Peamine erinevus – minisatelliit vs mikrosatelliit
Korduv DNA on nukleotiidjärjestused, mis korduvad organismide genoomis ikka ja jälle. Korduv DNA moodustab olulise osa genoomsest DNA-st ja seal on kolm peamist tüüpi, mida nimetatakse tandemkordusteks, terminaalseteks kordusteks ja vahelduvateks kordusteks. Tandemkordused on väga korduvad jadad, mis asetsevad katkestusteta üksteise kõrval. Selgroogsete genoomis on kolm peamist tüüpi tandemkordusi. Need on satelliidi DNA, mikrosatelliidi DNA ja minisatelliidi DNA. Minisatelliit on väga korduva DNA osa, mis koosneb korduva järjestuse seeriast, mis koosneb 10–100 aluspaarist. Mikrosatelliit on korduva DNA osa, mis koosneb lühikestest korduvatest järjestustest, mis koosnevad 1 kuni 9 aluspaarist. Seetõttu on minisatelliidi ja mikrosatelliidi peamine erinevus korduva jada suurus või pikkus.
Mis on minisatelliit?
Minisatellite DNA on DNA osa, mis koosneb lühikesest DNA korduvast järjestusest, mille pikkus on 10 kuni 60 aluspaari. Minisatelliite nimetatakse ka muutuva arvu tandemkordusteks (VNTR). Minisatelliite aetakse sageli segi mikrosatelliitidega. Kuid teadlased eristavad nüüd mini- ja mikrosatelliite korduva jada suuruse järgi.
Minisatelliite võib inimese genoomis näha enam kui 1000 kohas. Need lühikesed jadad on rikkad G ja C-ga. Korduste arv antud minisatelliidis on indiviidide lõikes väga erinev.
Esimese inimese minisatelliidi tuvastasid A. R. Wyman ja R. White 1980. aastal. Hiljem avastas Alec Jeffreys organismide minisatelliitide koopiaarvu äärmise polümorfismi. Need avastused muutsid minisatelliidid ideaalseteks markeriteks DNA sõrmejälgede võtmiseks, seoste analüüsiks ja populatsiooniuuringuteks. Minisatelliidid aitavad kaasa ka geeniekspressiooni, transkriptsiooni, alternatiivse splaissimise jne reguleerimisele.
Mis on mikrosatelliit?
Mikrosatelliit on DNA osa, millel on lihtsad 1–10 aluspaari pikkused järjestuse kordused. Mikrosatelliite nimetatakse ka lühikese järjestuse kordusteks (SSR) või lihtsateks tandemkordusteks (STR). Mikrosatelliite on kahte tüüpi, mida nimetatakse lihtsateks mikrosatelliitideks ja liitmikrosatelliitideks. Lihtsad mikrosatelliidid koosnevad ainult ühte tüüpi kordusjärjestustest. Komposiitmikrosatelliidid koosnevad rohkem kui ühest tüüpi kordustest. Mikrosatelliitidel on enamasti polü-A/T-piirkonnad. Mikrosatelliidid on eukarüootsetes genoomides kodominantsed ja rohkesti.
Sarnaselt minisatelliitidele näitavad mikrosatelliidid ka üksikisikute vahelist polümorfismi. Korduste arv antud mikrosatelliidi puhul on indiviidide lõikes erinev. Seetõttu saab mikrosatelliite kasutada ka DNA sõrmejälgede võtmisel geneetiliste markeritena. Mikrosatelliidi polümorfismi saab kergesti tuvastada PCR ja geelelektroforeesi abil. Mikrosatelliidi külgnev piirkond on sugulasliikides väga konserveerunud.
Millised on minisatelliidi ja mikrosatelliidi sarnasused?
- Minisatelliidid ja mikrosatelliidid on mittekodeerivad DNA järjestused.
- Mõlemad on tandemkordused.
- Mõlemad koosnevad tugev alt korduvatest jadadest.
- Mõlemat saab kasutada võimsate geneetiliste markeritena DNA sõrmejälgede võtmiseks.
Mis vahe on minisatelliidil ja mikrosatelliidil?
Minisatelliit vs mikrosatelliit |
|
| Minisatelliidid on tandemkordused monomeeri korduste pikkusega 10 kuni 100 aluspaari. | Mikrosatelliidid on lühikesed tandemkordused, mis koosnevad 1–9 aluspaarist monomeeri korduvatest järjestustest. |
| Korduva jada suurus | |
| Minisatelliidil on 10–100 aluspaari korduvad järjestused. | Mikrosatelliidil on lühikesed 1–9 aluspaari jadad. |
| Levinud alused | |
| Minisatelliidid on rikkad G- ja C-baasidega. | Mikrosatelliidid on rikkad A- ja T-baasidega. |
| Muud nimed | |
| Minisatelliite tuntakse ka muutuva arvu tandemkordustena (VNTR). | Mikrosatelliite tuntakse ka kui lühikeste järjestuste kordusi (SSR) või lihtsaid tandemkordusi (STR). |
Kokkuvõte – minisatelliit vs mikrosatelliit
Minisatelliit ja mikrosatelliit on kahte tüüpi tandemkordusi. Neid eristatakse korduva järjestuse aluste arvu või jada suuruse järgi. Minisatelliidil on 10–100 aluspaari pikkune korduv järjestus, samas kui mikrosatelliidil on 1–9 aluspaari pikkune korduv järjestus. See on peamine erinevus minisatelliidi ja mikrosatelliidi vahel. Korduvate järjestuste koopiate arv mini- ja mikrosatelliitides on üksikisikute lõikes väga erinev. Nii minisatelliidid kui ka mikrosatelliidid on võimsad DNA-markerid liikide populatsioonide sees ja nendevahelise geneetilise variatsiooni analüüsimiseks.
Laadi alla PDF-versioon Minisatellite vs Microsatellite
Saate alla laadida selle artikli PDF-versiooni ja kasutada seda võrguühenduseta kasutamiseks vastav alt tsitaadi märkustele. Palun laadige PDF-versioon alla siit Minisatelliidi ja mikrosatelliidi erinevus.
