Põhierinevus MLVA ja MLST vahel seisneb selles, et MLVA kasutab mikroobiliikide iseloomustamiseks tandemlikult korduvate DNA järjestuste polümorfismi, samas kui MLST kasutab mikroobiliikide iseloomustamiseks mitme majapidamisgeeni sisemiste fragmentide DNA järjestuste polümorfismi.
Mikroobset tüpiseerimist kasutatakse tavaliselt nakkuste allika ja marsruutide määramiseks. See kinnitab või välistab haiguspuhangud. Mikroobide tüpiseerimine jälgib ka tervishoiuga seotud patogeenide ristülekannet ja tunneb ära virulentsed tüved. Lisaks hindab mikroobide tüpiseerimine patogeensete mikroobiliikide tõrjemeetmete tõhusust. MLVA ja MLST on kaks molekulaarbioloogilist tehnikat, mida kasutatakse mikroobide tüpiseerimisel.
Mis on MLVA?
Mitme lookusega VNTR analüüs (MLVA) on molekulaarbioloogiline meetod, mis kasutab mikroobiliikide iseloomustamiseks tandemlikult korduvate DNA järjestuste polümorfismi. See on meetod, mida kasutatakse teatud mikroobiliikide geneetiliseks analüüsiks.
MLVA esimese etapi ajal amplifitseeritakse iga sihitud VNTR lookust PCR abil külgnevate regioonispetsiifiliste praimeritega. Seejärel eraldatakse saadud fragmendid kapillaarsekvenaatoril elektroforeesiga suuruse järgi. Iga lookuse genotüpiseerimine ja igast proovist koostatud tulemused võimaldavad iseloomustada mikroorganismi, mille liik on teada. Samuti võimaldab see tuvastada alamliike alleeli tüpiseerimise ja MLVA andmebaasidega võrdlemise kaudu.
Joonis 01: MLVA
See MLVA-meetod on selektiivsem kui MLST-meetod. Lisaks ei nõua MLVA meetod DNA sekveneerimisetappi. Seega võimaldab see eristada lähedasi alamliike või kloonliike.
Mis on MLST?
Multilookuse järjestuse tüpiseerimine (MLST) on tehnika, mis kasutab mikroobiliikide iseloomustamiseks mitmete majapidamisgeenide sisemiste fragmentide DNA järjestuste polümorfismi. MLST on geneetilise analüüsi tehnika mitme lookuse tüpiseerimiseks.
Joonis 02: MLST
See on teatud tüüpi järjestuse määramine, mida kasutatakse võrdlusmeetodina mikroobiliikide erinevate tüvede eristamiseks. See meetod põhineb majapidamisgeenide järjestamisel. Majapidamisgeenid kodeerivad tavaliselt mikroobsete ainete, näiteks bakterite olulisi valke. Nendel majapidamisgeenide järjestustel on aja jooksul stabiilne polümorfism. Seetõttu on majapidamisgeenide järjestuste erinevused piisavad, et tüvesid üksteisest eristada. Lisaks oli esimene välja töötatud MLST-skeem Neisseria meningitidis, meningokoki meningiidi ja septitseemia põhjustaja. Alates selle kasutuselevõtust on MLST-d kasutatud mitte ainult inimeste, vaid ka taimede patogeenide jaoks.
Millised on MLVA ja MLST sarnasused?
- MLVA ja MLST on kaks molekulaarbioloogilist tehnikat, mida kasutatakse mikroobide tüpiseerimisel.
- Mõlemat tehnikat saab kasutada mikroobide fülogeneetiliseks analüüsiks.
- Mõlemad tehnikad põhinevad geneetilisel polümorfismil.
- Neid saab kasutada mikroobseid patogeene põhjustavate inimeste haiguste avastamiseks.
- Mõlemat tehnikat peaksid läbi viima kogenud molekulaarbioloogid.
Mis vahe on MLVA ja MLST vahel?
MLVA on tehnika, mis kasutab mikroobiliikide iseloomustamiseks tandemlikult korduvate DNA järjestuste polümorfismi. Samal ajal on MLST meetod, mis kasutab mikroobiliikide iseloomustamiseks mitme majapidamisgeeni sisemiste fragmentide DNA järjestuste polümorfismi. Seega on see peamine erinevus MLVA ja MLST vahel. Lisaks on MLVA-meetod selektiivsem kui MLST-meetod.
Allpool olev infograafik esitab kõrvuti võrdlemiseks tabelina erinevusi MLVA ja MLST vahel.
Kokkuvõte – MLVA vs MLST
MLVA ja MLST on kaks molekulaarbioloogilist tehnikat, mida kasutatakse mikroobide tüpiseerimisel. MLVA kasutab mikroobiliikide iseloomustamiseks tandemlikult korduvate DNA järjestuste polümorfismi, MLST aga mitme majapidamisgeeni sisemiste fragmentide DNA järjestuste polümorfismi mikroobiliikide iseloomustamiseks. Niisiis, see on peamine erinevus MLVA ja MLST vahel.
