Põhierinevus CGH ja massiivi CGH vahel on see, et CGH on traditsiooniline molekulaarne tsütogeneetiline meetod madalama eraldusvõimega testitava proovi DNA koopiate arvu varieerumise analüüsimiseks, samas kui massiivi CGH on täielikult automatiseeritud molekulaarne tsütogeneetiline meetod. analüüsides suurema eraldusvõimega testitava proovi DNA koopiate arvu varieerumist.
CGH ja massiivi CGH on kaks tehnikat koopiaarvu variatsioonide tuvastamiseks indiviididel. Koopiaarvu variatsioon viitab korduvatele genoomi osadele. Koopiate arv on üksikisikute lõikes erinev. Koopiate arvu variatsioonid jagunevad üldiselt kahte rühma: lühikesed kordused ja pikad kordused. Üks tuntumaid näiteid lühikese koopiaarvu variatsiooni kohta on CAG trinukleotiidi kordumine huntingtini geenis. See põhjustab neuroloogilist häiret, mida nimetatakse huntingtiiniks. Parim näide pikkade korduste koopiate arvu varieerumiseks on alfa-amülaasi geen, mis põhjustab insuliiniresistentsust. Koopiate arvu varieerumist saab tuvastada selliste tehnikatega nagu FISH, CGH ja massiiv CGH.
Mis on CGH?
CGH on traditsiooniline molekulaarne tsütogeneetiline meetod uuritava proovi DNA koopiate arvu varieerumise analüüsimiseks võrreldes võrdlusprooviga. Sellel on madalam eraldusvõime võrreldes automatiseeritud tehnikatega. Selle tehnika eesmärk on kiiresti ja tõhus alt võrrelda kahte genoomset DNA proovi, mis pärinevad erinevatest allikatest.
Joonis 01: CGH
Protseduur hõlmab DNA eraldamist kahest allikast: test ja võrdlus. Seejärel on järgmise sammuna testitavate ja võrdlus-DNA proovide sõltumatu märgistamine erinevat värvi fluorofooridega. Hiljem denatureeriti kaks DNA proovi, et saada üheahelalised DNA proovid. Lõpuks viidi läbi kahe saadud DNA proovi hübridiseerimine suhtega 1:1 kromosoomide normaalse metafaasi levikuga. Kromosomaalseid erinevusi saab kahe allika vahel tuvastada fluorestsentsmikroskoobi ja arvutitarkvara abil. Lisaks on CGH-tehnika abil võimalik tuvastada ainult tasakaalustamata kromosoomianomaaliaid.
Mis on Array CGH?
Array CGH on täielikult automatiseeritud molekulaarne tsütogeneetiline meetod testitava proovi DNA koopiaarvu varieerumise analüüsimiseks võrdlusprooviga. Sellel on suurem eraldusvõime ja see töötati välja traditsioonilise CGH piirangute minimeerimiseks. Array CGH ühendab CGH põhimõtted mikrokiipide kasutamisega. Selle asemel, et kasutada metafaasi kromosoome, kasutatakse selle meetodi sihtmärkidena slaide, mis on paigutatud väikeste DNA segmentidega. Need mikrokiibid tehti väikese koguse DNA (sondide) ladestamisel ja immobiliseerimisel tahkele klaasist alusele. Sondide suurus võib varieeruda oligonukleotiidist bakteriaalse kunstliku kromosoomini.
Joonis 02: massiiv CGH
Sõltumata sondidest on massiivi CGH põhimeetod sarnane CGH-ga. Kui mikrokiibi sisaldavad sondid on ette valmistatud, segatakse kaks erinevat värvi fluorofooridega märgistatud DNA proovi (test ja võrdlusproov) kokku ja lisatakse mikrokiibile. Kuna proovides olev DNA on denaturatsiooni tõttu üheahelaline, hübridiseerus see DNA järjestatud üheahelaliste sondidega. Digitaalse pildistamise süsteemi abil on võimalik tuvastada kahe allika kromosomaalsed erinevused.
Millised on CGH ja massiivi CGH sarnasused?
- CGH ja massiivi CGH on kaks tehnikat koopiaarvu variatsioonide tuvastamiseks.
- Need on molekulaarsed tsütogeneetilised meetodid.
- Mõlemad meetodid diagnoosivad tasakaalustamata kromosoomianomaaliaid.
- Fluorofoorid on kaasatud mõlemasse meetodisse.
- Mõlemat meetodit saab kasutada koopiaarvu variatsioonidest tingitud geneetiliste häirete tuvastamiseks.
- Neid kasutatakse laialdaselt võrdlevas genoomianalüüsis.
Mis vahe on CGH ja massiivi CGH vahel?
CGH on traditsiooniline molekulaarne tsütogeneetiline meetod madalama eraldusvõimega testitava proovi DNA koopiate arvu varieerumise analüüsimiseks, samas kui massiivi CGH on täielikult automatiseeritud molekulaarne tsütogeneetiline meetod testitava proovi DNA koopiate arvu varieerumise analüüsimiseks. millel on suurem eraldusvõime. Niisiis, see on peamine erinevus CGH ja massiivi CGH vahel. Lisaks hübridiseeruvad CGH-s test- ja võrdlus-DNA proovid kromosoomide normaalse metafaasi levikuga, kuid massiivi CGH-s hübridiseeruvad test- ja võrdlus-DNA proovid immobiliseeritud DNA-sondidega, mis sisaldavad mikrokiibi.
Allpool olev infograafik loetleb CGH ja massiivi CGH vahelised erinevused tabeli kujul, et kõrvuti võrrelda.
Kokkuvõte – CGH vs massiiv CGH
CGH ja massiivi CGH on kaks molekulaarset tsütogeneetilist tehnikat tasakaalustamata kromosomaalsete kõrvalekallete tuvastamiseks. Neid kasutatakse laialdaselt võrdlevas genoomianalüüsis. CGH on traditsiooniline molekulaarne tsütogeneetiline meetod madalama eraldusvõimega testitava proovi DNA koopiate arvu varieerumise analüüsimiseks. Seevastu massiivi CGH on täielikult automatiseeritud molekulaarne tsütogeneetiline meetod suurema eraldusvõimega testitava proovi DNA koopiate arvu varieerumise analüüsimiseks. Seega võtab see kokku erinevuse CGH ja massiivi CGH vahel.
