Põhierinevus Shine Dalgarno ja Kozaki järjestuse vahel on see, et Shine Dalgarno järjestus on ribosomaalne sidumissait bakteriaalses ja arheaalses messenger-RNA-s, samas kui Kozaki järjestus on enamiku eukarüootsete messenger-RNA-de valgu translatsiooni initsiatsioonikoht.
Shine Dalgarno ja Kozak jada on kaks konsensusjärjestust, mis on tõlkimise algatamiseks väga olulised. Molekulaarbioloogias on translatsioon protsess, mille käigus tsütoplasmas olevad ribosoomid sünteesivad pärast transkriptsiooniprotsessi valke. Translatsioonis dekodeeritakse mRNA (messenger RNA) ribosoomis, et tekitada spetsiifiline aminohappe ahel väljaspool tuuma. Tavaliselt indutseerib ribosoom dekodeerimisprotsessi, hõlbustades komplementaarsete tRNA antikoodoni järjestuste seondumist mRNA koodonitega. Tõlkimine toimub kolmes etapis: algatamine, pikendamine ja lõpetamine.
Mis on Shine Dalgarno järjestus?
Shine Dalgarno järjestus on ribosomaalne sidumissait bakteriaalses ja arheaalses messenger-RNA-s. Tavaliselt asub see stardikoodonist AUG umbes 8 alust ülesvoolu. See RNA järjestus aitab värvata ribosoome sõnumitooja RNA-sse, joondades ribosoomi mRNA alguskoodoniga. Seega käivitab see valgusünteesi. Pärast värbamist võib tRNA lisada aminohappeid järjestuses, nagu on ette nähtud mRNA koodonite poolt. See eriline järjestus on levinud bakterites, kuid harvem arhees. Lisaks leidub seda ka kloroplasti ja mitokondriaalsetes transkriptides. Shine Dalgarno järjestuse pakkusid esmakordselt välja Austraalia teadlased John Shine ja Lynn Dalgarno. Kuue aluse konsensusjärjestus on AGGAGG. Näiteks Escherichia colis on järjestus AGGAGGU.
Joonis 01: Sära Dalgarno järjestus
Initsiatsioonikoha (AUG) valik sõltub interaktsioonist ribosoomi 30S subühiku ja mRNA matriitsi vahel. Pürimidiinirikas piirkond 30S subühiku 16srRNA komponendil seondub puriinirikka piirkonnaga, mida tuntakse Shine Dalgarno järjestuse nime all, mRNA AUG initsiatsioonikoodonist ülesvoolu. Lisaks paarituvad need komplementaarsed nukleotiidjärjestused initsiatsioonikompleksi moodustumise ajal kaheahelalise RNA struktuuri moodustamiseks. See hõlbustab mRNA seondumist ribosoomiga nii, et initsiatsioonikoodon asetatakse ribosoomi P-saiti.
Mis on Kozaki järjestus?
Kozaki järjestus on valgu translatsiooni initsiatsioonikoht enamikus eukarüootsetes mRNA-des. Seda jada nimetatakse ka Kozaki konsensusjärjestuseks. Kozaki järjestus on optimaalne järjestus translatsiooni algatamiseks eukarüootides. See järjestus on valgu reguleerimise lahutamatu osa. Samuti on see väga oluline rakkude üldise tervise jaoks. See aitab korrigeerida valgu translatsiooni geneetilistest sõnumitest, vahendades ribosoomide kokkupanekut ja translatsiooni initsiatsiooni.
Joonis 02: Kozaki järjestus
See jada sai nime selle avastanud teadlase Marilyn Kozaki järgi. Ta avastas selle DNA genoomsete järjestuste üksikasjaliku analüüsi kaudu. Kozaki järjestus on 5' (gcc) gccRccAUGG-3'. Suured tähed tähistavad konserveeritud aluseid, samas kui väikesed tähed tähistavad tavalisi muutuvaid aluseid. R tähistab puriini (adeniini või guaniini), mis on alati selles kohas.
Millised on Shine Dalgarno ja Kozaki järjestuse sarnasused?
- Shine Dalgarno ja Kozak jada on kaks konsensusjärjestust, mis on tõlkimise algatamisel väga olulised.
- Mõlemad on RNA järjestused.
- Ribosoomi väiksem alaühik seondub mõlema järjestusega.
- Mõlemad järjestused vahendavad õiget ribosoomi kokkupanekut ja translatsiooni initsiatsiooni.
- Need on valkude reguleerimise ja üldise raku tervise lahutamatud aspektid.
Mis vahe on Shine Dalgarnol ja Kozaki järjestusel?
Shine Dalgarno järjestus on ribosomaalne sidumissait, mida leidub bakteriaalses ja arheaalses messenger-RNA-s, samas kui Kozaki järjestus on valgu translatsiooni initsiatsioonikoht, mida leidub enamikus eukarüootsetes messenger-RNA-des. Niisiis, see on peamine erinevus Shine Dalgarno ja Kozaki järjestuse vahel. Lisaks on Shine Dalgarno järjestus 5'AGGAGGU3', samas kui Kozaki järjestus on 5' (gcc) gccRccAUGG-3'.
Järgmine infograafik loetleb Shine Dalgarno ja Kozaki järjestuste erinevused tabeli kujul, et kõrvuti võrrelda.
Kokkuvõte – Shine Dalgarno vs Kozak Sequence
Shine Dalgarno ja Kozaki järjestused on kaks konsensus-RNA järjestust, mis on väga olulised ribosoomide kokkupanekuks ja translatsiooni initsieerimiseks. Shine Dalgarno järjestus on ribosomaalne sidumissait bakteriaalses ja arheaalses messenger-RNA-s, samas kui Kozaki järjestus on valgu translatsiooni initsiatsioonikoht enamikus eukarüootsetes messenger-RNA-des. Seega võtab see kokku erinevuse Shine Dalgarno ja Kozaki järjestuse vahel.
