Põhiline erinevus LAMP-i ja PCR-testi vahel on see, et LAMP viiakse läbi konstantsel temperatuuril (60-650C), et saada amplifikatsiooni teel DNA koopiaid, samal ajal kui PCR viiakse läbi. kasutades mitmeid temperatuurimuutusi DNA koopiate saamiseks amplifikatsiooni teel.
LAMP ja PCR on mõlemad in vitro amplifikatsioonimeetodid, mida kasutatakse tuhandete DNA koopiate tootmiseks. LAMP-s toodetud DNA kogus on palju suurem kui PCR-meetodites, nagu RT-PCR, toodetud kogus. LAMP on PCR-tehnikaga võrreldes uuem tehnika. Kuid see on tehniliselt lihtne ja koolitatud teadlasel laboritingimustes hõlpsasti teostatav. See muudab selle COVID-19 tuvastamiseks potentsiaalselt kasulikuks tehnikaks. RT-PCR on aga praegune COVID-19 standardtest. Kuigi need tehnikad on DNA amplifikatsiooni taustaga teadlastele ja arstidele hästi tuntud, võivad laiemale kogukonnale siiski olla suhteliselt tundmatud.
Mis on LAMP Test?
Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) COVID-19 testide jaoks algab proovide kogumisega ninast või kurgust tampooni abil. Proove võib koguda ka muude meetoditega, näiteks tugevast köhimisest tekkinud lima abil. Sarnaselt PCR-meetodile, nagu RT-PCR, muundatakse proovis olev viiruse RNA esm alt DNA-ks, mis võimaldab seda kopeerida. LAMP-reaktsioon viiakse läbi konstantsel temperatuuril (60-650C).
LAMP-tehnoloogiat ja reaktiive sisaldava viiruse DNA amplifikatsiooni saab tuvastada, kui reaktsioonisegu muutub häguseks magneesiumpürofosfaadi tootmise tõttu. Selline pilvisus võimaldab teadlastel ja arstidel COVID-19 kergesti diagnoosida. Katsetulemuste täpsust saab parandada spetsiaalsete fluorestseeruvate või värvimuutvate värvainete kasutamisega reaktsioonisegus. Need värvained interakteeruvad viiruse DNA-ga ja valguse või värvimuutuse intensiivsust saab mõõta, et saada viiruse RNA molekulide arv, mis oli ligikaudu sama, mis oli algselt proovis.
Mis on PCR-test?
PCR on väga levinud teaduslik tehnika, mida on DNA tuvastamiseks laialdaselt kasutatud teadusuuringutes ja meditsiinis 20–30 aastat. PCR-teste kasutatakse otse antigeeni tuvastamiseks, tuvastades viiruse RNA. Üldjuhul esineb viiruse RNA organismis enne antikehade tuvastamist või haiguse sümptomite ilmnemist. Seetõttu saab PCR-testiga kindlaks teha, kas kellelgi on viirus varakult või mitte. Praegu on PCR standardne test COVID-19 tuvastamiseks. PCR-tehnikaid on erinevat tüüpi, näiteks reaalajas PCR, pesastatud PCR, multipleks-PCR, kuumkäivitus-PCR ja pikamaa-PCR jne. PCR kasutab amplifikatsiooni teel DNA koopiate saamiseks mitmeid temperatuurimuutusi.
RT-PCR on PCR-tehnika eriversioon. Seda kasutatakse RNA tuvastamisel. Seda kasutatakse nüüd COVID-19 testimiseks. RT-PCR on üsna tundlik ja usaldusväärne tehnika. RT-PCR-is kasutatakse pärast proovi kogumist kemikaale soovimatute valkude, rasvade ja muude molekulide eemaldamiseks, jättes RNA maha. Testkomplekti ensüümid muudavad esm alt RNA DNA-ks, mis seejärel amplifitseerib viiruse DNA-d, et viirust tuvastada. Fluorestseeruvaid värvaineid kasutatakse tavaliselt amplifitseeritud DNA-ga seondumiseks ja valguse tekitamiseks. Testitulemuse saamiseks saab masin seda lugeda.
Millised on LAMP- ja PCR-testi sarnasused?
- Need on võimendustehnikad.
- Mõlemad toodavad kopeeritud DNA-d.
- Need on väga tundlikud ja usaldusväärsed meetodid kui immuuntehnika, näiteks antikehade tuvastamine.
- Neid mõlemaid kasutatakse COVID-19 testimiseks.
Mis vahe on LAMP- ja PCR-testil?
Põhiline erinevus LAMP- ja PCR-testide vahel on see, et LAMP-i puhul saavutatakse amplifikatsioon konstantse temperatuuriga (60-650C), samas kui PCR-i puhul toimub amplifikatsioon temperatuurid on vajalikud. Praegu on saadaval mitut tüüpi LAMP-tehnikaid. Kuid COVID-19 tuvastamiseks on kõige olulisemad pöördtranskriptsiooni ahelaga vahendatud isotermiline tehnika (RT-LAMP) ja transkriptsiooni vahendatud võimendus (TMA). Lisaks on praegu kliinilises praktikas haiguste diagnoosimiseks saadaval erinevat tüüpi PCR-tehnikad, nagu reaalajas PCR, RT-PCR, pesastatud PCR, multipleks-PCR, kuumkäivitusega PCR, pikamaa-PCR jne.
Allpool olev infograafik loetleb tabelina LAMP-i ja PCR-testi erinevused.
Kokkuvõte – LAMP vs PCR test
Loop-mediated Isothermal Amplification on sarnane protsess PCR-testidega nagu RT-PCR, kuid see toodab konstantsel temperatuuril rohkem viiruse DNA koopiaid. Polümeraasi ahelreaktsiooni test on praegu maailmas kõige levinum ja standardseim testimisvorm haiguste, näiteks COVID-19 diagnoosimiseks. Seda peetakse üsna usaldusväärseks. PCR kasutab amplifikatsiooni teel DNA koopiate tootmiseks mitmeid temperatuurimuutusi. Seega võtab see kokku erinevuse LAMP-i ja PCR-testi vahel.
