Põhiline erinevus motiivi ja domeeni vahel on see, et motiiv ei ole iseseisv alt stabiilne, samas kui domeen on iseseisv alt stabiilne.
Valgud on meie kehas olulised bioloogilised makromolekulid. Teisest küljest määrab geeni geneetiline kood valgu aminohappejärjestuse. Lisaks on valkudel primaarne, sekundaarne ja tertsiaarne struktuur. Esmane struktuur on polüpeptiidahela aminohappejärjestus. Kui polüpeptiidahelad voldivad omavahel kokku, moodustab see valgu sekundaarse struktuuri. Sekundaarsetesse struktuuridesse kuuluvad alfa-heeliksid, beeta-lehed ja supersekundaarsed struktuurid. Teatud supersekundaarsete elementide rühmitusi tuntakse valgumotiividena. Valgu tertsiaarne struktuur viitab selle kolmemõõtmelisele struktuurile, mis määrab valgu funktsiooni. Domeen on valgumolekuli volditud osa, mis on globulaarne ja millel on diskreetne funktsioon. See on valgu põhiline funktsionaalne ja kolmemõõtmeline struktuur.
Mis on motiiv?
Motiiv on teatud rühmitus valkude ülisekundaarsetest elementidest, nagu alfa-heeliksid ja beetastruktuurid. Need on teatud tüüpi mustrid, mis esinevad erinevates valkudes. Motiivid kirjeldavad sekundaarsete struktuurielementide voltimismustreid ja nende koostoimeid. Need voltimismustrid stabiliseeruvad sarnaste sidemete abil, mis esinevad tertsiaarsetes struktuurides. Need pole aga nii keerulised kui tertsiaarsed struktuurid.
Joonis 01: Motiiv
Need on valkude sekundaarstruktuuride lihtsad kombinatsioonid. Motiiv ei ole iseenesest stabiilne. Lisaks selgitavad motiivid valgu struktuuri, kuid ei ennusta valgu funktsiooni. Valgumotiivid on näiteks beeta-alfa-beeta motiiv, kreeka võtmemotiiv, beetatünn, beeta-meander motiiv jne.
Mis on domeen?
Domeen on valgu põhiline, funktsionaalne ja kolmemõõtmeline üksus. See täidab teatud funktsiooni. Ühel valgul võib olla mitu erinevat domeeni. Iga domeen on iseseisev üksus. See on kerakujuline struktuur. See vastutab konkreetse funktsiooni või interaktsiooni eest. Domeene saab kasutada iseloomustamata valgu funktsiooni hüpoteesiks. Valgu analüüsimisel on oluline arvestada, kuna domeenid on valgu funktsionaalsed üksused.
Joonis 02: Püruvaatkinaasi kolm erinevat domeeni
Domeenid on väga stabiilsed ja kompaktsed struktuurid. Neid saab teistest piirkondadest kergesti eristada. Püruvaatkinaasil on kolm eristatavat domeeni, nagu on näidatud joonisel 02. Domeeni pikkus võib varieeruda ja keskmine pikkus on 100 aminohapet. Iga domeen sisaldab hüdrofoobset südamikku, mis on ehitatud sekundaarsetest struktuuriüksustest. Mitmed domeenid moodustavad ühiselt valgu tertsiaarse struktuuri.
Millised on motiivi ja domeeni sarnasused?
- Motiiv ja domeen on ühikud, mis esinevad valgu molekulides.
- Need on kasulikud valguperekondade klassifitseerimisel.
Mis vahe on motiivil ja domeenil?
Motiiv on teatud rühmitus valkude supersekundaarsetest elementidest, nagu alfa-heeliksid ja beetastruktuurid, samas kui domeen on valgu funktsionaalne üksus. Lisaks on motiiv sekundaarne struktuur, samas kui domeen vastutab valgu tertsiaarse struktuuri eest. Lisaks on domeen erinev alt motiivist iseseisev üksus. Samuti kujutab domeen valgu funktsiooni, samas kui motiiv mitte. Need on peamised erinevused motiivi ja domeeni vahel. Allolev infograafik näitab tabelina motiivi ja domeeni erinevust.
Kokkuvõte – motiiv vs domeen
Motiiv on valgumolekuli sekundaarstruktuuride paigutus. Erinev alt domeenist ei ole see tavaliselt iseenesest stabiilne. Domeen on valgu sõltumatult stabiilne struktuur. Seetõttu võib see olla osa või terve valgu molekul. See on valgu kolmemõõtmeline funktsionaalne põhiüksus. Lisaks on sellel funktsioon ja see on iseseisev üksus. Motiiv võib olla osa domeenist. Kuid domeen ei saa olla osa motiivist. See on erinevus motiivi ja domeeni vahel.
