Peamine erinevus juhuslike praimerite ja oligo-dT vahel on see, et juhuslik praimer on segu kõigist võimalikest heksameeri oligonukleotiidjärjestustest, samas kui oligo dT praimer koosneb 12–18 deoksütümidiinist koosnevast üheahelalisest lõigust.
Pöördtranskriptsioon on mehhanism, mille käigus saab cDNA-d sünteesida mRNA või mis tahes RNA liigi abil. cDNA tootmiseks tuleks varustada pöördtranskriptaasi ensüüm ja muud vajalikud komponendid, eriti matriits ja praimerid. Praimerid on lühikesed DNA järjestused, mis on spetsiaalselt loodud sihtjärjestuste amplifitseerimiseks. Juhuslikud praimerid ja oligo-dT praimerid on kaks tavalist tüüpi praimereid, mida kasutatakse pöördtranskriptsioonis. Seetõttu on juhuslik praimer või oligo-dT praimer lühikesed DNA oligonukleotiidjärjestused, mis on vajalikud pöördtranskriptaasi jaoks pöördtranskriptsiooni algatamiseks. Sõltuv alt RNA matriitsist saab nende kahe praimeri tüübi hulgast valida sobiva praimeri.
Mis on juhuslikud praimerid?
Juhuslik praimer on oligonukleotiidide segu, mis esindab kõiki võimalikke heksameeri järjestusi. Juhusliku praimeri praimeri järjestus on 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T või C. Seetõttu saab juhuslikke praimereid kasutada üheahelalise DNA või RNA amplifitseerimiseks DNA polümeraasi või pöördtranskriptaasi abil, vastav alt. Pealegi on juhuslik praimerite segu võimeline amplifitseerima kõiki RNA piirkondi, et tekitada cDNA. Seega toodab see erineva pikkusega cDNA-d.
Joonis 01: juhuslikud praimerid
Kõige tähtsam on see, et juhuslik praimerite segu ei näita malli spetsiifilisust. See ei ole võimeline eristama mRNA-d ja teisi RNA liike. Ja see lõõmub mis tahes proovis sisalduva RNA liigiga. Juhuslik praimerite segu sobib aga polü(A) sabadeta RNA-de, nagu rRNA, tRNA, mittekodeerivate RNA-de, väikeste RNA-de, prokarüootsete mRNA-de jne, lagunenud RNA ja teadaolevate sekundaarsete struktuuridega RNA-de pöördtranskriptsiooniks.
Mis on Oligo dT?
Oligo dT praimer on 12–18 desoksütümiini (dT) venitus. Praimeri järjestust võib esitada kui 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3. Seda kasutatakse cDNA tootmiseks polü(A) saba sisaldavast mRNA-st. Põhimõtteliselt toimib see pöördtranskriptaasi poolt katalüüsitava reaktsiooni praimerina. Pöördtranskriptsiooni ajal anniilib oligo dT praimer enamiku eukarüootsete mRNAde 3' otsas leiduva polüadenüülitud sabaga ja käivitab protsessi.
Joonis 02: Pöördtranskriptsioon Oligo dT Primeri abil
Erinev alt juhuslikust praimerist ei sobi oligo dT praimer lagunenud RNA või RNA jaoks, millel puuduvad polü(A) sabad, sealhulgas prokarüootne RNA ja mikroRNA.
Millised on juhuslike praimerite ja Oligo dT sarnasused?
- Juhuslik praimer ja oligo-dT praimer on kahte tüüpi praimereid, mida kasutatakse pöördtranskriptsioonis ja cDNA valmistamisel.
- Juhusliku praimeri ja oligo-dT praimeri kooskasutamine suurendab cDNA sünteesi tundlikkust.
- Need on üheahelalised lühikesed nukleotiidjärjestused.
Mis vahe on juhuslike praimerite ja Oligo dT vahel?
Juhuslik praimer on lühike oligonukleotiidjärjestus, mis koosneb juhuslikust järjestusest. Samal ajal on oligo dT praimer lühike ahel, mis koosneb 12 kuni 18 deoksütümidiinist. Niisiis, see on peamine erinevus juhuslike praimerite ja oligo dT vahel. Juhusliku praimeri järjestus on 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T või C. Seevastu oligo dT praimeri järjestus on 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3´. Seetõttu võime seda pidada veel üheks erinevuseks juhuslike praimerite ja oligo dT vahel.
Lisaks ei näita juhuslikud praimerid matriitsispetsiifilisust ja nad anniiluvad mis tahes RNA liigiga, samas kui oligo dT praimerid näitavad spetsiifilisust eukarüootse mRNA polü(A) sabade suhtes.
Allpool olev infograafik võtab kokku juhuslike praimerite ja oligo dT erinevuse.
Kokkuvõte – juhuslikud praimerid vs Oligo dT
Juhuslik praimer ja oligo-dT praimer on kahte tüüpi praimereid, mida kasutatakse cDNA sünteesis. Juhuslik praimer koosneb oligonukleotiidide segust, mis esindab kõiki võimalikke heksameeri järjestusi, samas kui oligo dT praimer on üheahelaline järjestus, mis koosneb 12 kuni 18 deoksütümidiinist. Niisiis, see on peamine erinevus juhuslike praimerite ja oligo dT vahel. Lisaks on oligo dT praimerid kasulikud polü(A) sabaga RNA täispika pöördtranskriptsiooni jaoks, samas kui juhuslikud praimerid on kasulikud enamiku RNA liikide, sealhulgas degradeerunud RNA, RNA, millel puuduvad polü(A) sabad ja RNA-d, pöördtranskriptsiooniks. sekundaarsed struktuurid. Seetõttu ei näita juhuslik praimer matriitsi spetsiifilisust, samas kui oligo dT praimer näitab spetsiifilisust eukarüootse mRNA suhtes, mis sisaldab polü(A) saba.
