Põhiline erinevus valgu subühiku ja domeeni vahel on see, et valgu subühik on valgu eraldiseisev polüpeptiidahel, mis ühendub teiste polüpeptiidahelatega, moodustades valgukompleksi, samas kui valgu domeen on polüpeptiidahela külgnev piirkond valku, mis voldib sageli iseseisv alt kompaktseks, lokaalseks ja poolsõltumatuks üksuseks.
Valgu subühik ja domeen on multimeerse valgu väga olulised osad. Valgud on polüpeptiididest valmistatud polümeerid. Iga polüpeptiid ahel moodustub monomeerist, mida nimetatakse aminohappeks. Kompleksne valk sisaldab erinevaid struktuuriüksusi, nagu subühikud, domeenid, motiiv ja volt. Need keeruka valgu struktuuriüksused on selle struktuuri ja lõpuks ka funktsiooni jaoks äärmiselt olulised.
Mis on valgu allüksus?
Valgu subühik on valgu eraldiseisev polüpeptiidahel, mis ühendub teiste polüpeptiidahelatega, moodustades valgukompleksi. Struktuuribioloogias on valgu subühik üksik valgumolekul, mis koondub koos teiste valgumolekulidega, moodustades valgukompleksi. Looduslikult esinevatel valkudel on suhteliselt väike arv alaühikuid, nagu hemoglobiin ja DNA polümeraas. Seetõttu nimetatakse neid oligomeerseteks. Teised valgud koosnevad suurest hulgast alaühikutest, seetõttu kirjeldatakse neid multimeersetena. Näiteks mikrotuubulid ja teised tsütoskeleti valgud on multimeersed. Multimeerse valgu subühikud võivad olla identsed (homoloogsed) või täiesti erinevad (heteroloogsed).
Joonis 01: valgu allüksus
Mõnedes multimeersetes valkudes võib üks alaühik olla katalüütiline alaühik. Teisest küljest on teine regulatiivne allüksus. Katalüütilise subühiku funktsioon katalüüsib ensümaatilist reaktsiooni, samas kui regulatoorse subühiku funktsioon soodustab või pärsib selle aktiivsust. Ensüümi, mis koosneb kokkupanduna nii katalüütilistest kui ka reguleerivatest subühikutest, nimetatakse tavaliselt holoensüümiks. Näiteks ensüümi klassi I fosfoinositiidi 3-kinaasil on katalüütiline alaühik p110 ja reguleeriv alaühik p85. Veelgi enam, valgul peab iga subühiku kohta olema üks geen. Seda seetõttu, et subühik koosneb eraldi polüpeptiidahelast, millel on üks kodeeriv geen.
Mis on valgu domeen?
Valgu domeen on valgu polüpeptiidahela külgnev piirkond, mis volditakse sageli iseseisv alt kompaktseteks, lokaalseteks ja poolsõltumatuteks üksusteks. Valgu domeen on tuntud ka kui valgu polüpeptiidahela piirkond, mis on isestabiliseeruv ja voltib ülejäänud osast sõltumatult. Need on valgu eraldiseisev struktuurne ja funktsionaalne üksus. Tavaliselt vastutavad domeenid konkreetse funktsiooni või interaktsiooni eest, mis aitab kaasa valgu üldisele rollile. Näiteks SH3 domeen koosneb umbes 50 aminohappejäägist. Need esinevad mitmesugustes valkudes, sealhulgas adaptervalkudes, fosfatidüülinositool-3-kinaasides, fosfolipaasides ja müosiinides. Need SH3 domeenid osalevad valgu-valgu interaktsioonides.
Joonis 02: Valgudomeenid
Domeenide pikkus varieerub 50 aminohappest 250 aminohappeni. Lühimad domeenid, nagu tsink-sõrm, on stabiliseeritud metalliioonide ja disulfiidsildade abil. Domeen toodab sageli funktsionaalseid üksusi, nagu kalmoduliini k altsiumi siduv EF-käe domeen. Lisaks saab kimäärsete valkude saamiseks domeene geenitehnoloogia abil vahetada ühe valgu vahel teise vastu.
Millised on valgu allüksuse ja domeeni sarnasused?
- Valgu subühik ja domeen on multimeerse valgu struktuuriüksused.
- Mõlemad koosnevad aminohapetest.
- Need on seotud terminiga "polüpeptiidahel".
- Lisaks on need mõlemad valgu üldise toimimise jaoks äärmiselt olulised.
Mis vahe on valgu allüksusel ja domeenil?
Valgu subühik on valgu eraldiseisev polüpeptiidahel, mis ühendub teiste polüpeptiidahelatega, moodustades valgukompleksi. Teisest küljest on valgu domeen valgu polüpeptiidahela külgnev piirkond, mis volditakse sageli iseseisv alt kompaktseteks, lokaalseteks ja poolsõltumatuteks üksusteks. Niisiis, see on peamine erinevus valgu subühiku ja domeeni vahel. Veelgi enam, valgu alaühik on valgu domeenist suurem.
Järgmine tabel võtab tabeli kujul kokku erinevused valgu alaühiku ja domeeni vahel.
Kokkuvõte – valgu allüksus vs domeen
Valkude ehitusplokid on aminohapped. Valgud tekivad aminohapete kondenseerumisel. Valgustruktuuride suurus ulatub kümnetest kuni mitme tuhande aminohappeni. Valgu struktuuri stabiliseerivad mittekovalentsed interaktsioonid, nagu vesiniksidemed, ioonsed sidemed, Van der Waalsi jõud, hüdrofoobsed sidemed ja kovalentsed vastasmõjud, nagu disulfiidsidemed. Kompleksne valk sisaldab erinevaid struktuuriüksusi, nagu subühikud, domeenid, motiiv ja volt. Valgu subühik on valgu eraldiseisev polüpeptiidahel, mis ühendub teiste polüpeptiidahelatega, moodustades valgukompleksi. Teisest küljest on valgu domeen valgu polüpeptiidahela piirkond, mis on isestabiliseeruv ja voltib ülejäänud osast sõltumatult. Seega on see kokkuvõte erinevusest valgu subühiku ja domeeni vahel.
