Põhiline erinevus EcoRI ja HindIII restriktsiooniensüümide vahel on see, et EcoRI on II tüüpi restriktsiooniensüüm, mis eraldatakse E. coli-st, samas kui HindIII on II tüüpi restriktsiooniensüüm, mis eraldatakse Haemophilus influenza'st.
Restriktsiooniensüüm ehk restriktsiooniendonukleaas on ensüüm, mis lõikab DNA fragmentideks DNA molekuli spetsiifilistes äratundmissaitides (restriktsioonisaidid). Neid restriktsiooniensüüme leidub bakterites ja arhedes. Need pakuvad kaitsemehhanismi sissetungivate viiruste vastu. Restriktsiooniensüümid liigitatakse üldiselt viide erinevasse tüüpi: I tüüp, II tüüp, III, IV tüüp ja V tüüp. EcoRI ja HindIII on kaks restriktsiooniensüümi, mis kuuluvad II tüüpi restriktsiooniensüümide rühma.
Mis on EcoRI restriktsiooniensüümid?
EcoRI on II tüüpi restriktsiooniensüüm, mis eraldatakse E. coli liikidest. See on restriktsiooniensüüm, mis lõikab DNA topeltheeliksid teatud kohtades fragmentideks. EcoRI on ka osa piirangute muutmise süsteemist. EcoRI oli esimene ensüüm, mis algselt eraldati E. coli liigi RY13 tüvest. Seda kasutatakse molekulaarbioloogias restriktsiooniensüümina. EcoRI loob 4 nukleotiidist koosnevad kleepuvad otsad AATT 5-tolliste üleulatustega. EcoRI lõikab DNA spetsiifilise äratundmisjärjestuse G↓AATTC juures. Sellel on CTTAA↓G palindroomne komplementaarne järjestus. Veelgi enam, see restriktsiooniensüüm kuulub II tüüpi P (palindroomse spetsiifilisuse) alamklassi. EcoRI sisaldab oma põhistruktuuris oma aktiivses kohas PD. D/EXK motiivi, nagu paljud teised restriktsiooniensüümid.
Joonis 01: EcoRI
EcoRI restriktsiooniensüüm on 31 kDa homodimeer. See sisaldab ühte α/β arhitektuuri globulaarset domeeni. Iga alaühik sisaldab silmust, mis torkab globulaarsest domeenist välja ja ümbritseb seondumisel DNA ümber. Seda ensüümi saab kokristallida järjestusega, mida see tavaliselt lõikab. Lisaks kasutatakse EcoRI restriktsiooniensüümi paljudes molekulaargeneetilistes meetodites, sealhulgas kloonimisel, DNA skriinimisel ja DNA in vitro tingimuste deletsioonilõikudel.
Mis on HindIII restriktsiooniensüümid?
HindIII on II tüüpi restriktsiooniensüüm, mis eraldatakse Haemophilus influenza liikidest. See lõikab hüdrolüüsi teel DNA palindroomse järjestuse AACCTT kofaktori Mg2+ juuresolekul. Selle konkreetse järjestuse lõhustamine AA’S (5’A↓ACCTT3’ ja 3’TTCGA↓A5’) vahel põhjustab DNA molekuli 5’ üleulatuvad osad, mida nimetatakse kleepuvateks otsteks. Seda ensüümi leidub prokarüootsetes organismides, näiteks bakterites. Bakterid kasutavad seda ensüümi kaitsemehhanismina viiruste, näiteks bakteriofaagide vastu.
Joonis 02: HindIII
Struktuuriliselt on HindIII homodimeer. See sisaldab ühist struktuurset südamikku, mis koosneb neljast β-lehest ja ühest α-heeliksist, nagu muud tüüpi II restriktsiooniensüümid. Selle ensüümi molekulmass on 34,9 kDa. Lisaks on HindIII väga kasulik tänapäevastes molekulaarbioloogia teaduslikes katsetes, nagu DNA sekveneerimine ja kaardistamine.
Millised on EcoRI ja HindIII restriktsiooniensüümide sarnasused?
- EcoRI ja HindIII on kaks restriktsiooniensüümi, mis kuuluvad II tüüpi restriktsiooniensüümide rühma.
- EcoRI ja HindIII leiti 1970. aastate alguses.
- EcoRI ja HindIII sisaldavad mõlemad PD.. D/EXK aminohappejärjestuse motiivi.
- Mõlemad restriktsiooniensüümid teostavad DNA väga spetsiifilist lõikamist.
- Need restriktsiooniensüümid vajavad oma spetsiifilise aktiivsuse jaoks kofaktorina Mg2+.
- Neil tekivad pärast DNA lõikamist kleepuvad otsad.
- Need on tänapäevastes molekulaarbioloogilistes uuringutes väga kasulikud komponendid.
Mis vahe on EcoRI ja HindIII restriktsiooniensüümide vahel?
EcoRI on II tüüpi restriktsiooniensüüm, mis eraldatakse E. coli liikidest, samas kui HindIII on II tüüpi restriktsiooniensüüm, mis eraldatakse Haemophilus influenza liikidest. Seega on see peamine erinevus EcoRI ja HindIII vahel. Lisaks lõikab EcoRI DNA spetsiifilise äratundmisjärjestuse G↓AATTC juures, HindIII aga lõikab DNA spetsiifilise äratundmisjärjestuse A↓ACCTT juures.
Allpool olev infograafik esitab erinevused EcoRI ja HindIII vahel kõrvuti võrdlemiseks tabelina.
Kokkuvõte – EcoRI vs HindIII restriktsiooniensüümid
EcoRI ja HindIII on kaks restriktsiooniensüümi, mis kuuluvad II p tüüpi alamklassi. Nad teostavad DNA väga spetsiifilist lõikamist. EcoRI on II tüüpi restriktsiooniensüüm, mis eraldatakse E. coli liikidest, samas kui HindIII on II tüüpi restriktsiooniensüüm, mis eraldatakse Haemophilus influenza liikidest. Niisiis, see võtab kokku erinevuse EcoRI ja HindIII vahel.
