Peamine erinevus – nitrotselluloos vs nailonmembraan
Blottimine on oluline meetod DNA, RNA ja valkude spetsiifiliste järjestuste tuvastamiseks nende segudest molekulaarbioloogias. Seda tehakse membraani abil, mida nimetatakse blotiks. On erinevaid blottimistehnikaid, nagu northern, southern ja western blotting. Bloteerimisprotsessi jaoks sobiva membraani valimine tuleb teha hoolik alt, et vältida mittespetsiifilist seondumist ja valesid tuvastamisi. Nitrotselluloos, nailon ja PVDF on tavaliselt kasutatavad membraanid blottimismeetodites. Neil on erinevad omadused. Peamine erinevus nitrotselluloosi ja nailonmembraani vahel on see, et nitrotselluloosmembraanidel on kõrge valgu immobiliseerimispotentsiaal, samas kui nailonmembraanidel on kõrge nukleiinhappe immobiliseerimispotentsiaal. Bloteerimismeetodites kasutatakse aga sageli mõlemat tüüpi membraane.
Mis on nitrotselluloosmembraan?
Nitrotselluloosmembraan on nukleiinhapete ja valkude blot-meetodites sageli kasutatav membraanfilter. Sellel on kõrge valkudega seondumise potentsiaal. Seetõttu kasutatakse Western blot meetodis laialdaselt nitrotselluloosmembraane. Nitrotselluloosmembraanid ühilduvad kõigi hübridisatsioonitehnikatega ja neil on suurepärane sidumisvõime ilma häireteta. Nitrotselluloosmembraanid on oma olemuselt hüdrofiilsed. Nad loovad hüdrofiilse interaktsiooni molekulidega ja immobiliseerivad need tõhus alt membraanile. Kaubanduslikud nitrotselluloosmembraanid on saadaval kahes poorisuuruses: 0,45 ja 0,2 µm.
Joonis 01: Western blot analüüsis kasutatav nitrotselluloosmembraan
Mis on nailonmembraan?
Nailonmembraan on teist tüüpi kaubanduslik membraan, mida kasutatakse blottimismeetodites. Seda kasutatakse alternatiivina koos nitrotselluloosmembraanidega Southern ja Northern blotting'iks. Nailonmembraanid sobivad ideaalselt Southern blot analüüsiks kui nitrotselluloos, kuna neil on suur afiinsus DNA-ga seondumise suhtes. Nailonmembraanide mitmete ainulaadsete omaduste tõttu kasutavad teadlased nitrotselluloosmembraani asemel Southern ja Northern blotimiseks nailonmembraane. Nailonmembraane soovitatakse erinev alt nitrotselluloosist ka eemaldamiseks ja uuesti sondeerimiseks.
Joonis 02: Southern blotting'i jaoks kasutatav nailonmembraan
Mis vahe on nitrotselluloosil ja nailonmembraanil?
Nitrotselluloos vs nailonmembraan |
|
| Nitrotselluloosmembraanid on rabedad. | Nailonmembraanid on vähem rabedad. |
| Käsitlemine | |
| Neid on raske käsitseda. | Neid on lihtne käsitseda. |
| Reprobing | |
| Toetamata nitrotselluloosmembraane on raske uuesti testida. | Nailonmembraanidega on taasprobeerimine lihtne. |
| Ühilduvus erinevate salvestustingimustega | |
| Nitrotselluloosmembraanidel on vähem tugevust, et taluda erinevaid säilitustingimusi. | Nailonmembraanid reageerivad vastupidavam alt erinevatele säilitustingimustele. |
| Kasuta | |
| Eelsättimine on nõutav. | Nailonmembraanide puhul ei ole eelniiskumine vajalik. |
| Hüdrofiilne loodus | |
| Nitrotselluloosmembraanid on olemuselt hüdrofiilsed, kuid vähem hüdrofiilsed kui nailonmembraanid. | Nad on oma olemuselt väga hüdrofiilsed. |
| Imobiliseerimisvõimalus | |
| Nitrotselluloosmembraanidel on väiksem afiinsus nukleiinhapete suhtes. Kuid sellel on kõrge afiinsus valkude suhtes. | Nailonmembraanidel on kõrgem nukleiinhapetega seondumise potentsiaal kui nitrotselluloosmembraanidel. |
Kokkuvõte – nitrotselluloos vs nailonmembraan
Nitrotselluloos- ja nailonmembraanid on spetsiaalsed lehed, mida kasutatakse blot-tehnikas, et reprodutseerida geeli ribamustrit. Need võimaldavad tuvastada segudest spetsiifilist järjestust või valku, immobiliseerides need membraanile. Kui molekulid on membraanile immobiliseeritud, saab seda kasutada substraadina märgistatud sondide hübridisatsioonianalüüsiks. Nitrotselluloosmembraani kasutatakse tavaliselt valkude tuvastamiseks Western blot meetodil, kuna sellel on kõrge seondumisafiinsus valkudega. Nailonmembraane kasutatakse sageli Southern ja Northern blotimiseks. See on erinevus nitrotselluloosi ja nailonmembraani vahel.
