adapter on kaheahelaline oligonukleotiidjärjestus, mida kasutatakse kahe DNA molekuli ühendamiseks. See on lühike jada, millel on üks nüri ots ja üks kleepuv või ühtlane ots. Seetõttu koosneb see ühest otsast üheahelalisest sabast, mis suurendab DNA ligeerimise efektiivsust.
Joonis 02: DNA ligeerimine adapteriga
Lisaks on adapteril sisemised piirangusaidid. Seetõttu saab pärast ligeerimist DNA-d piirata sobivate restriktsiooniensüümidega, et luua uus väljaulatuv ots. Adapterite üks puudus on see, et kaks adapterit võivad moodustada dimmereid, kui need omavahel siduda. Seda saab vältida, töödeldes neid ensüümiga, mida nimetatakse leeliseliseks fosfataasiks.
Millised on linkeri ja adapteri sarnasused?
- Nii linker kui adapter on kaheahelalised lühikesed oligonukleotiidjärjestused.
- Neil on sisepiirangute saidid.
- Lisaks on need keemiliselt sünteesitud DNA molekulid ja sünteetilised molekulid.
- Need suudavad kaks DNA molekuli omavahel siduda.
- Pärast linkerite ja adapterite ligeerimist piiratakse DNA uuesti restriktsiooniensüümidega, et tekitada kleepuvad otsad.
Mis vahe on linkeril ja adapteril?
Linker on keemiliselt sünteesitud lühike oligonukleotiiddupleks, millel on kaks tömbi otsa. Adapter on keemiliselt sünteesitud lühike oligonukleotiiddupleks, millel on üks kleepuv ja üks tömp ots. Seega on see linkeri ja adapteri peamine erinevus. Lisaks võivad adapterid moodustada dimeere, samas kui linkerid ei moodusta dimeere. Niisiis, see on veel üks oluline erinevus linkeri ja adapteri vahel.
Allpool on kokkuvõte linkeri ja adapteri erinevustest tabeli kujul.
Kokkuvõte – linker vs adapter
Linker ja adapter on kahte tüüpi keemiliselt sünteesitud oligonukleotiide, mis on kasulikud tömbi otsaga DNA ligeerimiseks. Linkeril on kaks tömpi otsa, samas kui adapteril on üks nüri ots ja üks sidus ots. Niisiis, see on peamine erinevus linkeri ja adapteri vahel. Need on kaheahelalised molekulid, millel on sisemised restriktsioonisaidid. Neid kasutatakse laialdaselt rekombinantse DNA tehnoloogias ja DNA kloonimises.
