Põhierinevus Coomassie värvimise ja hõbedaga värvimise vahel on see, et coomassie värvimine on valguvärvimise tehnika, mis kasutab Coomassie briljantsinist peitsi, samas kui killuvärvimine on valguvärvimise tehnika, mis kasutab hõbedast peitsi.
Valkude eraldamine ja tuvastamine on proteoomianalüüsi kriitilised sammud. Nad vajavad pärast geelelektroforeesi kõrge eraldusvõimega valkude iseloomustamist. On mitmeid värvimismeetodeid, mis hõlmavad erinevaid plekke, nagu anioonsed värvained (coomassie briljantsinine), metallikatioonid (imidasool-tsink), hõbedased peitsid ja fluorestseeruvad värvid jne. Mõnikord võib kasutada ka radioaktiivseid sonde. Värvimistehnika valik sõltub lihtsusest, laboris pildiseadmete olemasolust jne.
Mis on Coomassie värvimine?
Coomassie värvimine on valguvärvimise tehnika, mis kasutab Coomassie briljantsinist peitsi. Seda nimetatakse üldiselt coomassie blue tehnikaks. Coomassie briljantsinine on kõige populaarsem anioonne valguvärv. See plekk värvib tavaliselt peaaegu kõiki valke, millel on hea kvantitatiivne lineaarsus keskmise tundlikkusega. Coomassie briljantsinine peits seondub mittespetsiifiliselt peaaegu kõigi valkudega. Coomassie briljantsinisest peitsist on kaks erinevat varianti: R-250 ja G-250. R-250 pakub lühemat värvimisaega, samas kui G-250 on saadaval tundlikumates ja keskkonnasõbralikumates koostistes.
Joonis 01: Coomassie värvimine
Coomassie värvained on massispektromeetrilistes uuringutes ja valkude tuvastamise uuringutes väga populaarsed. Lisaks on bioohutu coomassie peits Coomassie Blue G-250 mitteohtlik koostis, mis on praegu turul saadaval. Selle koostise eeliseks on see, et loputamiseks ja värvide eemaldamiseks on vaja ainult vett. Bioohutu coomassie peits pakub tundlikkust, mis on samaväärne tavalise coomassie-sinise G-250-ga, kuid parem kui coomassie-peits R-250. Lisaks on sellel lihtsam ja kiirem värvimisprotokoll kui tavalisel Coomassie sinisel G-250-l. Coomassie sinise värvimise puuduseks on see, et see on hõbedaga värvimisega võrreldes vähem tundlik. Coomassie sinine värvimine on umbes 50 korda vähem tundlik kui hõbedane värvimine. Kuid köitmise lihtsuse tõttu eelistatakse seda paljudes uuringutes.
Mis on hõbedane värvimine?
Hõbedavärvimine on valguvärvimise tehnika, mis kasutab hõbedast peitsi. Hõbedavärvimist kasutatakse nii agaroosi kui ka polüakrüülamiidgeelide peitsimiseks. Valkude hõbedase värvimise agaroosigeelides töötasid esmakordselt välja 1973. aastal Kerenyi ja Gallyas. Hiljem kohandati seda valkude jaoks polüakrüülamiidgeelides, mida kasutatakse SDS-PAGE-s. Praegu kasutatakse hõbedaga värvimist ka DNA või RNA värvimiseks. Geelide värvimiseks inkubeeritakse geele sellel meetodil hõbenitraadi lahusega. Hõbedane värvimine värvib kohad, kus valgud on pruunist mustani.
Joonis 02: Hõbedane määrdumine
Hõbeda värvimise intensiivsus sõltub valgu primaarsest struktuurist. Lisaks võib hõbeda värvimise kvaliteeti mõjutada ka kasutatud anumate puhtus ja reaktiivide puhtus. Hõbedaga värvimise puuduseks on aga see, et see ei suuda tuvastada kõiki valke, eriti glükoproteiine ja valke, mille kõrvalahelatesse on seotud suured modifitseeritud rühmad.
Millised on Coomassie ja hõbedase värvimise sarnasused?
- Coomassie ja hõbedaga värvimine on kaks valguvärvimise tehnikat.
- Need võivad värvida nii valke kui ka DNA-d.
- Mõlemal värvimistehnikal on omad puudused.
- Neil tehnikatel on sarnased etapid, nagu kinnitamine, värvimine ja värvide eemaldamine.
Mis vahe on Coomassie ja hõbedase värvimise vahel?
Coomassie värvimine on valguvärvimise tehnika, mis kasutab Coomassie briljantsinist peitsi, samas kui killuvärvimine on valguvärvimise tehnika, mis kasutab hõbedast peitsi. Seega on see peamine erinevus Coomassie ja hõbedase värvimise vahel. Lisaks on Coomassie värvimine vähem tundlik kui hõbedane värvimine.
Allpool olev infograafik loetleb erinevused Coomassie ja hõbedase värvimise vahel kõrvuti võrdlemiseks tabelina.
Kokkuvõte – Coomassie vs hõbedane värvimine
Valkude visualiseerimiseks võib läbi viia valkude spetsiifilise värvaine sidumise või värvi tekitava keemilise reaktsiooni. Seda nimetatakse valgu värvimiseks. Coomassie ja hõbedane värvimine on kaks valgu värvimisel kasutatavat tehnikat. Coomassie värvimise tehnikas kasutatakse Coomassie briljantsinist peitsi, libevärvimisel aga hõbedast peitsi. Niisiis, see on peamine erinevus Coomassie ja hõbedase värvimise vahel.
