Põhiline erinevus sarnasuse ja identsuse vahel järjestuse joondamisel seisneb selles, et sarnasus on kahe järjestuse sarnasus (sarnasus), samas kui identsus on märkide arv, mis kahe erineva järjestuse vahel täpselt kattuvad.
Bioinformaatika on interdistsiplinaarne teadusvaldkond, mis hõlmab peamiselt molekulaarbioloogiat ja geneetikat, arvutiteadust, matemaatikat ja statistikat. Järjestuste joondamine on bioinformaatika peamine termin. See on protseduur, mille käigus järjestatakse DNA, RNA või valgu järjestused, et tuvastada sarnasuspiirkondi, mis on järjestuste funktsionaalse, struktuurse või evolutsioonilise seose tagajärg. Joondamise lõpus esitatakse need maatriksi ridadena. Järjestikuste veergude identsete märkide joondamiseks on jääkide vahele sisestatud tühimikud.
Mis on sarnasus?
Sarnasus järjestustes on kahe järjestuse sarnasus, kui võrrelda. See asjaolu sõltub järjestuste identsusest. Sarnasus näitab jääkide joondatud ulatust. Seega sisaldavad sarnased järjestused sarnaseid omadusi. Bioinformaatikas on sarnasus vahend kahe valgu sarnasuse hindamiseks.
Joonis 01: Sarnasus järjestuse joondamisel
Joonistamisprotsessis on kaks peamist sammu. Esialgne samm on paaripõhine joondamine, mis aitab leida optimaalse joonduse kahe jada (sh lünkade) vahel, kasutades selliseid algoritme nagu BLAST, FastA ja LALIGN. Sobitamisalgoritm leiab minimaalse arvu redigeerimistoiminguid; in-dels ja asendused, et joondada üks järjestus teise järjestusega. Pärast paaride kaupa joondamist on vaja igast paaripõhisest võrdlusest saada kaks kvantitatiivset parameetrit. Need on identiteet ja sarnasus.
Mis on identiteet?
Identity jada joondamisel on märkide arv, mis kattuvad täpselt kahe erineva jada vahel. Seega ei lähe lüngad identiteedi hindamisel arvesse. Mõõtmist peetakse suhteliseks kahe jada lühema jadaga. See tähendab oluliselt, et sellel on mõju siis, kui järjestuse identsus ei ole transitiivne. Kui X=Y ja Y=Z, siis X ei ole tingimata võrdne Z-ga. See tuletatakse identiteedi kauguse mõõtmise kaudu.
Joonis 02: Identiteet järjestikuses joonduses
Näiteks X-l on AAGGCTT, Y-l AAGGC ja Z-l AAGGCAT-i jada. X ja Y vaheline identsus on 100% {5 identset nukleotiidi / min [pikkus(X), pikkus(Y)]}. Y ja Z vaheline identsus on samuti 100%. Kuid identsus X ja Z vahel on ainult 85% {(6 identset nukleotiidi / 7)}.
Millised on sarnasused jada joondamisel sarnasuse ja identiteedi vahel?
- Nii sarnasus kui ka identsus on kaks mõistet, mida me kasutame järjestuse joondamisel.
- Samuti viitavad need kahe jada sarnasusele.
- Lisaks väljendame neid protsendiväärtusena.
Mis vahe on järjestuse joondamisel sarnasuse ja identiteedi vahel?
Joonduse sarnasus näitab kahe järjestuse sarnasust, samas kui identsus järjestuse joondamisel näitab märkide arvu, mis kahe erineva jada vahel täpselt kattuvad. Seetõttu on see peamine erinevus järjestuse joondamise sarnasuse ja identsuse vahel.
Kokkuvõte – sarnasus vs identiteet järjestuse joondamisel
Järjestuse joondamine aitab tuvastada DNA, RNA või valgu sarnasuspiirkondi, mis tulenevad järjestuste vahelisest funktsionaalsest, struktuursest või evolutsioonilisest seosest. Seega on sarnasus ja identsus järjestuse joondamise kontekstis kaks võtmeterminit. Peamine erinevus nende kahe termini vahel seisneb selles, et sarnasus on kahe jada sarnasus võrdluses, samas kui identsus on märkide arv, mis vastavad täpselt kahe erineva jada vahel. Seega on see kokkuvõte erinevusest sarnasuse ja identsuse vahel järjestuse joondamisel.
