Põhiline erinevus molekulaarse dokkimise ja punktide määramise vahel seisneb selles, et dokkimine on meetod, mida kasutatakse kahe molekuli vahelise sidumisafiinsuse määramiseks, samas kui punktiarvestus on protsess, mille käigus hinnatakse konkreetset poosi, loendades soodsate molekulidevaheliste interaktsioonide arvu.
Molekulaarse modelleerimise valdkonnas kasutatakse mõisteid molekulaarne dokkimine ja punktiarvestus. Molekulaarne modelleerimine on meetod, mida kasutatakse erinevate molekulide võimaliku paigutuse määramiseks antud aines. See meetod on oluline uute stabiilsete ühendite loomisel.
Mis on molekulaarne dokkimine?
Molekulaarne dokkimine on kandidaatligandi retseptoriga seondumise arvutuslik simulatsioon. See meetod ennustab ühe molekuli eelistatud orientatsiooni teise molekuli suhtes, kui need on omavahel seotud stabiilse kompleksi moodustamiseks. Selle tehnikaga saadud tulemusi saab kasutada kahe molekuli vahelise assotsiatsiooni tugevuse või seondumisafiinsuse ennustamiseks. Siin on oluline ka molekulaarne hindamisfunktsioon.
Joonis 01: Lihtne diagramm, mis näitab molekulaarsete interaktsioonide protsessi bioloogilistes süsteemides
Üldiselt võtab see meetod arvesse bioloogiliselt olulisi molekule, nagu valgud, peptiidid, nukleiinhapped, süsivesikud ja lipiidid. Need molekulid on väga olulised ja mängivad olulist rolli meie keha signaaliülekande mehhanismides. Seetõttu mõjutab kahe selle signaali ülekandeprotsessi jaoks seonduva molekuli orientatsioon siin toodetud signaali tüüpi. See tähendab; Molekulaarne dokkimine on oluline nii signaali tugevuse kui ka tüübi määramisel bioloogilistes süsteemides signaali edastamisel.
Lisaks on molekulaarse dokkimise tehnikad struktuuripõhiste ravimite kavandamisel olulised. Selle põhjuseks on väikeste molekulide, näiteks ligandide, sobiva sidumissaidiga seondumise konformatsiooni ennustatavus.
Mis on molekulaarne hindamine?
Molekulaarne skoorimine on teatud tüüpi matemaatiline funktsioon, mis on kasulik molekulaarse dokkimise edenemise hindamisel. Arvutuskeemia valdkonnas kasutatakse punktifunktsioone kahe molekuli vahelise sidumisafiinsuse ennustamiseks pärast dokkimisprotsessi. Näiteks kui meil on väike osakeste ravimi molekul ja olemas on bioloogiline sihtmärk, näiteks valk, saame hinnata ravimi afiinsust seondumiskoha suhtes. Lisaks saab molekulaarset hindamist kasutada kahe valgu või valgu ja DNA molekulide vaheliste molekulidevaheliste interaktsioonide ennustamiseks.
Joonis 02: Hindamisfunktsioon lühid alt
Molekulaarse hindamise peamine rakendus on ravimite kavandamise protsessides – näiteks virtuaalne sõelumine, de novo projekteerimine, müügivihje optimeerimine jne.
Mis vahe on molekulaarsel dokkimisel ja punktiarvestusel?
Molekulaarne dokkimine ja punktide määramine on molekulaarses modelleerimises olulised. Peamine erinevus molekulaarse dokkimise ja punktide määramise vahel on see, et dokkimine on meetod, mida kasutatakse kahe molekuli vahelise sidumisafiinsuse määramiseks, samas kui punktiarvestus on protsess, mille käigus hinnatakse konkreetset poosi, loendades soodsate molekulidevaheliste interaktsioonide arvu.
Järgmine infograafik võtab kokku molekulaarse dokkimise ja punktiarvestuse erinevuse.
Kokkuvõte – molekulaarne dokkimine vs punktiarvestus
Molekulaarne dokkimine ja punktide määramine on molekulaarses modelleerimises olulised. Peamine erinevus molekulaarse dokkimise ja punktide määramise vahel on see, et dokkimine on meetod, mida kasutatakse kahe molekuli vahelise sidumisafiinsuse määramiseks, samas kui punktiarvestus on protsess, mille käigus hinnatakse konkreetset poosi, loendades soodsate molekulidevaheliste interaktsioonide arvu.
