Põhiline erinevus dATP ja ddATP vahel on see, et dATP ei lõpeta DNA sünteesi, samas kui ddATP on võimeline lõpetama DNA sünteesi. Selle põhjuseks on asjaolu, et ddATP-s on H-aatom seotud pentoossuhkru positsiooniga 3', samas kui dATP-s on OH-rühm seotud positsiooniga 3'.
dNTP-d on DNA ehitusplokid. Puriini või pürimidiini aluste järgi on nelja tüüpi dNTP-sid - üks neist. dATP lämmastikalus on adenosiin. ddNTP-d on Sangeri sekveneerimisel kasutatavad nukleotiidid. DdNTP-sid on nelja tüüpi. ddATP on ddNTP.
Mis on dATP?
Desoksüadenosiintrifosfaat on nukleotiid, mis on DNA ehitusplokk. DNA polümeraasi ensüüm kasutab dATP-d DNA sünteesi substraadina. dATP-l on kolm komponenti: desoksüriboosi suhkrumolekul, adenosiin ja kolm fosfaatrühma. Seetõttu on see puriinnukleosiidtrifosfaat. dATP keemiline valem on C10H16N5O12 P3, ja selle molekulmass on 491,182.
Joonis 01: dATP
dATP erineb ATP-st (adenosiintrifosfaat) suhkrukomponentide poolest. ATP-s on riboossuhkur. dATP aluspaarid uratsiili nukleotiidiga transkriptsiooni ajal. Lisaks osalemisele DNA sünteesis võib dATP toimida energiat ülekandva molekulina, et säilitada ka rakkude elujõulisust. Kõrge dATP tase kehas on toksiline, kuna see võib toimida ensüümi ribonukleotiidreduktaasi mittekonkureeriva inhibiitorina. See võib põhjustada immuunfunktsiooni häireid.
Mis on ddATP?
Dideoksüadenosiintrifoafaat ehk ddATP on üks neljast Sangeri sekveneerimismeetodis kasutatavast nukleotiiditüübist. Struktuuriliselt on ddATP-l ka kolm dATP-ga sarnast komponenti. Need on adeniini alus, desoksüriboossuhkur ja kolm fosfaati.
Joonis 02: ddATP
Erinev alt dATP-st puudub ddATP-l pentoossuhkru 3' asendis OH-rühm, et moodustada külgneva nukleotiidiga fosfodiesterside ja jätkata ahela pikenemist. Sellel on H-aatom asendis 3'. Seega, kui ddATP on lisatud, lõpeb DNA süntees. See on Sangeri järjestuse põhiprintsiip. Seetõttu toimib ddATP Sangeri sekveneerimisel ahela pikenemise inhibiitorina. Sangeri sekveneerimisel kasutatakse nelja tuubi ja ühte tuubi lisatakse ddATP.
Millised on dATP ja ddATP sarnasused?
- dATP ja ddATP on nukleotiidid.
- Mõlemad koosnevad adeniinist, desoksüriboosist ja kolmest fosfaadist.
- Need on orgaanilised ühendid.
- Nii dATP kui ka ddATP lisatakse torudesse Sangeri järjestuses.
Mis vahe on dATP ja ddATP vahel?
dATP-l on OH-rühm pentoossuhkru 3'-asendis, samas kui ddATP-l puudub OH-rühm pentoossuhkru positsioonis 3'. Lisaks on dATP DNA sünteesis kasutatav monomeer, samas kui ddATP-d kasutatakse ahela pikenemise lõpetamiseks Sangeri sekveneerimise ajal. Niisiis, see on peamine erinevus dATP ja ddATP vahel. Lisaks võib dATP moodustada fosfodiestersidemeid, samas kui ddATP ei saa moodustada fosfodiestersidemeid.
Allpool infograafikat on kõrvuti võrdlemiseks tabelina näha rohkem erinevusi dATP ja ddATP vahel.
Kokkuvõte – dATP vs ddATP
Lühid alt öeldes on dATP DNA sünteesi eelkäija, samas kui ddATP on nukleotiid, mida kasutatakse DNA sünteesi lõpetamiseks Sangeri sekveneerimisel. Lisaks on dATP-l OH-rühm pentoossuhkru 3' asendis ja see võimaldab moodustada fosfodiestersideme järgmise nukleotiidiga. Samal ajal puudub ddATP-l 3ʹ-asendis OH-rühm; seega ei suuda see moodustada fosfodiestersidemeid järgmise nukleotiidiga. Selle tulemusena lõpetab DNA järjestuse pikenemise. Seega võtab see kokku erinevuse dATP ja ddATP vahel.
