Põhiline erinevus sihitud ja mittesihitud proteoomika vahel on see, et sihitud proteoomika eesmärk on mõõta konkreetse valgu arvukust, samas kui sihtmärgita proteoomika ei sihi konkreetset valku.
Proteoomika on laiaulatuslik valkude, nende struktuuride ja funktsioonide uurimine. See uurib kogu valgu komplementi rakus, koes või organismis teatud tingimustel. Proteoomikat on kahte tüüpi: suunatud proteoomika ja mittesihitud proteoomika.
Mis on sihitud proteoomika?
Nagu nimigi viitab, on suunatud proteoomika sihikule spetsiifilise valgu või peptiidi sihiks keerulises valkude segus analüüsimiseks. Seejärel analüüsib see eelnev alt valitud spetsiifilise valgu olemasolu ja kogust. See meetod on võimalik ainult ühe proovi või mitme proovi jaoks. See meetod sobib isegi teatud valkude rühma jaoks. Selle tulemuseks on täpsemad, kvantitatiivsemad ja tundlikumad andmed. Lisaks annab massispektromeetria koos sihipärase proteoomikaga täpsemad ja usaldusväärsed mõõtmised. Selle meetodi analüüsiks kasutatakse kolmekordset kvadrupooli massispektromeetrit (QQQ).
Joonis 01: Proteoomika
Sihitud proteoomika on sobiv meetod, kui soovite kontrollida, kas löögi sihtmärk on tegelikult maha löödud või kui soovite määrata konkreetse valgu/peptiidi koguse vereseerumis, ajuvedelikus või rakulüsaadis jne. kasutage seda, kui soovite kontrollida, kas teatud valku ekspresseeritakse erinev alt proovides või ajalise kulgemise katse ajal.
Mis on sihtimata proteoomika?
Sihtmärgita proteoomika, nagu nimigi viitab, ei sihi analüüsimisel konkreetset valku või peptiidi. Discovery proteoomika on sihtmärgita proteoomika teine nimi. Tegelikult on see "globaalsem" analüüs. Üldjuhul tähendab sihtmärgita proteoomika läbiviimine vastata küsimusele "mis valk või valgud on selles proovis või mitmes proovis?". See meetod ei ole suunatud proteoomikana tundlik. Kuid see suudab tuvastada ja mõõta paljusid valke, sealhulgas uusi valke. Sihitu proteoomika võib anda nii kvantitatiivseid kui ka kvalitatiivseid mõõtmisi.
Millised on sihipärase ja mittesihipärase proteoomika sarnasused?
- Nii sihitud kui ka mittesihitud proteoomika mõõdavad valke proovides.
- Need on proteoomianalüüsis olulised.
- Need meetodid kasutavad massispektromeetriat.
Mis vahe on sihitud ja mittesihipärasel proteoomikal?
Esiteks on sihitud proteoomika konkreetse valgu või peptiidi olemasolu ja koguse määramine keerulises valkude segus. Seevastu sihtmärgita proteoomika on proovis või proovides esinevate valkude kvantitatiivne ja kvalitatiivne uurimine ilma konkreetse valgu sihtimiseta. Sihitud proteoomika viiakse läbi eelvalitud või sihitud valkudega, samas kui sihtmärgita proteoomika tehakse selles proovis olevate valkude tüüpide väljaselgitamiseks. Pealegi on sihitud proteoomika tundlikum kui sihtimata proteoomika.
Kokkuvõte – sihitud vs sihtimata proteoomika
Kokkuvõtteks võib öelda, et sihitud ja mittesihitud proteoomika on kahte tüüpi valguuuringuid. Nagu nende nimed viitavad, on sihitud proteoomika suunatud konkreetsele valgule, samas kui sihtmärgita proteoomika ei sihi konkreetset valku. See on erinevus sihitud ja mittesihitud proteoomika vahel.
