Põhiline erinevus isoshisomeeride ja isokaudomeeride vahel seisneb selles, et isoskisomeerid tunnevad ära ja lõikavad ära sama restriktsiooni- või äratundmiskoha, samas kui isokaudoomid tunnevad ära veidi erinevad restriktsioonisaidid ja lõhustuvad samast kohast.
Restriktsiooniensüümid või restriktsiooniendonukleaasid on teatud tüüpi nukleaasid, mis lõhustavad kaheahelalist DNA-d. Nad on võimelised ära tundma spetsiifilisi järjestusi, mida nimetatakse restriktsioonisaitideks ja mis on palindroomse päritoluga. Bakterid toodavad restriktsiooniensüüme võõrpatogeenide, eriti viiruste vastu. See on kaitsemehhanismi vorm, mida näitavad bakterid. Sõltuv alt ensüümi struktuurist ja jaotustükkide olemusest eristatakse kolme tüüpi restriktsiooniensüüme nagu I tüüpi restriktsiooniensüümid, II tüüpi restriktsiooniensüümid ja II tüüpi restriktsiooniensüümid. Lisaks on olenev alt biokeemilisest aktiivsusest ja isolatsiooniallikast kolme tüüpi restriktsiooniensüüme: isoshisomeerid, neoshisomeerid ja isokaudoomid.
Mis on isoshisomeerid?
Isoshisomeerid on teatud tüüpi restriktsiooniensüüm, mis pärineb erinevatest allikatest, kuid tunneb ära ja lõikab DNA-s ära sama restriktsioonisaidi. Seetõttu on kahel isoshisomeeril sama äratundmiskoht. Nad lõhustuvad samas kohas, seega on nad spetsiifilised samale äratundmisjärjestusele. Näiteks restriktsiooniensüümid SphI ja BbuI on kaks isoshisomeeri, mis tunnevad ära ja lõhustuvad CGTAC/G juures.
Joonis 01: Restriktsiooniensüüm
Teine isoshisomeeride paar on HpaII ja MspI. Nad mõlemad tunnevad ära järjestuse 5'-CCGG-3' ja lõhustavad DNA. Lisaks on Bsp EI ja Acc III ka isoskisomeerid, mis pärinevad vastav alt Bacillus liigist ja Acinetobacter calcoaceticus'est. Isoskisomeeride eraldamist saab teha erinevatest bakteritest. Kuna need pärinevad erinevatest bakteritest, võivad nende piirangutingimused üksteisest erineda.
Mis on isokaudoomid?
Isokaudomeerid on teatud tüüpi restriktsiooniensüümid, mis tunnevad ära veidi erinevad järjestused, kuid nad lõhustuvad samast kohast, et tekitada samad otsad. Isokaudomeerid pärinevad ka erinevatest bakteritest. Sau3a ja BamHI on isokaudomeeride paar. Nad toodavad pärast sama koha lõhustamist 5'-GATC-3' kleepuva otsa. Teine isokaudomeeride paar on Nocardia corallina NcoI ja Pseudomonas alcaligenes PagI. Need kaks ensüümi seonduvad ka erinevatel äratundmisjärjestustel, kuid lõikavad samast kohast ja toodavad samad kleepuvad otsad. Seetõttu on lõikeotsad üksteisega ühilduvad ja neid saab üksteise külge ligeerida. XhoI, PspXI ja SalI on samuti isokaudoomid.
Millised on isokisomeeride ja isokaudoomide sarnasused?
- Isoshisomeerid ja isokaudomeerid on kahte tüüpi restriktsiooniensüüme.
- Kahel isoshisomeeril on sama seedimiskoht, sarnaselt kahele isokaudoomile, millel on sama seedimiskoht.
- Nad on päritolult prokarüootsed.
- Mõlemal on nii piirangute tuvastamise sait kui ka seedimise sait.
- Nad toodavad üksteisega ühilduvaid otsi.
- Lisaks on need ensüümid kasulikud vahendid rekombinantse DNA tehnoloogias.
Mis vahe on isokisomeeridel ja isokaudomeeridel?
Isoshisomeerid on restriktsiooniensüümid, mis tunnevad ära sama DNA järjestuse ja lõhustuvad samast restriktsioonikohast, samas kui isokaudomeerid on restriktsiooniensüümid, mis tunnevad ära veidi erinevaid DNA järjestusi, kuid tekitavad samas kohas lõikades samu kleepuvaid otsi. Niisiis, see on peamine erinevus isoshisomeeride ja isokaudomeeride vahel.
Allpool toodud infograafikul on tabelina toodud erinevused isoshisomeeride ja isokaudomeeride vahel.
Kokkuvõte – isokisomeerid vs isokaudoomid
Isoshisomeerid on restriktsiooniensüümid, mis tunnevad ära sama DNA järjestuse ja lõhustuvad samast kohast. Teisest küljest on isokaudomeerid restriktsiooniensüümid, mis tunnevad ära veidi erinevad järjestused ja lõhustuvad samast kohast, tekitades samad otsad. Seega on see peamine erinevus isoshisomeeride ja isokaudomeeride vahel. SphI, BbuI, HpaII ja MspI on mitmed isoskisomeeride näited, samas kui Sau3a ja BamHI on kaks näidet isokaudomeeridest. Nii isoshisomeere kui ka isokaudomeere toodavad looduslikult bakterid.
