Põhierinevus – sond vs praimer
Molekulaarsond on väike DNA või RNA fragment, mis tunneb ära komplementaarsed järjestused DNA-s või RNA-s ja võimaldab tuvastada sihtjärjestuse. Praimer on väike DNA või RNA osa, mis toimib DNA sünteesi lähtepunktina. Praimerid ja sondid hübridiseeruvad matriitsi DNA või siht-DNA komplementaarsete nukleotiididega. Peamine erinevus sondi ja praimeri vahel on aga see, et praimerid on vajalikud DNA replikatsiooniks, samas kui sondid on vajalikud spetsiifiliste järjestuste tuvastamiseks proovi DNA-s.
Mis on sond?
Sond on väike DNA või RNA fragment, mida kasutatakse sihtmärk-DNA või RNA tuvastamiseks proovis molekulaarse hübridisatsiooni abil. Neid tuntakse ka molekulaarsete markeritena. Sondi pikkus võib varieeruda (100 kuni 1000 alust) ja sondi nukleotiidid on sihtjärjestuse osaga komplementaarsed. Tuvastamise hõlbustamiseks märgistatakse sondid radioaktiivsete isotoopide või fluorestseeruvate värvainete või antikehadega. Sondid seonduvad sihtjärjestuse komplementaarsete alustega ja näitavad sihtmärk-DNA või RNA olemasolu proovis. Sondide märgistamiseks on kaks peamist meetodit: lõppmärgistamine ja hüüdnime translatsioon. Sondid liigitatakse eri tüüpidesse, sealhulgas DNA sondid, RNA sondid, cDNa sondid ja sünteetiliste oligonukleotiidide sondid, ning nende valmistamiseks kasutatakse erinevaid tehnikaid.
Sondid on olulised vahendid paljudes mikroobide ja molekulaarvaldkondades, nagu viroloogia, kohtuekspertiisi patoloogia, isaduse testimine, DNA sõrmejälgede võtmine, geneetiliste haiguste tuvastamine, RFLP, molekulaarne tsütogeneetika, in situ hübridisatsioon jne.
Joonis 01: Fluorestsentsmärgistusega sond, mida kasutatakse FISH-is patogeeni tuvastamiseks
Mis on praimer?
Praimer on lühike DNA või RNA fragment, mis toimib DNA sünteesi initsiaatorina. DNA polümeraasi ensüüm lisab praimerijärjestuse 3' OH rühma nukleotiide ja sünteesib uue ahela, mis on komplementaarne matriitsi DNA-ga. Praimerid on väga lühikesed fragmendid pikkusega 18 kuni 20 nukleotiidi. Need sünteesitakse laboris keemiliselt in vitro DNA amplifikatsiooniks (PCR). Praimeritel võib olla mis tahes nukleotiidide järjestus, kuna need on kujundanud kasutaja. Need sünteesitakse nii, et need sobiksid matriitsi DNA komplementaarsete alustega. Seetõttu võib sellel olla mis tahes nukleotiidide järjestus. Praimerid on DNA replikatsiooni jaoks ülim alt olulised, kuna DNA polümeraas ei suuda uut DNA-d sünteesida ilma olemasoleva DNA-tükita. PCR-i praimerite kavandamisel tuleb arvestada järgmiste asjadega:
- Praimerid peaksid sisaldama amplifitseerida sooviva DNA külgneva otsa komplementaarseid nukleotiide.
- Kruntide sulamistemperatuur peaks olema vahemikus 55–65 0C
- G ja C sisaldus peaks olema vahemikus 50–60%.
PCR-is kasutatakse proovi DNA mõlema ahela replitseerimiseks ettepoole ja tagurpidi kahte praimerit. Tavaliselt kasutatakse PCR ja DNA sekveneerimiseks praimereid.
Joonis 02: Praimeri anniilimine PCR-is
Mis vahe on Sondil ja Primeril?
Probe vs Primer |
|
| Sond on väike DNA/RNA fragment, mida kasutatakse sihtjärjestuse olemasolu tuvastamiseks proovis molekulaarse hübridisatsiooni abil. | Praimer on väike DNA või RNA osa, mis toimib DNA replikatsiooni lähtepunktina. |
| Funktsioon | |
| See tuvastab spetsiifilise järjestuse olemasolu DNA või RNA proovis. | See toimib DNA sünteesi lähtepunktina. |
| Pikkus | |
| Pikkus võib olla vahemikus 100–1000 alust | Pikkus on üldiselt umbes 18–20 alust |
| Kitmine komplementaarse järjestusega | |
| Sond hübridiseerub sihtjärjestuse komplementaarsete alustega | Praimer anniilib DNA ahelate komplementaarsete alustega. |
| Märgistus | |
| Sondid on tuvastamise hõlbustamiseks märgistatud | Praimerid ei ole üldiselt märgistatud |
| Kasuta PCR-is | |
| Sonde ei kasutata PCR-is | PCR-is kasutatakse praimereid |
Kokkuvõte – sond vs praimer
Probe on DNA või RNA järjestuse väike fragment, mida saab hübridiseerida komplementaarsete nukleotiididega, et tuvastada proovis sihtjärjestus. Sondid märgistatakse radioaktiivselt, immunoloogiliselt või fluorestseeruv alt, et näha sihtjärjestuse olemasolu. Praimer on väga väike DNA või RNA fragment, mis toimib in vitro DNA amplifikatsiooni lähtepunktina. DNA polümeraas tuvastab 3' OH rühma praimeri ja algatab uue matriitsiga komplementaarse ahela ehitamise. Sondid ja praimerid töötavad sarnaselt, hübridiseerudes komplementaarsete nukleotiididega. Seega on peamine erinevus sondi ja praimeri vahel nende põhifunktsioon.
