Põhiline erinevus kontiigi ja karkassi vahel on see, et kontiigil ei ole lünki, samas kui tellingud koosnevad kontiigidest ja tühikutest.
Mitmerakuliste organismide genoomide järjestamine on ainuraksete organismide järjestamisega võrreldes väga keeruline. Terve genoomi haavliga sekveneerimine on lihtne ja kiire genoomi järjestamise tehnika mitmerakuliste genoomide jaoks. See on meetod, mis järjestab paralleelselt paljusid kattuvaid DNA fragmente. Selle meetodi puhul monteeritakse väikesed killud arvuti abil suuremateks fragmentideks ja seejärel suuremateks osadeks. Seejärel koondatakse kontiigid karkassideks ja lõpuks kromosoomiks. Seetõttu on contig pidev nukleotiidjärjestuste venitus, samas kui karkass on genoomi osa, mis koosneb kontiigidest ja lünkadest. Nii kontig kui ka karkass on rekonstrueeritud genoomsed järjestused.
Mis on Contig?
Contig on genoomne järjestus. See on pidev jada, mis koosneb A, C, G ja T alustest. See moodustatakse mitme väikese kattuva DNA biti kokkupanemisel pikemaks järjestuseks. Lihtsam alt öeldes on kontig jadafragmentide komplekt. Jaotuste loomine hõlmab kattuvate järjestuse fragmentide tuvastamist lokaalsete stringide sobitamise ja joondamise meetodite alusel, mis tuvastavad järjestuste kattuvad otsad.
Contigidel ei ole lünki. See on osa tellingutest. Tellingu loomisel aheldatakse kontiigid kokku. See nõuab täiendavat teavet kontiigide suhtelise asukoha ja orientatsiooni kohta genoomis. Vahed eraldavad tellingutes kontiigid. Põhimõtteliselt on kontiigi kokkupanek oluline samm kogu genoomi haavli järjestamisel. Kontiigid koondatakse lõpuks terviklikuks genoomseks järjestuseks. Jätkuv kokkupanek nõuab tavaliselt stringide sobitamise ja järjestuse joondamise algoritmide mõistmist.
Mis on tellingud?
Scaffold on rekonstrueeritud genoomne järjestus lõppsekveneeritud kogu genoomi haavlikloonidest. Struktuurselt koosneb karkass kontidest ja lünkadest. Seetõttu luuakse tellingud kontiigide aheldamisel ja vahedega eraldamisel. Karkassi loomine vajab teavet kontiigide suhtelise asukoha ja orientatsiooni kohta genoomis. Terve genoomi haavlikomplekti eesmärk on esindada iga genoomset järjestust ühes karkassis. Kuid see pole päris võimalik. Seega võib ühte kromosoomi esindada mitu karkassi. Mõnikord võivad tellingud kattuda. Lisaks saab kokkupaneku ajal välja filtreerida mõned tellingud.
Joonis 02: Ülevaade kogu genoomi haavlipüssi komplektist
Tellingute vahe pikkus ei näita selle tegelikku pikkust. Üldjuhul on vahed suvaliselt seatud teatud kindlatele pikkustele. Seega tekitavad need lüngad ja ebakindlus nende pikkuses probleeme genoomide funktsionaalsete elementide tegelike ruumiliste suhete ja puuduva teabe tegeliku ulatuse mõistmisel. Mõnikord tähistavad lüngad puuduvat genoomiteavet.
Millised on Contigi ja Scaffoldi sarnasused?
- Contig ja karkass on genoomsed järjestused, mis koosnevad nukleotiidjärjestustest.
- Tellingud koosnevad kontiigidest ja tühikutest.
Mis vahe on Contigi ja Scaffoldi vahel?
Contig on pidev jada, mis on kokku pandud järjestuse fragmentide komplektist. Seevastu karkass on osa genoomsest järjestusest, mis on rekonstrueeritud kontiigide aheldamisega. Niisiis, see on peamine erinevus kontiigi ja tellingute vahel. Veelgi enam, kontiigidel ei ole lünki, samas kui kontiigid karkassil on eraldatud vahedega.
All infograafika tabelites on rohkem erinevusi kontigu ja karkassi vahel.
Kokkuvõte – Contig vs Scaffold
Nii kontig kui karkass on rekonstrueeritud nukleotiidjärjestused terve genoomi järjestamise projektides. Contig on pidev genoomse järjestuse lõik, mis sisaldab A, C, G ja T aluseid ilma lünkadeta. Karkass on genoomne järjestus, mis koosneb kontiigidest ja lünkadest. Seega on kõige lühemad koostukomponendid kontiigid, samas kui tellingud on kontiigide komplektid. Lõpuks koondatakse karkassid kromosoomideks kogu genoomi järjestamisel. Seega võtab see kokku erinevuse kontigi ja karkassi vahel.
