Põhiline erinevus konsensus-PCR ja pan-PCR vahel on see, et konsensus-PCR on alati suunatud konserveerunud piirkondadele, samas kui Pan PCR sihib varieeruvaid piirkondi, et tuvastada rühma erinevaid tüvesid
Polümeraasi ahelreaktsioon (PCR) on geenide amplifikatsiooni tehnika, mis koosneb kolmest põhietapist nagu denatureerimine, anniilimine ja pikendamine. Seda kasutatakse laialdaselt diagnostikas ja molekulaarses tuvastamises. Konsensus-PCR ja Pan PCR tehnikad põhinevad praimeri sihtmärkidel, mida iga PCR-tüüp kasutab.
Mis on konsensus-PCR?
Konsensus-PCR on PCR-meetod, mis sihib konkreetse liigi või perekonna konserveeritud piirkonda. Seetõttu valitakse võimendamiseks väga konserveerunud piirkonnad. Selle meetodi abil saab organisme nende konsensuse alusel tuvastada ja eristada. See meetod tuvastab konkreetse liigi jaoks konserveeritud piirkonna. Näiteks jääb bakterite 16s rRNA piirkond bakterite seas konserveerunud piirkonnaks. Seetõttu on amplifikatsiooniks vaja ainult ühte praimerite komplekti. Enamikul juhtudel saab konserveeritud piirkonna jaoks kasutada universaalset praimerit.
Joonis 01: PCR-tehnika
Konsensus-PCR-meetodit järgides saab tuletada liikide iseloomustuse ja evolutsioonilisi seoseid. Konkreetse prooviorganismi amplifikatsiooniefektiivsuse põhjal saab järeldada ka organismi konsensust rühma suhtes. Lisaks on konsensus-PCR läbiviimine fülogeneetilistes uuringutes ülioluline. See võimaldab identifitseerida liike ja tõlgendab konkreetse organismi kõrvalekaldeid ühise esivanemana.
Mis on Pan PCR?
A Pan PCR on PCR-i multipleksimisrežiim. Selle tehnika puhul amplifitseeritakse erinevaid tüvesid, kasutades erinevaid praimeri sihtmärke. Sihtmärgid võivad siiski olla tüverühmade jaoks ühised sihtmärgid. Seega saab Pan PCR-is kasutada korraga rohkem kui kahte praimerite komplekti. See võib toimuda ühe toru reaktsioonimeetodina või mitme toru reaktsioonimeetodina. Pan PCR on konsensus-PCR-ga võrreldes aeganõudvam ja keerulisem. Seetõttu võib PCR-i tulemuste tõlgendamine Pan PCR-is olla keerulisem.
Pan PCR peamine rakendus on molekulaardiagnostika. See võimaldab sihtmärgi amplifikatsiooni abil eristada liigi erinevaid tüvesid. Pan PCR on ideaalne meetod haigust põhjustavate ühe liigi erinevate tüvede tuvastamiseks. Enamikul juhtudel on Pan PCR-meetodite automatiseerimine erinevate terviseseisundite jaoks väga oluline ning see on usaldusväärne ja väga tõhus tehnika.
Millised on konsensus-PCR ja Pan PCR sarnasused?
- Consensus PCR ja Pan PCR on kahte tüüpi PCR tehnikaid.
- Mõlemad protseduurid järgivad üldist kolmeastmelist protseduuri – denatureerimine, lõõmutamine ja pikendamine.
- Nad kasutavad sihtmärgispetsiifilisi praimereid.
- Mõlemad reaktsioonid toimuvad termotsükleris.
- Neid reaktsioone saab automatiseerida.
- Mõlemat saab kasutada molekulaardiagnostikas ja identifitseerimises; täpsus on aga erinev.
- Need protseduurid nõuavad kinnitamist.
Mis vahe on konsensus-PCR-il ja pan-PCR-il?
Nii Consensus kui ka Pan PCR järgivad sama rutiinset protseduuri. Peamine erinevus konsensus-PCR ja Pan PCR vahel põhineb siiski iga protseduuri kasutatavatel praimeri sihtmärkidel. Kui konsensus-PCR on alati suunatud konserveerunud piirkondadele, siis Pan PCR sihib varieeruvaid piirkondi, et tuvastada rühma erinevaid tüvesid. Selle erinevuse tõttu erinevad praimerite kujundamise protokollid, kasutatavate praimerite komplektide arv ja konkreetsed rakendused.
Allpool olev infograafik võtab kokku erinevuse Consensus PCR ja Pan PCR vahel.
Kokkuvõte – konsensus-PCR vs Pan PCR
PCR, mille tutvustas Mulli, mängib olulist revolutsioonilist rolli molekulaarbioloogia rakendustes. Consensus ja Pan PCR on kahte tüüpi PCR, mis põhinevad nende praimeri sihtpiirkondadel. Kui konsensus-PCR on suunatud konserveerunud piirkondadele, siis Pan PCR on suunatud varieeruvatele piirkondadele ja mängib olulist rolli tüve tuvastamisel. Selle põhilise erinevuse tõttu konsensus-PCR ja Pan PCR vahel varieeruvad ka iga tüüpi PCR-i spetsiifilised funktsioonid fülogeneetilisest analüüsist molekulaarse iseloomustamise ja molekulaardiagnostika vahel.
