Peamine erinevus – Exome vs Transkriptome
Geen sisaldab endas kodeerivaid ja mittekodeerivaid piirkondi. Kodeerivaid järjestusi tuntakse eksonitena ja mittekodeerivaid järjestusi intronitena. Geeni eksonite nukleotiidjärjestus esindab geeni geneetilist koodi konkreetse valgu sünteesimiseks. Seega jäävad eksonid mRNA molekuli. Genoomi kogu eksoni piirkonda tuntakse eksoomina ja see on genoomi oluline osa. Geenide geneetiline kood muundatakse mRNA molekuli geneetiliseks koodiks, mis on vajalik valgu tootmiseks. Kogu rakus või rakupopulatsioonis korraga transkribeeritud mRNA molekule nimetatakse transkriptoomiks. Peamine erinevus eksoomi ja transkriptoomi vahel on see, et eksoom esindab genoomi eksonipiirkondade järjestusi, samas kui transkriptoom esindab raku või koe kogu mRNA-d teatud ajahetkel.
Mis on Exome?
Geenid koosnevad eksonitest, intronitest ja regulatoorsetest järjestustest. Eksonid on geenipiirkonnad, mis transkriptsiooni käigus transkribeeritakse mRNA järjestusse. Intronid ja muud mittekodeerivad piirkonnad eemaldatakse transkriptsiooni käigus. Eksonite nukleotiidjärjestus määrab geeni geneetilise koodi, mis sünteesib spetsiifilist valku, mida see kodeerib. Valgu mRNA-sse jäävad ainult eksonid. Eksonite kogumit genoomis nimetatakse organismi eksoomiks. See esindab osa genoomist, mis väljendub geenides. Inimestel moodustab eksoom genoomist 1%. See on inimese genoomi valke kodeeriv osa.
Joonis 01: Exome
Mis on transkriptsioon?
Transkriptoom on kõigi antud koe valke kodeerivate ja mittekodeerivate transkriptide (RNA-de) kogum. Transkriptoom esindab kogu mRNA molekulide kogumit, mida ekspresseerivad rakus või koes olevad geenid. Raku transkriptoomi saab varieerida teise rakutüübi transkriptoomiga. Transkriptoom on ka dünaamiline – see muutub aja jooksul vastuseks nii sisemistele kui ka välistele stiimulitele. Isegi samas koes või sama rakutüübi sees võib transkriptoom mõne minuti pärast muutuda.
Transkriptoom erineb organismi eksoomist. Transkriptoom sisaldab ainult ekspresseeritud eksoomi järjestusi. Kuigi raku eksoom jääb samaks, on transkriptoom rakkude vahel erinev, kuna geeniekspressioon ei ole kõigi rakkude või kudede puhul sama. Erinevates rakkudes ja kudedes ekspresseeritakse ainult olulisi geene. Geeniekspressioon on koe- või rakutüübispetsiifiline protsess. Seda reguleerivad erinevad tegurid, sealhulgas keskkonnategurid. Seetõttu võib transkriptoom varieeruda sõltuv alt väliskeskkonna tingimustest.
Transkriptoomi kasutatakse proteoomikauuringute eelkäijana. Kõik valgud pärinevad mRNA järjestustest. Translatsioonilised modifikatsioonid võivad põhjustada muutusi valkudes. Transkriptoom annab aga proteoomiliste uuringute jaoks olulist põhiteavet.
Joonis 02: Embrüonaalsete tüvirakkude transkriptoom
Mis vahe on Exome'il ja Transcriptome'il?
Exome vs Transkriptome |
|
| Exome on geenide valku kodeerivate piirkondade kogum. | Transkriptoom on kogu transkribeeritud RNA, sealhulgas mRNA kogu. |
| Näidis | |
| Eksoomi uurimiseks kasutatakse DNA proovi. | Transkriptoomi uuritakse RNA proovi abil. |
| Uuringumeetod | |
| Terve eksoomi järjestamine on eksoomi uurimise meetod. | RNA sekveneerimine on transkriptoomi uurimise meetod. |
Kokkuvõte – Exome vs Transkriptome
Eksonid on geenide kodeerivad järjestused ja määravad valkude mRNA järjestused. Nende kodeerivate järjestuste (eksonite) kogumit nimetatakse organismi eksoomiks. Enne valkude valmistamist transkribeeritakse geenid mRNA molekulideks. Raku või koe mRNA kogumolekule igal ajahetkel nimetatakse transkriptoomiks. Transkriptoom esindab geene, mida igal ajahetkel mRNA-s aktiivselt ekspresseeritakse. Transkriptoom on raku- ja koespetsiifiline ning mõjutab keskkonnatingimusi. See on erinevus eksoomi ja transkriptoomi vahel.
