Põhierinevus FISHi ja CGH vahel seisneb selles, et FISH on molekulaarne tehnika, mis tuvastab kromosoomi spetsiifilise DNA järjestuse, kasutades fluorestsentsmärgistatud sonde, samas kui CGH on teine molekulaarne tsütogeneetiline tehnika, mis tuvastab genoomse DNA muutusi.
Tsütogeneetiline analüüs mängib meditsiinis olulist rolli kromosomaalsete kõrvalekallete, nagu aneuploidiad, deletsioonid, dubleerimised ja ümberkorraldused jne tuvastamisel. Kromosoomianomaaliad viivad lõpuks selliste geneetiliste haigusteni nagu vähk, viljatus, Downi sündroom, Klinefelteri sündroom, Turner sündroom, leukeemia jne. Eelnimetatud defektide ja haiguste tuvastamiseks on olemas erinevad molekulaarsed tsütogeneetilised meetodid. Nende hulgas on FISH (fluorestseeruv in situ hübridisatsioon) ja CGH (võrdlev genoomne hübridisatsioon) kaks võimsat hübridisatsioonitehnikat. Mõlemal meetodil on aga plusse ja miinuseid.
Mis on FISH?
FISH on nukleiinhapete hübridisatsioonitehnika, mida teostatakse koe osal või lõigul kogu koes või rakkudes. See on sondipõhine meetod. Tehnika sõltub Watson Cricki komplementaarse aluste sidumise teooriast, mille tulemuseks on kas DNA-DNA hübriidid või DNA-RNA hübriidid, mis suudavad seega tuvastada muteerunud geene või tuvastada huvipakkuva geeni. Lisaks kasutatakse selles tehnikas üheahelalisi DNA järjestusi, kaheahelalisi DNA järjestusi, üheahelalisi RNA järjestusi või sünteetilist oligonukleotiidi, mis on valmistatud nick translatsiooni kasutades sondidena, mis on komplementaarsed huvipakkuvate geenijärjestustega. Pealegi on selle tehnika kõige olulisem omadus sondide märgistamine fluorestsentsvärvidega. Seega seostuvad sondid kromosoomi komplementaarsete osadega ja muudavad selle tuvastamise lihtsaks.
Lisaks on FISH väga tundlik ja spetsiifiline meetod. Seega on see levinud meetod hematoloogiliste pahaloomuliste kasvajate ja tahkete kasvajate uurimisel ja diagnoosimisel. Kuid FISH näitab madalat eraldusvõimet. Sondijärjestuste kavandamiseks on vaja ka eelteadmisi sihtmärgi kõrvalekalde kohta.
Joonis 01: KALA
FISH-i rakendusi on palju, peamiselt nakkushaiguste molekulaardiagnostikas, et tuvastada patogeenide olemasolu ja patogeeni kinnitada molekulaardiagnostika abil. Lisaks on FISH lai alt levinud tehnika arengubioloogia, karüotüüpide määramise ja fülogeneetilise analüüsi ning kromosoomide füüsilise kaardistamise valdkonnas.
Mis on CGH?
Võrdlev genoomne hübridisatsioon (CGH) on teine DNA-l põhinev molekulaarne tsütogeneetiline tehnika, mis suudab tuvastada genoomsete DNA järjestuste muutusi. Meetod on täiustatud meetod, millega saab analüüsida kromosoomi ja geeni modifikatsioone, et tuvastada muutusi või muutusi genoomse DNA järjestustes. Lisaks nõuab CGH katseproovist ja võrdlusproovist DNA eraldamist ja fragmenteerimist. Seejärel tuleks proovid märgistada kahe erineva fluorestsentsvärviga (tavaliselt punase ja rohelise). Hiljem segatakse mõlemad proovid ja lastakse konkureerivaks hübridiseerimiseks. Viimane samm on proovide analüüs DNA muutuste (nt geenide dubleerimine, geenikadu jne) suhtes. Eelkõige mõõdab see DNA koopiate arvu erinevusi testitava proovi ja kontrollproovi vahel.
Joonis 02: CGH
CGH teine versioon on nüüd saadaval; see on arenenum meetod kui tavaline CGH. Seda tehnikat nimetatakse massiivipõhiseks CGH-ks või aCGH-ks. aCGH võimaldab ühe katsega täpselt tuvastada geenide või järjestuste deletsioonid paljudes tuhandetes järjestustes.
Millised on FISHi ja CGH sarnasused?
- FISH ja CGH on kaks molekulaarset tehnikat.
- Nii FISH kui ka CGH sõltuvad nukleiinhapete hübridisatsioonist.
- Samuti vajavad mõlemad tehnikad konkreetsete DNA sihtmärkide tuvastamiseks kavandatud sonde.
- Kasutame neid geneetiliste haiguste sünnieelseks ja postnataalseks diagnoosimiseks.
- Lisaks on nii FISH kui ka CGH väga võimsad vahendid genoomsete muutuste uurimiseks.
- Nad kasutavad sondide märgistamiseks fluorestseeruvaid värvaineid.
Mis vahe on FISHil ja CGH-l?
FISH on in situ hübridisatsiooniprotseduur, mis kasutab spetsiifiliste DNA järjestuste tuvastamiseks fluorestseeruvaid sonde, samas kui CGH on molekulaarne hübridisatsioonitehnika, mis tuvastab genoomsete DNA järjestuste muutused. Niisiis, see on peamine erinevus FISHi ja CGH vahel.
Lisaks nõuab FISH sondijärjestuste kavandamiseks eelteadmisi sihtmärgi kõrvalekalde kohta, samas kui CGH ei vaja eelteadmisi. Veel üks erinevus FISHi ja CGH vahel on see, et FISH näitab piiratud eraldusvõimet, samas kui aCGH näitab kõrget eraldusvõimet.
Allpool toodud infograafik võtab kokku FISHi ja CGH erinevuse.
Kokkuvõte – FISH vs CGH
FISH ja CGH on kaks molekulaarset tsütogeneetilist tehnikat, mis hõlbustavad huvipakkuvate geenijärjestuste tuvastamist. FISH hõlbustab spetsiifilise DNA järjestuse tuvastamist kromosoomis, kasutades fluorestseeruv alt märgistatud sonde, samas kui CGH hõlbustab genoomse DNA muutuste tuvastamist. Niisiis, see on peamine erinevus FISHi ja CGH vahel.
