Peamine erinevus – VNTR vs STR
DNA uuringud on tohutult kasulikud fülogeneetiliste suhete mõistmisel ja määramisel, geneetiliste haiguste diagnoosimisel ja organismi genoomide kaardistamisel. Konkreetse geeni või DNA järjestuse tuvastamiseks tundmatu DNA kogumis kasutatakse mitmeid DNA analüüsiga seotud tehnikaid. Neid tuntakse geneetiliste markeritena. Molekulaarbioloogias kasutatakse geneetilisi markereid indiviidide ja liikide vahelise geneetilise variatsiooni tuvastamiseks. Muutuva arvu tandemkordus (VNTR) ja lühike tandemkordus (STR) on kahte tüüpi geneetilisi markereid, mis näitavad üksikisikute vahelist polümorfismi. Mõlemad tüübid on mittekodeerivad korduvad DNAd, mis on tandemkordused. Need paiknevad kromosoomides peast sabani. VNTR on genoomi osa, kus lühikest nukleotiidjärjestust korratakse mitu korda. STR on veel üks DNA osa genoomis, mis on organiseeritud korduvate üksustena, mis koosnevad kahest kuni kolmeteistkümnest nukleotiidist sada korda. Peamine erinevus VNTR ja STR vahel on nukleotiidide arv korduvas järjestuses. VNTR korduvad ühikud koosnevad 10 kuni 100 nukleotiidist, STR korduv ühik aga 2 kuni 13 nukleotiidist. VNTR-i ja STR-i kasutatakse kohtuekspertiisi uuringutes laialdaselt.
Mis on VNTR?
Tandemkordus on lühike DNA järjestus, mida korratakse peast sabani kindlas kromosomaalses lookuses. Tandemkorduses pole ühtegi teist järjestust ega nukleotiidi. Genoomis on mitut tüüpi tandemkordusi. VNTR on nende hulgas tandemkorduste tüüp, mille korduvad ühikud koosnevad 10 kuni 100 nukleotiidist. VNTR on minisatelliitide tüüp. Neid tandemkordusi võib leida paljudes kromosoomides. Need paiknevad inimese genoomis ja paiknevad valdav alt kromosoomide subtelomeersetes piirkondades.
VNTR-id näitavad indiviidide vahel tandem-korduvat polümorfismi. VNTR pikkus kromosoomi konkreetses asukohas on üksikisikute vahel väga erinev, kuna selles DNA sektsioonis korraldatud korduvate üksuste arv varieerub. Seetõttu saab VNTR-i kasutada võimsa vahendina isikute tuvastamisel ja VNTR-analüüsi kasutatakse paljudes valdkondades, sealhulgas geneetikas, bioloogiauuringutes, kohtuekspertiis ja DNA sõrmejälgede võtmine. VNTR-id olid esimesed geneetilised markerid, mida kasutati luuüdi siirdamise kvantifitseerimiseks. VNTR-id olid ka esimesed polümorfsed markerid, mida kasutati kohtuekspertiisi DNA-profiilide koostamisel.
Joonis 01: VNTR-ide varieerumine kuuel inimesel
VNTR analüüs viiakse läbi restriktsioonifragmendi pikkuse polümorfismiga, millele järgneb lõunapoolne hübridisatsioon. Seetõttu vajab see suhteliselt suurt DNA-proovi. Probleemne on ka VNTR profiili tõlgendamine. Nende piirangute tõttu on VNTR-i kasutamine kohtugeneetikas piiratud ja see asendatakse STR-analüüsiga.
Mis on STR?
STR on väga korduv DNA osa, mis koosneb kahest kuni kolmeteistkümnest nukleotiidi korduvast ühikust, mis on organiseeritud tandemviisiliselt. STR on sarnane VNTR-iga. Kuid see varieerub VNTR-ist sõltuv alt korduva järjestuse nukleotiidide arvust ja korduste arvust. STR on teatud tüüpi mikrosatelliit.
STR analüüs, mis on seotud korduvate ühikute täpse arvu mõõtmisega. STR-d on üksikisikute vahel väga erinevad, sarnaselt VNT-dele. STR-profiilid on inimestelt erinevad. Seetõttu kasutatakse STR analüüsi molekulaarbioloogias, et võrrelda kahe või enama proovi DNA spetsiifilisi lookusi. Seetõttu peetakse STR-e molekulaarbioloogias võimsateks geneetilisteks markeriteks. See on suurepärane vahend isikute tuvastamiseks nende kõrge polümorfismi ja suhteliselt lühikese pikkuse tõttu.
Praegu on STR-d kohtuekspertiisi geneetikas kõige sagedamini kasutatav analüüsitud geneetilise polümorfismi tööriist. Enamik kohtuekspertiisi toiminguid hõlmab STR-i polümorfset analüüsi. STR lookused on levinud kogu genoomis. Kromosoomides paiknevad tuhanded STR-d, mida saab kasutada kohtuekspertiisi analüüsis. STR analüüs ei hõlma restriktsioonipikkuse polümorfismi nagu VNTR analüüs. STR-analüüs ei lõika DNA-d restriktsiooniensüümidega. Soovitud piirkondade kinnitamiseks DNA-le kasutatakse spetsiifilisi sonde ja PCR-tehnika abil määratakse STR pikkused.
Joonis 02: STR variatsioon proovide vahel
Millised on VNTR ja STR sarnasused?
- VNTR ja STR on mittekodeeriv DNA.
- Mõlemad on tandemkordused.
- Mõlemal on DNA lõigu pikkuse erinevuse tõttu indiviidide polümorfism.
- Mõlemat kasutatakse võimsate geneetiliste markeritena DNA sõrmejälgede võtmisel ja kohtuekspertiisi uuringutes.
Mis vahe on VNTR ja STR vahel?
VNTR vs STR |
|
| VNTR on mittekodeeriv korduv DNA, mille lühike nukleotiidjärjestus kordub tandemviisiliselt. | STR on väga korduv DNA osa, mis koosneb kahest kuni kolmeteistkümnest nukleotiidi korduvast ühikust, mis on organiseeritud tandemviisiliselt. |
| Suurus | |
| VNTR-id on suuremad kui STR-id. | STR-id on väiksemad kui VNTR-id. |
| Nukleotiidide arv korduvas järjestuses | |
| VNTR-i korduv ühik koosneb 10–100 nukleotiidist. | STR-i korduv ühik koosneb 2–13 nukleotiidist. |
Kokkuvõte – VNTR vs STR
VNTR ja STR on kaks võimsat geneetilist markerit, mida kasutatakse molekulaarbioloogias, eriti kohtuekspertiisi geneetika valdkonnas. VNTR on teatud tüüpi minisatelliit ja STR on mikrosatelliit. VNTR ja STR on mittekodeeriv, väga korduv DNA. Need on tandemkordused. VNTR ja STR üldine struktuur on sama. Nukleotiidide arv korduvas järjestuses ja pikkus on aga erinevad. VNTR-il on korduvad järjestused, mis koosnevad 10 kuni 100 nukleotiidist. STR-l on korduvad järjestused, mis koosnevad 2 kuni 13 nukleotiidist. See on erinevus VNTR ja STR vahel.
Laadi alla VNTR vs STR PDF-versioon
Saate alla laadida selle artikli PDF-versiooni ja kasutada seda võrguühenduseta kasutamiseks vastav alt tsitaadi märkustele. Palun laadige PDF-versioon alla siit. Erinevus VNTR ja STR vahel.
