Peamine erinevus – Exome vs RNA järjestus
Nukleiinhapete sekveneerimine on meetod, mis määrab nukleotiidide järjestuse organismi konkreetses DNA või RNA fragmendis. Sekveneerimine on oluline raku DNA ja RNA koostise tuvastamisel ning teatud geenide eristamisel, mis kodeerivad funktsionaalseid valke; seega saab sekveneerimist kasutada nende geenide mutatsioonide ja geeniekspressioonide mõistmiseks. Sangeri sekveneerimismeetod või täiustatud järgmise põlvkonna sekveneerimismeetodid on tavaliselt kasutatavad sekveneerimismeetodid. Eksoomi sekveneerimine on organismis esinevate eksonite või kodeerivate DNA piirkondade täieliku komplekti järjestamine, samas kui RNA sekveneerimine on ribonukleiinhapete (RNA) sekveneerimisprotseduur. See on peamine erinevus eksoomi ja RNA järjestuse vahel.
Mis on Exome'i järjestamine?
Exome on genoomi alamhulk, mis koosneb konkreetse organismi kodeerivatest geenidest. Kodeerivaid geene nimetatakse eksoniteks ja need transkribeeritakse mRNA-ks ja transleeritakse seejärel aminohappejärjestusteks. Transkriptsioonijärgsete modifikatsioonide ajal eemaldab RNA splaissimise mehhanism eukarüootides intronid (mittekodeerivad piirkonnad) ja eksonid jäävad alles. Eksoomide järjestamiseks on kaks peamist tehnikat: lahenduspõhine ja massiivipõhine.
Lahusel põhineva eksoomide sekveneerimise korral fragmenteeritakse DNA proovid kas restriktsiooniensüümide või mehaanilise meetodi abil ja denatureeritakse kuumusega. Selle tehnika puhul kasutatakse biotinüülitud oligonukleotiidsonde (sööta), et selektiivselt hübridiseerida genoomi sihtpiirkondadega. Sidumisetapis kasutatakse magnetilisi streptavidiini helmeid. Seondumisele järgneb pesemisetapp, kus sidumata ja mittesihitud järjestused pestakse ära. Seotud sihtmärke amplifitseeritakse seejärel polümeraasi ahelreaktsiooni (PCR) abil ja seejärel sekveneeritakse, kasutades Sangeri sekveneerimise või järgmise põlvkonna sekveneerimise tehnikaid.
Joonis 01: Eksoomide järjestamine
Massiivipõhine meetod on samuti sarnane lahusepõhisele meetodile, välja arvatud see, et DNA fragmendid püütakse mikromassiiviks ning seejärel järgneb enne sekveneerimist sidumise ja pesemisetapid.
Eksoomide järjestamist kasutatakse paljudes rakendustes, nagu haiguste geneetiline diagnostika, geeniteraapia, uute geneetiliste markerite tuvastamine, põllumajanduses erinevate kasulike agronoomiliste tunnuste tuvastamiseks ja sordiaretusprotseduurides.
Mis on RNA järjestamine?
RNA sekveneerimine põhineb transkriptoomil, mis on raku täielikud transkriptid. RNA sekveneerimise peamised eesmärgid on kataloogida kõik transkripti liigid, sealhulgas mRNA, mittekodeeriv RNA ja väike RNA, et määrata geenide transkriptsioonistruktuur ja kvantifitseerida iga transkripti ekspressioonitasemed arenduse ajal. RNA sekveneerimise ajal kasutati sekveneerimiseks algselt hübridisatsioonitehnoloogiaid (mis olid küpsetest mRNA järjestustest tuletatud komplementaarne DNA). Praegu kasutatakse RNA järjestamiseks täpsemat ja täiustatud läbilaskevõimet.
Joonis 02: RNA järjestamine
RNA sekveneerimisel muundatakse RNA proov, mis võib olla täielik RNA või fraktsioneeritud RNA, selle komplementaarseks DNA-ks (cDNA), kasutades pöördtranskriptsiooni, ja valmistatakse ette cDNA raamatukogu. Iga cDNA fragment kinnitatakse adapteritega mõlem alt poolt (paariotsa sekveneerimine) või ühelt poolt (ühe otsa sekveneerimine). Need märgistatud järjestused sekveneeritakse Sangeri sekveneerimise või järgmise põlvkonna, näiteks eksoomide järjestuse abil.
Millised on eksoomi ja RNA järjestuse sarnasused?
- Lühiseid valitud fragmente või kogu DNA/RNA komplekti saab kasutada Exome või RNA sekveneerimiseks.
- Järjestatud fragmendid säilitatakse teekides.
- Sangeri järjestust või järgmise põlvkonna järjestust saab kasutada.
- Mõlemad on in vitro sekveneerimismeetodid.
- Järjestatud fragmente saab määrata fluorestseeruvate märgiste abil.
Mis vahe on eksoomi ja RNA järjestuse vahel?
Exome vs RNA sekveneerimine |
|
| Eksoomide sekveneerimine on organismis esinevate eksonite või kodeerivate DNA piirkondade täieliku komplekti järjestamine. | RNA sekveneerimine viitab ribonukleiinhapete (RNA) sekveneerimisprotseduurile; transkriptsioon. |
| Starting Sample | |
| Genoomne DNA on eksoomide sekveneerimise lähteproov. | RNA on RNA sekveneerimise lähteproov. |
| Kompositsioon | |
| See sisaldab ainult kogu DNA kodeerivaid piirkondi, mida nimetatakse eksoniteks | See sisaldab RNA-mRNA-d / transkriptoomi. |
| Järjestamine | |
| Eksoomide järjestamiseks on kaks peamist meetodit; lahenduspõhised ja massiivipõhised tehnoloogiad. | RNA sekveneerimine toimub cDNA raamatukogu valmistamise teel, ekstraheerides kogu RNA või fragmenteeritud RNA. |
Kokkuvõte – Exome vs RNA sekveneerimine
Exome on organismi kodeerivate piirkondade täielik komplekt ja Exome'i täpse nukleotiidide järjestuse määramisega seotud tehnikaid nimetatakse eksoomide järjestamiseks. RNA sekveneerimine on tehnika, mis on seotud organismi RNA nukleotiidide järjestuse määramisega. See on erinevus eksoomi ja RNA järjestuse vahel.
Laadi alla Exome vs RNA järjestuse PDF-versioon
Saate alla laadida selle artikli PDF-versiooni ja kasutada seda võrguühenduseta kasutamiseks vastav alt tsitaadi märkusele. Laadige PDF-versioon alla siit. Erinevus eksoomi ja RNA järjestuse vahel
