Põhiline erinevus NAAT ja PCR vahel on see, et NAAT võimendab geneetilist materjali mitmel viisil, sealhulgas polümeraasi ahelreaktsiooni, ahela nihkumise või transkriptsiooni vahendatud amplifikatsiooni abil, samas kui PCR on meetod, mis võimendab geneetilist materjali, kasutades ainult termorattasõit.
Patogeenid tuvastatakse peamiselt nende geneetilise materjali amplifitseerimise järgi. Enamik selle valdkonna tehnikaid keskendub patogeeni geneetilise materjali tuvastamisele, võimendades konkreetseid järjestusi reaalajas. Seetõttu saadakse diagnostilises kontekstis tulemused väga kiiresti. NAAT, PCR, biosensor ja LCR on mitu tehnikat, mida laborites kasutatakse patogeeni geneetilise materjali amplifitseerimiseks.
Mis on NAAT?
Nukleiinhappe amplifikatsiooni test (NAAT) on molekulaarbioloogia meetod, mis amplifitseerib geneetilist materjali mitmel viisil, nagu polümeraasi ahelreaktsioon, ahela nihkumise amplifikatsioon või transkriptsiooni vahendatud amplifikatsioon. Geneetilise materjali amplifitseerimist saab teha ka selliste meetodite abil nagu ligeerimisahelreaktsioon ja hargnenud DNA reaktsioon (quantiplex b DNA) NAAT-protseduuris. NAAT kasutab Watson-Cricki baaside sidumise eripära. NAAT protseduuris hübridiseeritakse üheahelaline sond või praimer molekul sihtmärk-DNA või RNA molekuliga. Seetõttu on sondi ahela kujundus väga oluline, et suurendada tuvastamise tundlikkust ja spetsiifilisust. Seejärel võimendab NAAT järgmine samm geneetilist materjali, tehes sellest tuvastamiseks palju koopiaid.
Joonis 01: NAAT
NAAT-i kasutatakse praegu mitmete patogeenide, nagu Neisseria gonorrhea, Chlamydia trachomatis, Mycobacterium tuberculosis ja SARS-COV2, tuvastamiseks. Lisaks on NAAT test välja töötatud aknaperioodi lühendamiseks. Aknaperiood on ajavahemik, mis jääb patsiendi nakatumise hetkest kuni selle hetkeni, mil ta antikehatestides positiivseks. Lisaks kiitis NAAT sõelumismeetodi esmakordselt heaks 1999. aastal FDA. NAAT-il on palju eeliseid, sealhulgas DNA või RNA madala taseme tuvastamine, kõrge tundlikkus ja kõrge spetsiifilisus.
Mis on PCR?
PCR on molekulaarbioloogia meetod, mis võimendab geneetilist materjali ainult termilise tsükli abil. PCR tähistab polümeraasi ahelreaktsiooni. See on test konkreetse organismi, näiteks bakterite, seente ja viiruste geneetilise materjali tuvastamiseks. Haiguse diagnoosimisel tuvastab PCR patogeeni olemasolu, kui inimesel on uuringu ajal patogeen. Haiguste diagnoosimisel on PCR-protokollil mitu etappi, sealhulgas proovide kogumine, DNA ekstraheerimine, PCR ja sekveneerimine. Patogeenide testimisel kasutatakse kogutud proovi geneetilise materjali (DNA või RNA) eraldamiseks. PCR-protseduur nõuab spetsiaalseid kemikaale, praimereid ja ensüüme, et toota miljoneid koopiaid geneetilisest materjalist PCR-seadmes, mida nimetatakse termotsükleriks. Pärast PCR-produktist amplifitseerimist saab patogeeni tuvastada. Teadlased kasutavad tulemuste tõlgendamiseks spetsiaalset tarkvara.
Joonis 02: PCR
Lisaks kasutatakse praegu uurimistöös erinevat tüüpi PCR-e. Nende hulgas on mitu RT-PCR, Multiplex PCR, RAPD ja Nested PCR. PCR on eriti kasulik farüngiidi (Streptococcl farüngiit), atüüpilise kopsupõletiku (Chlymydia pneumoniae), leetrite (Morbillivirus), hepatiidi (HBV) ja haavandilise urogenitaalse infektsiooni (Haemophilus ducreyi) tuvastamisel.
Millised on NAAT-i ja PCR-i sarnasused?
- NAAT ja PCR on kaks olulist molekulaarbioloogilist meetodit, mida kasutatakse geneetilise materjali amplifitseerimiseks.
- Nukleiinhappeid (DNA või RNA) amplifitseeritakse mõlema tehnikaga.
- Need on kiired ja kiired tehnikad.
- Praegu kasutatakse haiguste diagnoosimiseks mõlemat tehnikat.
- Need on kallimad kui tavalised meetodid.
Mis vahe on NAAT-il ja PCR-il?
NAAT on meetod molekulaarbioloogias, mis amplifitseerib geneetilist materjali mitme meetodi abil, samas kui PCR on meetod molekulaarbioloogias, mis võimendab geneetilist materjali kasutades ainult termilist tsüklit. NAAT kasutab erinevaid geneetilise materjali amplifikatsiooni tehnikaid, nagu polümeraasi ahelreaktsioon, ahela nihke amplifikatsioon, transkriptsiooni vahendatud amplifikatsioon, ligeerimisahelreaktsioon ja hargnenud DNA reaktsioon (quantiplex b DNA). Teisest küljest kasutab PCR erinevaid geneetilise materjali amplifitseerimise meetodeid, näiteks RT-PCR. Multiplex PCR, RAPD, pesastatud PCR. Niisiis, see on peamine erinevus NAAT ja PCR vahel.
Allpool olev infograafik esitab NAAT-i ja PCR-i erinevused tabelina kõrvuti võrdlemiseks.
Kokkuvõte – NAAT vs PCR
Laborites kasutatakse geneetiliste materjalide amplifitseerimiseks erinevaid molekulaarbioloogilisi vahendeid. NAAT, PCR, biosensor ja LCR on mitu sellist tehnikat. NAAT on molekulaarbioloogiline tehnika, mis võimendab geneetilist materjali mitmel viisil, nagu polümeraasi ahelreaktsioon, ahela nihkumine või transkriptsiooni vahendatud amplifikatsioon. PCR on molekulaarbioloogia meetod, mis võimendab geneetilist materjali termilise tsükli abil. Seega on see peamine erinevus NAAT ja PCR vahel.
