Põhiline erinevus BLASTi ja FastA vahel on see, et BLAST on põhiline joondustööriist, mis on saadaval riikliku biotehnoloogia teabekeskuse veebisaidil, samas kui FastA on sarnasuse otsimise tööriist, mis on saadaval Euroopa Bioinformaatika Instituudi veebisaidil.
BLAST ja FastA on kaks tarkvara, mida kasutatakse laialdaselt erinevate liikide DNA, aminohapete, valkude ja nukleotiidide bioloogiliste järjestuste võrdlemiseks ning nende sarnasuste otsimiseks. Need algoritmid on kirjutatud kiirust silmas pidades. Sest kui teadlased suutsid 1980. aastate keskel laboris DNA-d isoleerida, tekitas see vajaduse võrrelda ja leida identseid geene edasiste uuringute jaoks suurel kiirusel. Seetõttu töötati need kaks tarkvara välja nii, et kasutaja saaks oma päringujadadega sarnaseid järjestusi kiiresti otsida.
BLAST on akronüüm sõnast Basic Local Alignment Search Tool ja kasutab kahe järjestuse võrdlemisel lokaliseeritud lähenemist. FastA on tarkvara, mis viitab Fast A-le, kus A tähistab kõike. Siin töötab tarkvara selliste tähestikega nagu Fast A DNA sekveneerimiseks ja Fast P valgu jaoks. Nii BLAST kui ka FastA on väga kiired mis tahes genoomi andmebaaside võrdlemisel ja on seetõttu väga elujõulised nii rahaliselt kui ka aja säästmisel.
Mis on BLAST?
BLAST on üks enimkasutatavaid bioinformaatikatarkvarasid, mis töötati välja 1990. aastal. Sellest ajast alates on see NCBI saidil kõigile kättesaadav. Lisaks sellele pääsevad kõik isikud sellele tarkvarale juurde ja saavad seda kasutada. Lisaks on BLAST tarkvara, mis vajab FastA-vormingus sisendandmeid või järjestusi. Kuid see annab väljundandmed lihtteksti, HTML- või XML-vormingus. BLAST töötab põhimõttel, et otsib kahe jada vahel lokaliseeritud sarnasusi ja loetleb sarnased järjestused ning pärast seda otsib naabruskonna sarnasusi.
Joonis 01: BLAST-tulemused
Seega otsib see tarkvara suurt hulka sarnaseid kohalikke piirkondi ja annab tulemuse läviväärtuse saavutamisel. See protsess erineb aga varasemast tarkvarast, mis otsib kõigepe alt kogu jada ja seejärel võrdleb, ning võttis seetõttu palju aega.
Lisaks ül altoodud sarnasuse kontrollimisele on BLASTil palju muid kasutusviise, nagu DNA kaardistamine, kahe identse geeni võrdlemine eri liikidel, fülogeneetilise puu loomine jne.
Mis on FastA?
FastA on valgujärjestuse joondamise tarkvara. David J. Lipman ja William R. Pearson kirjeldasid seda tarkvara 1985. aastal. Kuigi selle tarkvara algseks kasutuseks oli ainult valgujärjestuste võrdlemine, suutis selle modifitseeritud versioon võrrelda ka DNA järjestusi. Siin kasutab see tarkvara kahe jada statistilise sarnasuse leidmise põhimõtet. See sobitab ühe DNA või valgu järjestuse teise järjestusega lokaalse järjestuse joondamise meetodil.
Joonis 02: FastA
Siiski otsib see kohalikke piirkondi, et leida sarnasust, kuid mitte parimat vastet kahe jada vahel. Kuna see tarkvara võrdleb kohati lokaliseeritud sarnasusi, võib see põhjustada ka ebakõlasid. Jadas võtab FastA väikese osa, mida nimetatakse k-korteriteks, kus kordused võivad olla vahemikus 1 kuni 6 ja sobivad teise jada k-korteritega. Sobitamisprotsessi lõpus, kui see jõuab läviväärtuseni, annab see tulemuse.
Millised on BLASTi ja FastA sarnasused?
- BLAST ja FastA on bioinformaatika tööriistad, mida kasutatakse valkude ja DNA järjestuste sarnasuste võrdlemiseks.
- Samuti kasutavad mõlemad programmid jadade võrdlemiseks punktistrateegiat.
- Lisaks annavad mõlemad tööriistad väga täpseid tulemusi.
Mis vahe on BLASTil ja FastA-l?
BLAST on tööriist bioloogiliste järjestuste sarnasuse kontrollimiseks. Teisest küljest on FastA veel üks programm, mis hõlbustab valgu- ja DNA järjestuste sarnasuse kontrollimist. Võrreldes FastA-ga on BLAST tarkvara aga väga populaarne, kuna annab täpsemaid ja kiiremaid tulemusi. Seega on see erinevus BLASTi ja FastA vahel. Lisaks on erinev alt FastA-st BLAST programmi muudetav vastav alt kasutaja vajadustele. Seetõttu on see veel üks erinevus BLASTi ja FastA vahel.
Allpool olev infograafik BLASTi ja FastA erinevuste kohta annab rohkem üksikasju.
Kokkuvõte – BLAST vs FastA
BLAST ja FastA on kaks programmi, mis võimaldavad kasutajal võrrelda oma päringujada olemasolevate andmebaaside järjestustega ja kontrollida sarnasusi. FastA esialgne eesmärk oli võrrelda ainult valgujärjestusi. Kuid selle tarkvara muudetud versioon hõlbustab nii valkude kui ka DNA järjestuste võrdlemist. Kuigi FastA on hea tarkvara, kasutab enamik inimesi BLAST joondustööriista, kuna see on populaarsem ning annab täpsemaid ja kiiremaid tulemusi kui FastA. Samuti on BLAST-tööriist muudetav vastav alt kasutaja nõudmistele. Lühid alt, see võtab kokku erinevuse BLAST-i ja FastA vahel.
