Põhiline erinevus konserveeritud ja konsensusjärjestuse vahel seisneb selles, et konserveeritud järjestus viitab sarnastele nukleiinhapete või aminohapete järjestustele, mis esinevad erinevates või samades liikides põlvkondade jooksul, samas kui konsensusjärjestus on sageli esinev nukleotiidijärjestus või leitud aminohappejärjestus DNA või RNA või valgu väga konserveerunud piirkonnas.
Organismidel on sarnased ja erinevad omadused. Organismide vaheliste suhete uurimisel ja nende klassifitseerimisel on väga oluline organismide genoom ehk geneetiline ülesehitus. Mõned nukleotiid- või aminohappejärjestused on erinevates organismides tavalised. Konserveeritud järjestus on nukleiinhappe- või aminohappejärjestus, mis on liikide vahel ühtlane. Seetõttu on nad fülogeneetiliste puude loomisel fülogeneetiliselt olulised. Konserveeritud järjestustes on spetsiifilisi nukleotiidjärjestusi, mida leidub sagedamini. Neid nimetatakse konsensusjärjestusteks.
Mis on konserveeritud järjestus?
Konserveeritud järjestus on nukleiinhappejärjestus või aminohappejärjestus, mis on liikide lõikes sarnane. Seetõttu on see liikide lõikes kogu evolutsiooni vältel ühtlane. Üldiselt säilitatakse neid järjestusi looduslik valik. Nad jäävad muutumatuks kaugel filogeneetilisest puust. Seega on säilinud järjestused fülogeneetiliste puude konstrueerimisel olulised. Arvatakse, et väga konserveerunud järjestustel on sageli oluline funktsionaalne väärtus. Need on kasulikud ka geneetiliste haiguste tuvastamisel. Konserveeritud järjestused võivad siiski olla kodeerivad või mittekodeerivad nukleiinhappejärjestused. Lisaks näitavad konserveerunud järjestused aeglasemat mutatsioonikiirust. Seetõttu on nende koostises väga vähe muutusi; mõnikord ei näita need muutusi põlvkondade lõikes.
Joonis 01: konserveeritud jada
Ribosoomide RNA komponendid esinevad kõigis eluvaldkondades, homeoboksi järjestused eukarüootides ja tmRNA bakterites on mitmed näited väga konserveerunud järjestustest. Konserveeritud järjestuste tuvastamine on lihtne, kui kasutatakse bioinformaatilisi lähenemisviise, eriti järjestuste joondamise tööriista. Lisaks hõlbustab mitme järjestuse joondamine konserveerunud järjestuste visualiseerimist.
Mis on konsensusjärjestus?
Konsensusjärjestus on järjestus, mida tavaliselt leidub DNA või RNA antud konserveerunud piirkonnas. See on väga spetsiifiline nukleotiidjärjestus. Näiteks E. coli promootorites on konsensusjärjestus -10 juures TATAAT (Pribnow box), mis on väga konserveerunud järjestused. Samamoodi on veel üks konsensusjärjestus: TTGACA E. coli promootorites samuti -35 juures. Konsensusjärjestused on tuntud ka kui "kastid".
Joonis 02: konsensusjärjestus
Lisaks DNA-le ja RNA-le on valkudel ka aminohapete konsensusjärjestus. Valkude sidumissaite esindavad sageli konsensusjärjestused. Restriktsiooniensüümidel on ka konsensusjärjestused. Lisaks on splaissimiskohad ka konsensusjärjestused. Sarnaselt konserveeritud järjestustele saab konsensusjärjestusi arvutada ja visualiseerida bioinformaatika tööriistadega.
Millised on konserveeritud ja konsensusjärjestuse sarnasused?
- Konserveeritud ja konsensusjärjestused on nukleiinhappe- või aminohappejärjestused, mis on liikide lõikes tavalised.
- Nii konserveeritud kui ka konsensusjärjestusi saab visualiseerida bioinformaatika tööriistadega.
- Neid kasutatakse laialdaselt molekulaarbioloogias.
Mis vahe on konserveeritud ja konsensusjärjestuse vahel?
Konserveeritud järjestus on nukleiinhappe- või aminohappejärjestus, mis on liikide vahel ühtlane, samas kui konsensusjärjestused on väga spetsiifilised ja antud konserveeritud piirkonnas sageli leiduvad alused või aminohapped. Niisiis, see on peamine erinevus konserveeritud ja konsensusjärjestuse vahel. Veel üks erinevus konserveeritud ja konsensusjärjestuse vahel on see, et konserveerunud järjestused on fülogeneetiliselt olulised, samas kui konsensusjärjestused on sageli valgu sidumissaidid, splaissimiskohad, restriktsiooniensüümi lõikamissaidid jne.
Kokkuvõte – konserveeritud vs konsensusjärjestus
Konserveeritud järjestused on nukleiinhapete või valkude järjestused, mis on elusliikide seas sarnased. Histooni valgu promootor, ribosoomi sidumissait, replikatsiooni alguspunkt ja aminohappejärjestus on mitu näidet konserveerunud järjestustest. Seevastu konsensusjärjestused on spetsiifilised alused või aminohapped, mida leidub sagedamini antud konserveeritud järjestuses. -10 kasti, -35 kasti E. coli promootorit, valgu sidumissaite, splaissimiskohti ja restriktsiooniensüüme ära tundvaid saite on mitmed näited konsensusjärjestustest. Seega on see konserveeritud ja konsensusjärjestuse erinevuse kokkuvõte.
