Põhiline erinevus sahharoosi gradiendiga ja sahharoosipadjaga ultratsentrifuugimise vahel seisneb selles, et sahharoosi gradiendiga ultratsentrifuugimisel kasutatakse pidevat sahharoosigradienti, samas kui sahharoosipadjaga ultratsentrifuugimisel kasutatakse katkendlikku sahharoosigradienti.
Sahharoosi gradient ja sahharoosipadjaga ultratsentrifuugimine on kaks sarnast tüüpi tehnikat, mida kasutatakse teatud tüüpi makromolekulide eraldamiseks. Mõlema tehnika puhul kasutatakse sahharoosi tiheduse gradienti. Kuid sahharoosigradiendi ultratsentrifuugimisel kasutatakse pidevat tihedusgradienti, sahharoosipadjaga ultratsentrifuugimisel aga katkendlikku tihedusgradienti.
Mis on sahharoosigradiendi ultratsentrifuugimine?
Sahharoosi gradiendiga ultratsentrifuugimine on tehnika, mida saab kasutada makromolekulide nagu DNA, RNA ja valkude fraktsioneerimiseks. Selles tehnikas on mitu sammu. Need on sahharoosi gradiendi ettevalmistamine, tsentrifuugimine, eraldamine ja elueerimine. Gradiendi ettevalmistamine on selle tehnika põhietapp. Selle tehnika puhul asetatakse erineva suurusega makromolekule sisaldav proov sahharoosi gradiendi kolonni pinnale. Tsentrifuugimisel sadestuvad erineva suurusega makromolekulid läbi sahharoosi gradiendi kolonni erineva kiirusega. Sedimentatsioon sõltub mitmest tegurist, sealhulgas tsentrifuugimisjõust, makromolekulide suurusest ja tihedusest, gradiendi tihedusest ja viskoossusest. Tsentrifuugimise lõpus eraldatakse makromolekulid ruumiliselt tiheduse järgi. Suuremad makromolekulid (kõrge tihedusega makromolekulid) settivad põhja poole. Kergemad (madala tihedusega makromolekulid) jäävad gradiendi tippu. Seetõttu eralduvad molekulid erinevate ribadena. Seejärel tuleb ribad eraldada ja spetsiifiline makromolekul sahharoosist puhastada.
Joonis 01: Ultratsentrifuugimine sahharoosi gradiendiga
Kasutamise poolel kasutatakse seda meetodit laialdaselt DNA molekulide fraktsioneerimiseks. Valgukompleksi suuruse ja koostise iseloomustamiseks kasutatakse tavaliselt sahharoosi gradiendi ultratsentrifuugimist. Lisaks kasutatakse seda tehnikat mRNA osaliseks puhastamiseks.
Mis on sahharoosipadjaga ultratsentrifuugimine?
Sahharoosipadjaga ultratsentrifuugimine on teine meetod, mis võimaldab makromolekule fraktsioneerida. Erinev alt sahharoosi tiheduse gradiendi ultratsentrifuugimisest kasutab sahharoosipadjaga ultratsentrifuugimine katkendlikku tihedusgradienti. Sahharoosi kontsentratsioon suureneb ül alt alla diskreetsete sammudega. Selle meetodi puhul saavutatakse eraldamine, asetades selitatud ekstrakti väikese koguse sahharoosilahuse peale tsentrifuugitorus, niinimetatud sahharoosipadjal. See võimaldab kiirel tsentrifuugimisel paremat eraldamist. Kui molekulid eralduvad sahharoosipadja vahel ribana, saab valge riba koguda ja puhastada. Lisaks saab lisandeid täiendav alt eemaldada sahharoosipadja meetodil. Sahharoosipadja meetod võimaldab 60-70% torust täita prooviga. Seega võimaldab sahharoosipadja meetod töödelda suuremat kogust proovi.
Millised on sahharoosigradiendi ja sahharoosipadjaga ultratsentrifuugimise sarnasused?
- Sahharoosigradient ja sahharoosipadjaga ultratsentrifuugimine on kaks tehnikat, mida kasutatakse makromolekulide segu eraldamiseks.
- Mõlema meetodi puhul kasutatakse sahharoosi gradienti.
- Tsentrifuugimine on mõlema meetodi samm.
- Molekulid settivad iga meetodi puhul riba või tsoonina.
Mis vahe on sahharoosigradiendil ja sahharoosipadjaga ultratsentrifuugimisel?
Sahharoosi gradiendiga ultratsentrifuugimine on meetod, mis kasutab pidevat sahharoosigradienti tsentrifuugitorus, samas kui sahharoosipadjaga ultratsentrifuugimine on meetod, mis kasutab katkendlikku sahharoosigradienti. Seega on see peamine erinevus sahharoosi gradiendi ja sahharoosipadjaga ultratsentrifuugimise vahel.
Lisaks võimaldab sahharoosipadjaga ultratsentrifuugimine töödelda suuremat kogust proovi, samas kui sahharoosigradient-ultratsentrifuugimine võimaldab töödelda suhteliselt väikest kogust proovi.
All infograafika tabelites on rohkem erinevusi sahharoosi gradiendi ja sahharoosipadjaga ultratsentrifuugimise vahel.
Kokkuvõte – sahharoosigradient vs sahharoosipadja ultratsentrifuugimine
Sahharoosigradiendi ultratsentrifuugimine eraldab makromolekulid pideva sahharoosigradienti abil. Seevastu sahharoosipadjaga ultratsentrifuugimine kasutab katkendlikku sahharoosi gradienti, et eraldada segus teatud tüüpi osakesed. Niisiis, see on peamine erinevus sahharoosi gradiendi ja sahharoosipadjaga ultratsentrifuugimise vahel. Sahharoosipadja meetod võimaldab koguda morfoloogiliselt terveid osakesi, kuna see ei põhjusta mehaanilist pinget, erinev alt sahharoosi gradiendiga ultratsentrifuugimisest, mis purustab molekulid katseklaasi põhja. Lisaks võimaldab sahharoosipadjaga ultratsentrifuugimine töödelda suuremat kogust proovi kui sahharoosi gradiendiga ultratsentrifuugimine.
