Põhiline erinevus hüüdnime translatsiooni ja otsatäitmise vahel seisneb selles, et hüüdmärgi translatsioon on protsess, mis loob märgistatud DNA sondid erinevate hübridisatsioonireaktsioonide jaoks, samas kui otsa täitmine on tehnika, mis tekitab nüristatud fragmente, lisades nukleotiide üheahelalistesse üleulatustesse.
Nick translatsioon ja otsatäitmine on kaks molekulaarbioloogias kasutatavat tehnikat. Nicki translatsiooni kasutatakse hübridisatsioonisondide märgistamiseks, et tuvastada spetsiifilisi nukleotiidjärjestusi. Otsatäidist kasutatakse nüristatud fragmentide valmistamiseks, millel olid kleepuvad otsad üheahelaliste üleulatustega. Mõlemal tehnikal on suur tähtsus ja neid teostatakse regulaarselt molekulaaruuringute laborites.
Mis on Nick Translation?
Nick translatsioon on oluline meetod, mida kasutatakse märgistatud sondide valmistamiseks erinevate molekulaarbioloogiliste tehnikate jaoks, nagu blotanalüüs, in situ hübridisatsioon, fluorestseeruv in situ hübridisatsioon jne. See on DNA märgistamise in vitro meetod. DNA-sonde kasutatakse spetsiifiliste DNA või RNA järjestuste tuvastamiseks. Märgistatud sondi abil saab nukleiinhapete komplekssegust spetsiifilisi fragmente märgistada või visualiseerida. Seetõttu valmistatakse märgistatud sondid erinevate tehnikate abil. Niki translatsioon on üks selline meetod, mis toodab DNaas 1 ja DNA polümeraas 1 ensüümide abil märgistatud sonde.
Joonis 01: Nicki tõlge
Nick translatsiooniprotsess algab DNaas 1 ensüümi aktiivsusega. DNaas 1 lisab kaheahelalise DNA fosfaatkarkassi täkkeid, lõhustades nukleotiidide vahel fosfodiestersidemeid. Kui hüüdnimi on loodud, tekib nukleotiidi vaba 3′ OH rühm ja DNA polümeraas 1 ensüüm toimib sellele. DNA polümeraasi 1 5′ kuni 3′ eksonukleaasi aktiivsus eemaldab nukleotiidid täkkest DNA ahela 3′ suunas.
Samaaegselt töötab DNA polümeraas 1 ensüümi polümeraasi aktiivsus ja lisab eemaldatud nukleotiidide asendamiseks nukleotiide. Kui nukleotiidid on märgistatud, toimub asendamine märgistatud nukleotiididega ja see märgib DNA identifitseerimiseks. Lõpuks saab seda äsja sünteesitud märgistatud DNA-d kasutada proovidena erinevates hübridisatsioonireaktsioonides.
Mis on lõpu täitmine?
Lõpu täitmine on meetod, mida kasutatakse molekulaarbioloogias nüristatud fragmentide tegemiseks. Piiratud seedimine tekitab üleulatuvate osadega fragmente. Need fragmendid ei pruugi sobida plasmiidvektoritesse ligeerimiseks. Vektorid on sageli nüristatud, et võimaldada mitteühilduvate otste ühendamist. Seetõttu saab üleulatuvate osadega fragmente nüristada, lisades nukleotiidid komplementaarsele ahelale, kasutades polümerisatsiooni matriitsina üleulatuvat osa. Seda protsessi nimetatakse lõpu täitmiseks.
DNA polümeraasid, nagu DNA polümeraasi I Klenowi fragment ja T4 DNA polümeraas, katalüüsivad otsatäitmist. Nad lisavad täitmiseks nukleotiide (5′ → 3′) ja närivad tagasi (3′ → 5′). Kui kleepuvad otsad on täidetud, muutuvad need tömbiks ja on valmis vektoriks ligeerima.
Lisaks saab otsatäitmist kasutada DNA molekulide märgistamiseks. Kuid seda saab kasutada ainult kleepuvate otstega DNA molekulide märgistamiseks. Võrreldes hüüdnimetõlkega, on otsa täitmine leebem meetod, mis põhjustab harva DNA katkestusi.
Millised on hüüdnime tõlke ja lõpu täitmise sarnasused?
- Nii hüüdnime tõlkimine kui ka otsa täitmine on molekulaarbioloogilised tehnikad.
- Neid saab kasutada sondide märgistamiseks.
- Mõlemad on in vitro
Mis vahe on hüüdnime tõlkimisel ja lõpu täitmisel?
Nick translatsioon on tehnika, mis loob märgistatud sondid hübridiseerimiseks. Seevastu otste täitmine on tehnika, mis loob nüri fragmente vektoritesse ligeerimiseks. Niisiis, see on peamine erinevus hüüdnime tõlkimise ja lõpu täitmise vahel. Lisaks nõuab Nicki tõlkimine 5–3′ eksonukleaasi aktiivsuse kasutamist, samas kui otsa täitmine ei nõua 5–3′ eksonukleaasi aktiivsust.
Allpool olev infograafik näitab üksikasjalikum alt erinevusi hüüdnime tõlkimise ja lõpu täitmise vahel.
Kokkuvõte – hüüdnime tõlge vs lõpu täitmine
Nick translatsioon on meetod, mis ühendab radioaktiivselt märgistatud nukleotiidid DNA-sse. See sünteesib DNaas 1 ja E. coli DNA polümeraas 1 ensüümide aktiivsuse põhjal märgistatud sonde. Otste täitmine on seevastu tehnika, mis tekitab nüri fragmente. Kui fragmentidel on kleepuvad otsad (üheahelalised üleulatuvad osad), tuleb need vektoriteks ligeerimiseks teha tömbi otsad. Otsa täitmine lisab ühilduvaid nukleotiide ja loob tömbi otsa fragmendid, et muuta need ligeerimiseks sobivaks. Seega võtab see kokku erinevuse hüüdnime tõlkimise ja lõpu täitmise vahel.
